简介：摘要目的探讨二代测序检测基因突变对于不明原因全血细胞减少患者的诊断意义。方法通过二代测序检测2016年2月至2019年2月华中科技大学协和深圳医院113例不明原因全血细胞减少患者的32种常见血液肿瘤基因突变情况。结果二代测序结果显示，113例患者检测的32种基因中25种基因发生69种突变。其中105例（92.9%）患者至少携带1个基因突变，中位突变数为2个（1~5个）。51例患者诊断为骨髓增生异常综合征（MDS），均检测出相关突变基因；62例患者诊断为不典型再生障碍性贫血或意义未明的血细胞减少症。113例患者治疗总有效率为65.5%（74/113）。结论二代测序有助于对不明原因全血细胞减少进行诊断，并为寻找新的治疗手段、延长患者总生存期提供有针对性的策略。

简介：摘要《“健康中国2030”规划纲要》强调积极推动主动健康以应对人口老龄化挑战，对个体与群体层面的抗衰老预防控制策略提出更高要求。衰老受遗传因素和环境暴露的共同影响。近20年来，随着高通量遗传检测技术和相关算法的发展，以及高质量大规模人群基因组研究的开展，极大促进了对衰老遗传学的研究。本文旨在对衰老相关的全基因组关联研究展开概述。

简介：摘要全表型组关联研究（PheWAS）是一种反向遗传学分析方法，旨在研究哪些表型可能与给定的遗传变异相关联。随着生物医疗数据库和电子病历信息的开放获取，PheWAS已逐渐成为探索暴露因素与多种健康结局之间关联的有效方法。这种方法具有同时探索某一种暴露与多种疾病表型之间的统计学关联的独特优势，从而有助于揭示多重因果关联以及各疾病间共同的致病机制。然而，PheWAS目前也面临诸多挑战。该方法本身存在一定的局限性，包括工具变量的选择是否具有代表性以及繁重的多重校正负担。此外，如何应用生物学知识阐释研究结果是PheWAS的另一重点问题。本文将围绕PheWAS方法学进行概述，以期为后续更好地开展PheWAS提供思路和建议。

简介：

简介：到目前为止，人们对肿瘤发生机制的认识可归纳为几个基本假说，即基因突变、染色体易位、表观遗传修饰和干细胞起源。其中，基因点突变、缺失、扩增的变化已得到较多的实验证据。但这些研究结论是建立在仅对很少一部分基因进行了分析的基础上。可见，我们靠现有的知识很难真正揭示基因变异与肿瘤间的关系。如需全面了解，必须进行肿瘤全基因组变异分析。

简介：西安市教育部门将进行重大机构改革．决定将所有区县教育局下设的乡镇、街道办教育组逐步撤尽。

简介：摘要目的探究沉默信息调节因子1(SIRT1)在小鼠生殖细胞发育中的功能。方法利用Cre-LoxP系统构建SIRT1雄性生殖细胞特异性敲除小鼠模型，所有小鼠均为C57BL/6背景。提取对照组(Con)小鼠和SIRT1雄性生殖细胞特异性敲除(cKO)小鼠睾丸总RNA，进行转录组测序分析。两组间比较采用t检验。结果cKO小鼠睾丸组织SIRT1信使RNA水平(0.14±0.04)低于Con组(1.32±0.09)，差异有统计学意义(t＝26.144，P<0.01)。cKO小鼠睾丸组织SIRT1蛋白水平(0.28±0.05)低于Con组(1.01±0.06)，差异有统计学意义(t＝19.705，P<0.01)。转录组测序筛选出差异表达基因3 816个，基因本体(GO)功能富集分析显示，差异表达基因显著富集于转录调控、精子发生及精子活力等生物学功能；京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析显示，差异表达基因主要涉及信号通路包括细胞因子-细胞因子受体相互作用、转化生长因子-β(TGF-β)信号通路、补体等。结论雄性生殖细胞特异性SIRT1敲除，导致小鼠睾丸中与精子发生、精子活力及转录调控相关关键基因表达发生变化，影响小鼠生育力。

简介：摘要目的探讨Toll样受体9（TLR9）信号通路激活对肾小管细胞转录组的影响。方法提取并培养小鼠原代肾小管上皮细胞，在细胞融合度达80%时分为两组，分别加入10 μL磷酸盐缓冲液（PBS，PBS对照组）和终浓度为5 μmol/L的TLR9激活剂胞嘧啶-鸟嘌呤寡脱氧核苷酸（CpG-ODN，CpG-ODN处理组）。提取细胞RNA后在Illumina平台进行测序，使用差异基因分析软件DEGseq分析两组细胞中基因的差异表达情况，通过Goatools和KOBAS在线软件分析差异基因所参与的信号通路，应用Homer软件预测转录因子。结果与PBS对照组相比，CpG-ODN处理后有584个显著的差异表达基因，其中102个基因表达上调，482个表达下调。差异表达基因富集最显著的基因本体（GO）为β-干扰素响应、病毒响应或防御等炎症反应相关条目；京都基因与基因组百科全书数据库（KEGG）信号通路富集结果显示，富集系数最显著的信号通路包括2'-5'-寡腺苷酸合成酶活性、核糖核酸酶活性的调节、病毒生命周期的负调控、β-干扰素响应和对原生动物的防御反应等。转录因子预测结果显示，干扰素调节因子3（IRF3）是差异基因启动子序列上富集最显著的转录因子；IRF3是TLR9下游表达差异最显著的转录因子，转录因子21（TCF21）、锌指蛋白135（ZNF135）和阳性调节域4（PRDM4）等转录因子可能是TLR9信号通路的新候选靶标。结论CpG-ODN激活TLR9信号通路，原代肾小管上皮细胞能直接响应CpG-ODN的刺激并发生转录组学变化，为进一步探究TLR9信号通路在脓毒症相关性急性肾损伤中的分子机制研究提供了基础。

简介：【目的】研究烤烟品系LY1306经不同时间干旱胁迫下的生理及基因转录表达的变化,以明确其烟叶应激响应基因表达组学特征。【方法】采用15%PEG-6000处理模拟干旱胁迫,分别测定干旱胁迫处理0h、16h、24h后叶片的超氧化物歧化酶、过氧化物酶、过氧化氢酶活性和丙二醛、脯氨酸含量,并用转录组测序的方法对差异表达基因进行GO、KEGG分析。【结果】LY1306烤烟叶片在15%PEG-6000处理下过氧化物酶和超氧化物歧化酶活性增加较快,脯氨酸含量迅速提高。差异基因GO分析表明盐胁迫响应、赤霉素响应等生物过程,以及细胞质核周区和转录因子活性等功能基因在16h、24h处理的样品中均表现为上调。KEGG代谢通路分析表明,LY1306烤烟叶片植物激素信号转导途径关键基因在干旱处理后16h和24h的处理中均表现为上调。【结论】烤烟LY1306品系在15%PEG干旱胁迫下过氧化物酶和超氧化物歧化酶为其抗旱生理表现的主要应激酶类,同时脯氨酸的积累也起到了积极的抗旱作用。赤霉素等植物激素信号转导途径及多种抗旱相关生物过程和代谢通路的基因表达水平上调,是LY1306烤烟品系抵御和适应干旱胁迫的主要途径。

简介：摘要目的探讨宏基因组测序（MGS）技术在感染性葡萄膜炎诊断中的作用。方法横断面研究。对2016年3月至2018年7月首都医科大学附属北京同仁医院临床疑诊为感染性葡萄膜炎的19例患者的19份玻璃体标本进行MGS检测。患者中男性8例，女性11例，年龄19~68岁；右眼10例，左眼8例，双眼1例；临床诊断急性视网膜坏死8例（9只眼），诊断不明11例（11只眼）。每份标本留取玻璃体约1 ml，800 μl标本用于MGS，200 μl标本用于实时荧光定量PCR的验证实验。MGS使用TIANamp Micro DNA Kit试剂盒提取样本DNA，BGISEQ-500平台测序。将测序数据中低质量和长度小于35 bp的数据、人类参考基因组序列及低复杂度序列去除后，获得的数据与专用微生物数据库比对分析，通过统计对比序列数占比、唯一序列数、覆盖率、测序深度等参数确定测序阳性结果，使用实时荧光定量PCR方法对上述结果准确性进行验证。结果19份标本MGS检出多种微生物，7份测序结果为阳性。其中3份为水痘-带状疱疹病毒、2份为白念珠菌、1份为痤疮丙酸杆菌、1份为副流感嗜血杆菌。3份水痘-带状疱疹病毒标本检出的序列数占比分别为77.93%（1 794/2 302）、99.98%（12 843/12 845）、98.88%（5 733/5 798），唯一序列数分别为1 794、12 843、5 733条；实时荧光定量PCR验证结果显示此3份标本水痘-带状疱疹病毒载量均较高，与MGS结果一致。结论MGS可作为感染性葡萄膜炎实验室诊断方法的一种选择。（中华眼科杂志，2020，56：519-523）

简介：摘要目的评价宏基因组二代测序(mNGS)在骨关节感染诊断中的潜在应用价值。方法回顾性分析青岛市胸科医院脊柱外科2019年1月至12月临床确诊为骨关节感染的37例住院患者临床资料。所有患者均经过穿刺或手术途径获取感染病灶核心部位组织样本，分别对样本进行分枝杆菌、需氧菌和厌氧菌常规培养，结核分枝杆菌(MTB)-DNA扩增检测及mNGS检测。采用卡方检验或Fisher确切概率法比较mNGS和常规培养病原体及单纯细菌感染检出率。以临床确诊为金标准，比较常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测对骨关节结核分枝杆菌感染的诊断效能，同时采用受试者工作特征曲线(ROC)评估三种方法在骨关节结核诊断中的价值。采用配对t检验比较患者抗感染治疗前后白细胞(WBC)计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白。P<0.05为差异有统计学意义。结果37例患者年龄32～90岁。感染部位：31例为脊柱，6例为其他骨关节。入院前症状：12例患者表现为感染部位疼痛和发热，11例表现为疼痛，5例表现为疼痛和活动受限，5例表现为疼痛、发热、乏力及食欲减退，2例表现为疼痛、发热及活动受限，1例表现为疼痛伴体质量减轻，1例表现为疼痛、发热伴腹泻。mNGS共发现3类病原微生物，累计检出频次为42例次，其中细菌39例次(包括10个菌属)，占92.8%(39/42)；真菌2例次，占4.8%(2/42)；柯克斯体1例次，占2.4%(1/42)。37例患者中单纯细菌感染29例，占78.4%(29/37)；单纯真菌感染2例，占5.4%(2/37)；单纯柯克斯体感染1例，占2.7%(1/37)；5例患者同时检测出两种及以上病原体，占13.5%(5/37)。37例患者mNGS和常规培养病原体检出率分别为100.0%(37/37)和67.6%(25/37)，差异有统计学意义(χ2＝13.987，P<0.05)；29例单纯细菌感染患者mNGS和常规培养检出率分别为100.0%(29/29)和69.0%(20/29)，差异有统计学意义(χ2＝16.913，P<0.05)。常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测诊断骨关节结核分枝杆菌感染的ROC曲线下面积分别为0.958(95%CI：0.866～1.000，P<0.05)、1.000(95%CI：1.000～1.000，P<0.05)和0.958(95%CI：0.866～1.000，P<0.05)，诊断效能均较好。37例患者均根据mNGS及常规培养结果进行针对性抗感染药物治疗，其中28例接受手术干预。随访至2020年4月30日，1例患者死亡。随访3个月后患者WBC计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白分别为(5.5±1.5)×109/L、(41±38)mm/h和(5.0±4.6)mg/L，均低于抗感染治疗前水平[(8.0±2.9)×109/L、(79±42)mm/h和(63±52)mg/L]，差异均有统计学意义(t＝6.536、8.302和6.373，P均<0.05)。结论mNGS对于骨关节感染的鉴别诊断可能具有重要临床价值。

简介：摘要目的探讨宏基因组测序在儿童细菌性脑膜炎(BM)病原学诊断中的应用价值，改善儿童BM的诊疗效果。方法收集2018年2月1日至2020年1月31日江西省儿童医院所有BM病例，同时采集其血和脑脊液等生物样本进行传统病原学检测和宏基因组测序，以传统病原学检测结果为金标准，明确宏基因组测序在儿童BM诊断的特异性和敏感性。结果入组45例，其中男31例，女14例；年龄(74.74±58.67)个月。宏基因组测序明确病原学共26例，阳性率为57.78%。其中肺炎链球菌8例，大肠埃希菌、脑膜炎奈瑟菌、葡萄球菌、沙门菌、复合分枝杆菌各2例，中间链球菌、化脓性链球菌、巴黎链球菌、液链球菌、流感嗜血杆菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、曲霉菌各1例。传统的病原学阳性率为17.78%，宏基因组二代测序技术(mNGS)阳性率为57.78%，P＝0.014，Kappa值为0.273。二者比较发现，mNGS技术在儿童BM诊断中灵敏度为100.00%，特异度为51.35%，阳性预测值为30.76%，阴性预测值为100.00%，Youden指数为51.36%，误诊率为48.64%，漏诊率为0。结论宏基因组学检查具有极高的敏感性，可提高儿童急性BM的病原学诊断率，尤其在临床高度怀疑感染，而传统病原学无法明确病原时应尽早选择。

简介：摘要目的探讨宏基因组二代测序技术（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）在新生儿脓毒症病原诊断及对临床决策中的影响。方法回顾性选择2019年1月至2021年2月复旦大学附属上海市第五人民医院新生儿病房收治的疑似脓毒症、同时行mNGS及血培养检测的新生儿为研究对象，分析mNGS检出病原是否受抗菌药物影响及对临床治疗和管理的影响。结果共收治35例疑似脓毒症、同时行mNGS和血培养检查的患儿，确诊脓毒症24例，其中病原体阳性12例（mNGS+血培养阳性3例，仅mNGS阳性8例，仅血培养阳性1例），确诊脓毒症新生儿中mNGS病原检出率高于血培养检出率（45.8%比16.7%，P=0.049），mNGS和血培养一致性为74.3%。21例（60.0%）检测前使用过抗菌药物，14例未使用过抗菌药物，检测前是否使用抗菌药物mNGS和血培养的病原检出率差异均无统计学意义（19.0%（4/21）比4.8%（1/21），P=0.343；28.6%（4/14）比21.4%（3/14），P=1.000）。8.6%的患儿因mNGS结果调整了临床用药。结论mNGS可提高新生儿脓毒症病原检出率，与血培养有较好的一致性，值得应用于新生儿脓毒症临床诊疗。

简介：摘要目的评价宏基因组二代测序(mNGS)在骨关节感染诊断中的潜在应用价值。方法回顾性分析青岛市胸科医院脊柱外科2019年1月至12月临床确诊为骨关节感染的37例住院患者临床资料。所有患者均经过穿刺或手术途径获取感染病灶核心部位组织样本，分别对样本进行分枝杆菌、需氧菌和厌氧菌常规培养，结核分枝杆菌(MTB)-DNA扩增检测及mNGS检测。采用卡方检验或Fisher确切概率法比较mNGS和常规培养病原体及单纯细菌感染检出率。以临床确诊为金标准，比较常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测对骨关节结核分枝杆菌感染的诊断效能，同时采用受试者工作特征曲线(ROC)评估三种方法在骨关节结核诊断中的价值。采用配对t检验比较患者抗感染治疗前后白细胞(WBC)计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白。P<0.05为差异有统计学意义。结果37例患者年龄32～90岁。感染部位：31例为脊柱，6例为其他骨关节。入院前症状：12例患者表现为感染部位疼痛和发热，11例表现为疼痛，5例表现为疼痛和活动受限，5例表现为疼痛、发热、乏力及食欲减退，2例表现为疼痛、发热及活动受限，1例表现为疼痛伴体质量减轻，1例表现为疼痛、发热伴腹泻。mNGS共发现3类病原微生物，累计检出频次为42例次，其中细菌39例次(包括10个菌属)，占92.8%(39/42)；真菌2例次，占4.8%(2/42)；柯克斯体1例次，占2.4%(1/42)。37例患者中单纯细菌感染29例，占78.4%(29/37)；单纯真菌感染2例，占5.4%(2/37)；单纯柯克斯体感染1例，占2.7%(1/37)；5例患者同时检测出两种及以上病原体，占13.5%(5/37)。37例患者mNGS和常规培养病原体检出率分别为100.0%(37/37)和67.6%(25/37)，差异有统计学意义(χ2＝13.987，P<0.05)；29例单纯细菌感染患者mNGS和常规培养检出率分别为100.0%(29/29)和69.0%(20/29)，差异有统计学意义(χ2＝16.913，P<0.05)。常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测诊断骨关节结核分枝杆菌感染的ROC曲线下面积分别为0.958(95%CI：0.866～1.000，P<0.05)、1.000(95%CI：1.000～1.000，P<0.05)和0.958(95%CI：0.866～1.000，P<0.05)，诊断效能均较好。37例患者均根据mNGS及常规培养结果进行针对性抗感染药物治疗，其中28例接受手术干预。随访至2020年4月30日，1例患者死亡。随访3个月后患者WBC计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白分别为(5.5±1.5)×109/L、(41±38)mm/h和(5.0±4.6)mg/L，均低于抗感染治疗前水平[(8.0±2.9)×109/L、(79±42)mm/h和(63±52)mg/L]，差异均有统计学意义(t＝6.536、8.302和6.373，P均<0.05)。结论mNGS对于骨关节感染的鉴别诊断可能具有重要临床价值。

简介：摘要目的研究宏基因组二代测序技术（mNGS）对不同类型结核病的诊断价值。方法回顾性分析2019年1月1日至12月31日上海市肺科医院收治的行mNGS检测并行结核分枝杆菌（MTB）抗酸染色涂片法、MTB培养法及利福平耐药实时荧光定量核酸扩增检测技术（Xpert MTB/RIF）检测的疑似结核病患者，研究共纳入疑似结核病205例，男120例，女85例，中位年龄为34 （16， 70）岁。其中结核病165例，男92例，女73例，中位年龄30（12， 67）岁；非结核病40例，其中感染性疾病28例，恶性肿瘤12例，男28例，女12例，中位数年龄45（24， 78）岁。以最终诊断为参考标准，计算mNGS对不同类型的结核病（肺结核与肺外结核）及与不同诊断方法诊断效率的差异，P<0.05为差异有统计学意义。结果以临床诊断结果作为参考标准，mNGS诊断结核病的敏感度为60%（99/165，95%CI为0.53~0.67），特异度为100%（40/40，95%CI 为0.90~1.00）， 阳性预测值为100%（99/99， 95%CI为0.95~1.00），阴性预测值为38%（40/106，95%CI为0.29~0.48）。mNGS诊断肺结核的敏感度为59% （59/100），显著高于涂片法（15%，15/100）和培养法（26%，26/100）， 差异均有统计学意义（均P<0.001），但与Xpert法（52%，52/100）比较差异无统计学意义（P=0.090）；mNGS诊断肺外结核的敏感度为62%（40/65），显著高于涂片法（5%，3/65）、Xpert法（31%，20/65）及培养法（18%，12/65）， 三者比较差异均有统计学意义（均P<0.001）。结论mNGS法检测MTB快速、高效，对于结核病特别是肺外结核病的诊断优于其他常用的诊断方法。

简介：摘要呼吸道感染性疾病严重威胁儿童健康，早期明确病原可为疾病的诊断和治疗奠定基础。宏基因组测序是一种不依赖于培养，直接对临床样品进行测序，并给出全部微生物序列信息的技术。宏基因组测序从病原微生物的检测、微生物组学、微生物与宿主基因相互作用等方面为儿童呼吸道感染性疾病病原微生物的研究提供了十分重要的研究方法。现从宏基因组测序流程、在儿童呼吸道感染性疾病中的应用及国内外研究进展等方面进行阐述。

简介：摘要目的评估全外显子测序技术（WES）对儿童语言发育迟缓/障碍的早期诊断价值。方法回顾性研究。选取 2019年1月至2020年12月于首都儿科研究所附属儿童医院保健科就诊的语言发育迟缓/障碍患儿为研究对象。知情同意基础上采集患儿和父母外周血进行WES，结合患儿的临床表型筛选候选变异，包括单核苷酸突变（SNVs）和基因拷贝数变异（CNVs）。候选变异利用Sanger测序/real-time PCR/CNV-Seq完成验证和家系分离分析，最终根据美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）指南完成致病性评估和遗传诊断。对其中完成《儿童神经心理行为检查量表2016版》检查的125例患儿，以WES检测结果阳/阴性分组，采用t检验比较两组患儿总发育商、大运动、精细动作、适应能力、语言和社会行为能区的发育水平。结果165例语言发育迟缓/障碍患儿完成WES检测，男女比例为1.95∶1，男童109例，女童56例，年龄（3.2±1.2）岁、中位数3.0岁，共检测出与疾病相关的致病性突变者45例，阳性诊断率为27.3%（45/165）。其中36例检测到的变异为SNVs，9例为CNVs。家系成员的变异来源检测显示新发突变在致病性基因变异中占比为86%（31/36）。女童的阳性诊断率45%（25/56），显著高于男童（18.3%、20/109，χ²=12.171，P<0.05）；各年龄段的阳性诊断率无显著差异（χ²=4.349，P>0.05）；WES检测阳性组患儿大运动发育商均值低于阴性组（61.5±15.39 vs. 69.4±14.36），差异有统计学意义（t=-2.610，P<0.05）；两组患儿在精细动作、适应能力、语言、社会行为能区发育商的差异无统计学意义（t=-0.933、-1.298、-0.114、-0.214，P均>0.05）。结论语言发育迟缓/障碍具有复杂的遗传异质性，WES在全外显子层面对语言发育迟缓/障碍儿童的早期病因诊断具有重要价值。

简介：摘要目的Kallmann综合征(Kallmann syndrome, KS)是一种以先天性低促性腺激素性性腺功能减退和嗅觉缺失为特征的遗传病。目前已经报道20余个基因与KS相关。本研究对3例KS患者进行全外显子测序，以进一步明确其遗传病因。方法收集3例KS患者及家属外周血提取基因组DNA，采用全外显子组测序进行基因学检测序筛选出的致病基因，并进行Sanger测序和家系验证，并通过生物信息学软件对突变位点进行功能分析。结果先证者1为25岁男性，表现为低促性腺激素性性腺功能减退、头发早灰及感音性耳聋，基因检测在SOX10基因中检出杂合错义突变c.475C>T(p.R159W)，具有KS表型的先证者1母亲、姐妹和表姐均检测到该错义突变，符合常染色体显性遗传。先证者2为15岁男性，表现为低促性腺激素性性腺功能减退及左肾缺如，基因检测发现该患者有ANOS1基因c.844delC(p.R282Vfs*28)杂合突变。其母为c.844delC杂合突变携带者，临床表型正常，符合X连锁隐性遗传。先证者3为21岁女性，表现为低促性腺激素性腺功能减退及嗅觉缺失，基因检测在FGF17基因中检出杂合错义突变c.149G>A(p.R50Q)，该突变经SIFT和PolyPhen2生物信息学预测为致病性错义突变，在HGDM数据库未见报道，认为是新发突变。结论KS是一种临床和遗传异质性很强的疾病，本研究在3例KS患者中通过外显子测序分别发现了ANOS1 c．844delC，SOX10 c．475C>T及FGF17 c．149G>A突变，进一步拓展了KS的突变谱及表型谱。

简介：骨骼系统发育异常(skeletalabnormalities,SKA)是指骨骼的形态、发育以及完整性表现异常的一组疾病。疾病之间具有不同的遗传方式、临床表现、处理方法、治疗与预后,具有较大的遗传异质性,其在新生儿中的总发病率为1/5000,且不同骨骼系统异常种类之间的发病率各不相同。

简介：无