简介:本文提出DNA序列相似度指标,建立DNA序列比对算法。首先,将水生生物DNA样本序列与现有的基因库中的DNA序列逐项比对;其次,在满足特定阈值条件下,确认样本序列的分类。利用Java编程语言来实现算法,通过MonteCarlo模拟和实际应用,验证算法的有效性。理论结果表明:在满足特定阈值条件下,通过计算DNA序列相似度,能够确定数据库中与未知DNA样本序列最相似的序列,判断样本序列的分类。模拟实验、对比研究和应用结果表明:相似度指标算法在有效判别DNA序列的分类,提高DNA序列匹配成功率,降低程序复杂度等方面具有优良特征。
简介:目的获得东方田鼠的特异DNA序列.方法Aβ基因使用PCR,基因克隆,斑点杂交,DNA序列分析,生物信息学技术.结果根据小鼠MHCⅡ外显子2及其两侧序列,合成引物并扩增东方田鼠基因组DNA,将PCR产物回收、测序后,分别设计内引物扩增东方田鼠基因组DNA,其中一对引物可得到特异性扩增带,将得到的DNA片段插入PGEM-Teasy载体,进行序列分析.用这对引物扩增人、昆明小鼠、BALB/c小鼠及C57BL/6J小鼠基因组DNA,均无扩增产物.以东方田鼠特异性扩增产物为探针进行斑点杂交,除东方田鼠基因组DNA外,其他几种动物基因组DNA均为阴性结果.进一步对该DNA片段进行了BLAST同源性搜索和外显子预测,在Genbank中没有发现高度同源序列,并且找到一个可能的外显子,该外显子由69个氨基酸组成.结论获得的DNA片段为东方田鼠的特异片段,这将为从分子水平深入研究东方田鼠的遗传背景、生物进化规律以及东方田鼠抗日本血吸虫的机理奠定基础.
简介:根据mtDNAD-loop基因对钦州茅尾海尖鳍鲤群体(n=34)的遗传多样性进行了研究.通过PCR技术进行了mtDNAD-loop基因扩增,检测到变异位点共计18个,占全部的1.97%.其中:3个是颠换位点,14个是转换位点(C-T,A-G),1个转换位点与颠换位点同时存在.34尾个体分属14种单倍型.尖鳍鲤线粒体DNA(mtDNA)核苷酸多样性(π)为0.00301,平均核苷酸差异数(K)为2.747.单倍型多样度(H)为0.911,单倍型间平均遗传距离(P)为0.004.用单倍型间遗传距离构建的NJ系统树由4个支系组成.尖鳍鲤茅尾海种群线粒体(mtDNA)D-loop基因多态性较低,表明该种群遗传多样性相对较低,因此,保护尖鳍鲤种质资源刻不容缓.
简介:序列比对是将蛋白质中的基因或氨基酸进行对齐的动作,目的是要找出两序列的相似程度,而多重序列比对则是同时比对多个DNA或蛋白质序列,找出此序列群组中最佳的比对结果.本研究结合遗传算法及模拟退火算法,先利用遗传算法优化种群的概念,随着世代演进逐渐产生近似最佳解,再利用模拟退火算法进行小区块内的比对修正.实验结果显示,利用遗传算法与模拟退火算法的结合,使得遗传算法在跳脱局部最佳解的时候能有更大空间移动,而且也让模拟退火算法能有效解决经由遗传算法初步比对之后所产生的不良区域.两种算法结合的序列比对结果比任何单一算法的结果好,因此可以提升整体比对效果,将来能够为生物学家在判断未知序列功能时提供适当的帮助.
简介:AventadorLP700-4还是延续了Lamborghini的一贯设计风格,显得粗犷而霸气,浑身充满了如蛮牛般的力量。而从整体感觉上,我们也能从其身上看到Murcielago、Renventon以及SestoElementoConcept的影子。