简介:目的研究江苏口岸小家鼠的基因多态性和遗传进化规律,为国境口岸小家鼠的鉴定和溯源提供技术支持。方法通过基因扩增、测序和比对,研究江苏10个口岸小家鼠线粒体基因组成,结合GenBank中小家鼠线粒体基因组信息,对小家鼠进行遗传多态性分析和系统发育研究。结果小家鼠的线粒体全基因组序列全长约16300bp,由13种蛋白质编码基因、2种rRNA基因、22种tRNA基因、1个轻链复制起始区和1个控制区等构成。生物信息学分析发现小家鼠线粒体基因多态性丰富,其遗传进化规律与地理位置有一定的联系,不同地区小家鼠之间的分化程度大于同一地区小家鼠之间的分化程度。结论小家鼠的种内差异程度与不同个体所处地理位置有很大联系,我国的小家鼠大致可以长江为界限进行划分。
简介:目的克隆并鉴定乙型肝炎病毒表面抗原基因,为下一步构建该重组腺病毒载体以及进一步研究腺病毒载体的包装及在乙型肝炎病毒基因治疗中的作用.方法参照人HBVadr亚型序列,设计和合成S基因特异引物.应用PCR技术,从含有HBsAg的HBVDNA中扩增目的DNA,通过TA连接将其克隆入pGEM-Teasy载体,经限制性内切酶BgIⅡ/SalI鉴定后,进一步测序鉴定.结果从乙肝表面抗原阳性(HBsAg+)血清中成功提取HBVDNA,并以此DNA为模板,成功扩增出S基因,测序结果与GenBank中注册的相应序列比对,核苷酸序列的同源性高达92%~99%,预测氨基酸序列同源性亦达82%.结论从HBsAg阳性血清中成功克隆出S基因序列,为进一步构建重组腺病毒及后续实验奠定了基础.
简介:目的对我国登革2型病毒1998年广东省南海市流行株GD08/98结构蛋白基因进行序列测定及分析,为追踪其地域来源、基因组结构与致病性的关系及研究开发登革病毒新型疫苗奠定基础.方法根据登革2型国际标准株NGC序列,设计2对重叠引物,RT-PCR扩增,分别克隆到pMD18-T载体,转化受体菌DH5α,挑取阳性克隆进行PCR、酶切鉴定及序列测定.结果此登革病毒株结构蛋白基因序列长度为2325bp,编码775个氨基酸.与其它登革2型病毒株ThNH81/93、NGC、44、TSV01、04及S1进行比较,其核酸序列同源性分别为98%、94%、94%、92%、92%、90%.结论GD08/98病毒株的结构基因序列基本类似于已发表的其它登革2型病毒株.GD08/98株与ThNH81/93株同源性最高,推测其可能来源于泰国.
简介:目的了解在广东省受血及献血者中发现的HIV-1亚型的流行规律及其与国际参考株的同源性.方法应用套式聚合酶链反应(PCR)对14例采自于广东省HIV-1抗体阳性的受血者或献血者淋巴细胞富集液的核酸样品进行扩增,并使用AB1377型测序仪对扩增产物测序后,对其ENV基因C2-V3段的核酸序列进行比较分析.结果14份血样中,7份为泰国B'亚型,与国际参考株RL42的距离最近,基因离散率为(6.082±2.607)%,组内离散率为(5.963±2.383)%;4份为AE重组亚型,与国际参考株TH.90.CM240最近,基因离散率为(8.900±1.830)%,组内离散率为(13.810±1.317)%;2份为07-BC重组亚型,与国际参考株CN.97C54A最近,基因离散率为(4.155±1.223)%,组内基因距离为6.36%;1份为08-BC重组亚型,与国际参考株97CNGX-9F最近,基因距离为0.97%.结论本次检测的广东省受血及献血者HIV-1以泰国B'亚型为主,也存在主要在性途径感染人群中流行的AE重组亚型和吸毒者中流行的07-BC、08-BC重组亚型.
简介:目的了解安徽农村地区散养家畜自然感染嗜吞噬细胞无形体状况和基因特征。方法应用巢式PCR对怀远、明光和广德县采集的148份家畜全血样本进行嗜吞噬无形体16SrRNA基因检测,并对扩增产物测序,应用生物软件MEGA4.0进行序列分析。结果148份家畜全血样本中检测出山羊、牛和犬嗜吞噬细胞无形体16SrRNA基因阳性率分别22.1%、25.0%和40.0%。26份PCR阳性扩增产物测序成功,序列分析结果表明:检出序列可归为4群,I群优势株占分析序列的66.7%,与北京、浙江和湖北等地检测序列同属一个分支。目的基因测定序列与参考序列同源性达97.0~99.0%。结论安徽调查地区农村家畜动物存在嗜吞噬细胞无形体感染,山羊是该地区嗜吞噬细胞无形体的重要宿主动物之一。
简介:摘要目的通过应用磁共振成像技术,对胎盘植入的定位及定性诊断,探讨最佳的MR应用序列。方法使用SiemensSymphony超导型
简介:目的通过全基因组测序研究利奈唑胺(LZD)敏感株和诱导耐药耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)之间基因变异位点差异,了解LZD耐药基因变异位点。方法采用不同浓度梯度的LZD对遗传背景清晰的MRSA-MS4母株进行诱导,获得LZD耐药菌株MRSA-MS4-LZD100,测定最低抑菌浓度(MIC),采用普通聚合酶链反应(PCR)扩增MRSA-MS4-LZD10023SrRNAV区及核糖体蛋白L3/L4基因,测序后与野生株比较,获得相应的突变位点;采用IlluminaHiSeq2000测序技术对样品DNA进行paired-end(PE)测序,构建IlluminaPE文库,利用生物信息学完成该菌株的全基因组测序。结果经过32代诱导,获得MRSA-MS4-LZD100菌株,其LZDMIC为96μg/mL。PCR测序分析提示其V区多拷贝基因均存在G2447T突变,L3蛋白存在Gly113Val突变;全基因组包含2744315bp碱基对,注释后共有2509个基因,11个tRNA编码基因,以及2个完整的rRNA基因编码操纵子,获得PubMed全基因序列号(JXMJ00000000);共找出101个SNP和6个Smallindel突变,发生于外显子的SNP占16个,SNP后导致氨基酸序列改变的蛋白质包括IstBATP结合区域包含蛋白、凝集因子A及转座子IS1272等,而发生于外显子的Smallindel占3个,Smallindel突变后导致氨基酸序列改变的蛋白质包括假设蛋白、30S核糖体蛋白S1、凝集因子A。结论经LZD诱导获得LZD耐药MRSA-MS4-LZD100菌株,测序分析提示该菌株存在除23SrRNAV区及L3蛋白基因以外的突变位点,为进一步研究隐性LZD耐药机制指明了方向。