简介：在此,我们报道一个黄龙病菌亚洲种（‘CandidatusLiberibacterasiaticus’）（广西-1菌株）的全基因组序列。该菌株基因组由1个环状染色体构成,大小为1,268,237bp,G＋C含量为36.5%,包含1,141个开放阅读框,44个tRNA,3个完整的rRNA。

简介：摘要目的分析天津市1例输入性基孔肯亚病毒（CHIKV）的全基因组序列特征与进化，为CHIKV的监测与防控提供科学依据。方法收集2019年11月4日于天津市第二人民医院采集的血清标本200 μl提取核酸，设计叠瓦式引物扩增CHIKV基因组全长，然后利用Illumina Miniseq平台进行高通量测序。结果本研究的CHIKV属于ECSA基因型印度洋分支，与大部分中国分离株一致，相似性为92.72%~99.86%，在国际上与巴基斯坦分离株亲缘关系最近（99.74%）。天津CHIKV在关键位点E1-D284E和E2-I211T处有两处突变，与ECSA基因型一致。此外，天津CHIKV还具备两个关键毒力位点E2-12T和E2-82G，以及nsP3-R524Opal终止子突变。结论天津CHIKV具备较强毒力，且具备在白纹伊蚊中传播的能力，提示应继续加强对CHIKV的监测。

简介：目的研究江苏口岸小家鼠的基因多态性和遗传进化规律,为国境口岸小家鼠的鉴定和溯源提供技术支持。方法通过基因扩增、测序和比对,研究江苏10个口岸小家鼠线粒体基因组成,结合GenBank中小家鼠线粒体基因组信息,对小家鼠进行遗传多态性分析和系统发育研究。结果小家鼠的线粒体全基因组序列全长约16300bp,由13种蛋白质编码基因、2种rRNA基因、22种tRNA基因、1个轻链复制起始区和1个控制区等构成。生物信息学分析发现小家鼠线粒体基因多态性丰富,其遗传进化规律与地理位置有一定的联系,不同地区小家鼠之间的分化程度大于同一地区小家鼠之间的分化程度。结论小家鼠的种内差异程度与不同个体所处地理位置有很大联系,我国的小家鼠大致可以长江为界限进行划分。

简介：摘要目的了解苏州市2019新型冠状病毒感染病例的病毒分子变异及宿主适应性情况。方法采集苏州市9例本土2019新型冠状病毒感染病例和6例境外输入2019新型冠状病毒感染病例的咽拭子样本，提取病毒核酸进行病毒全基因组测序。以武汉株Wuhan-Hu-1为参考序列进行比对分析。采用MEGA 7.0软件构建病毒全基因组序列系统进化树。结果15条2019新型冠状病毒基因组序列分别按照中国分型法、Nextstrain分型法、Pangolin分型法和全球共享流感数据倡议组织(Global Initiative on Sharing All Influenza Data, GISAID)分型法可分为7个型、6个型、8个型和5个亚型/谱系。与Wuhan-Hu-1参考株相比，基于核苷酸翻译的氨基酸序列突变位点中位数为3个，范围为0~12个。6条境外输入病毒株刺突蛋白均检出可导致传播力增强的D614G突变。输入病例的基因序列中未发现可导致病毒传播力明显增强的阿尔法变异株、贝塔变异株和伽马变异株。15条序列核苷酸突变位点中位数为8个，范围为3~23个。结论2019新型冠状病毒在不断变异，已衍生出多种进化谱系/基因型。苏州市境外输入病毒株均携带可致传染性增强的突变。

简介：1985年，加利福尼亚大学的罗伯特·圣西摩尔认为，将人类基因组排序在生物学上相当于将人送上月球。2000年6月26日，科学家宣布完成人类基因组的“工作草案”，这个时间比目标提前好几年。这是在生命科学领域进行的最大项目，参与者包括来自美国、英国、法国、德国、日本和中国成千上万的科学家。

简介：摘要目的对呼吸道标本中新型冠状病毒进行二代测序(NGS)，获取基因组序列并分析测序影响因素。方法2020年1月，收集广东省新型冠状病毒感染病例的上呼吸道和下呼吸道标本共计8份，运用RNA建库的方法进行测序，获得新型冠状病毒的基因组序列，采用生物信息学软件包(CLC Genomics Workbench 12.0)对基因组序列进行分析比较。结果从8例呼吸道标本中获得5个新型冠状病毒基因组序列，其中2份来自下呼吸道标本。与新冠病毒的核苷酸同源性为97.74%～99.90%。Ct值低的样本，测序深度、覆盖度和相对丰度高。结论标本中新型冠状病毒的Ct值低，测序质量好。

简介：摘要目的研究中国2013-2018年手足口病病例分离的柯萨奇病毒A组8型（CV-A8）全基因组序列特征及对全基因组各编码区进行遗传进化分析。方法对我国不同地区手足口病患者分离的11株CV-A8的全基因组序列，采用Sequencher 5.0、MEGA 7.0等软件对获取的全基因组序列进行比对和遗传进化分析。结果序列比对显示11株CV-A8基因组长度在7 393~7 400 bp之间，与原型株比较，在编码区无碱基插入或缺失，在非编码区存在个别碱基的插入或缺失。11株CV-A8毒株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为78.3%~98.6%和92.6%~99.7%；与CV-A8原型株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为78.3%~98.2%和92.6%~99.7%。对CV-A8的VP1区序列进行了系统发育分析，可将CV-A8分为5个基因型：A、B、C、D和E，本研究11株CV-A8分属于C（1株）、D（2株）、E（8株）3个基因型。11株CV-A8毒株全基因组序列核苷酸和氨基酸同源性分别为81.3%%~98.8%和95.9%~99.5%，P2区进化树图显示，本研究的8株E基因型CV-A8和CV-A4、CV-A14和CV-A16原型株进化距离最近，P3区进化树图显示，本研究8株E基因型CV-A8和CV-A5、CV-A16、CV-A14和CV-A4进化距离最近。结论本研究中11株CV-A8其衣壳区呈现基因多样性，非衣壳区呈现重组多样性，提示CV-A8正在经历变异动态变化； CV-A8有可能成为手足口病的重要病原体，因此需要进一步加强监测CV-A8。

简介：摘要目的研究沧源县蠓携带版纳病毒的全基因及其遗传进化特征。方法2018年在沧源县采集蠓，研磨后将上清液接种BHK-21细胞进行病毒分离的同时用宏转录组学方法检测蠓携带病毒情况，用Perl、Mafft等软件进行病毒序列比对、同源性和分子遗传进化分析。结果通过宏转录组学方法，从CYC1801组中获得1株版纳病毒的全基因序列，对全基因进行分析显示，节段4和节段7与越南株亲缘关系较近，其余节段均与中国株亲缘关系较近，根据节段12基因序列的系统进化分析，CYC1801与A2基因亚型处于同一进化分支，属于A2型版纳病毒。结论沧源县蠓携带有版纳病毒并可能作为传播媒介引起疾病流行，需加强监测及防控。

简介：摘要目的了解云南省蝙蝠体表寄生蛛蝇中肯科伊病毒(Kaeng Khoi virus，KKV)的感染情况。方法2014年在保山市和2017年在瑞丽市采集蝙蝠体表寄生蛛蝇标本并进行鉴定，应用细胞组织培养法进行病毒分离，对阳性分离物进行序列扩增测序，对病毒全基因序列进行同源性和系统进化分析。结果用蛛蝇标本研磨上清液接种BHK-21细胞，从瑞丽市和保山市蛛蝇标本分离到3株阳性分离物(WDBC1704、WDBC1710和BSBC1406)，均能使BHK-21细胞出现圆缩、脱落的细胞病变。经RT-PCR和高通量测序扩增后，获得3株阳性分离物的全基因组序列。系统进化分析显示3株阳性分离物的S、M、L基因均与泰国分离的KKV原型株PSC-19在同一进化支。本次分离的3株KKV与云南省既往分离株WDBC1403亲缘关系最近，其中BSBC1406株又形成一个独立的小分支。序列对比显示3株分离株之间在M基因上存在较大差异，BSBC1406与其他2株相似度仅为78.0%~78.1%，开放阅读框区中Gc蛋白的氨基酸相似度均为85.3%。结论从云南蝙蝠寄生蛛蝇中新分离的3株KKV与原型株有较大差异，特别是BSBC1406株与其他分离株存在一定差异，可能已发生了变异，应加强云南省媒介昆虫携带KKV的监测及其与人类疾病关系的研究。

简介：摘要目的了解福建省莆田市2015年G基因型腮腺炎病毒(mumps virus，MuV)全基因组序列特征。方法选择福建省莆田市2015年分离得到的2株腮腺炎流行株进行研究，命名为MuV15-01和MuV15-23。采用逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction，Rt-PCR)对分离株全基因组进行扩增，并对产物进行测序拼接，结合GenBank下载的不同基因型腮腺炎参考株及现有疫苗株序列比对分析分离株基因序列遗传差异及抗原位点变异情况。结果福建省莆田市MuV分离株基因全长15 384个核苷酸，与其它基因型毒株相比，全基因组核苷酸差异在3.7%～6.0%之间，其中与A基因型(疫苗株)的遗传差异最大，与N和B基因型的遗传差异最小；在基因组编码7种病毒蛋白核苷酸序列上，SH基因变异最大，M和L基因最为保守；在N基因和HN基因已知抗原相关位点上分别存在7和11个氨基酸位点变异；相比于疫苗株福建分离株在HN基因的464位点上多增加了一个N-糖基化位点。结论现流行于福建省莆田市的G基因型MuV与腮腺炎其他基因型及疫苗株之间在全基因上存在较大的差异，提示需要进一步加强腮腺炎流行株与疫苗株之间的遗传差异性监测，为更好的腮腺炎防控提供科学依据。

简介：摘要目的从福建省2016年输入性黄热病病例标本中分离黄热病毒(YFV)并分析其生物学特征。方法将16份黄热病毒核酸阳性血清、尿液、唾液样品分别接种C6/36细胞，YFV实时荧光RT-PCR法鉴定检测培养物中特异性病毒核酸，通过高通量测序获得病毒全基因序列并绘制系统进化树。结果从1例患者发病后3天的血清样品分离到一株病毒，通过YFV实时荧光RT-PCR鉴定为YFV病毒；BLAST分析显示该毒株全基因序列与2016年我国首例输入性黄热病病例中分离得到的毒株CNYF01R/2016(KX268355)序列完全一致；系统进化树显示该毒株与1971年安哥拉流行株Angola71分属同一进化树分支，与疫苗株17D vaccine strain(X03700)存在明显的差异，表明本研究分离到的YFV毒株是属于安哥拉型YFV野毒株。结论福建省成功从2016年输入性黄热病病例样品分离到一株安哥拉型YFV毒株。

简介：摘要目的分析杭州市首例感染新型冠状病毒（2019-nCoV）病例病毒全基因组序列特征。方法采集杭州市首例新型冠状病毒肺炎病例咽拭子和深咳痰液呼吸道标本，对标本进行病毒核酸提取和实时逆转录PCR检测，对病毒进行高通量基因组测序；从美国国立生物技术信息中心GenBank数据库中获取29条（分别来自武汉、深圳、日本、美国、澳大利亚和芬兰）2019-nCoV基因组序列和其他物种来源的30条β冠状病毒基因组进行系统发育分析。对15株武汉地区毒株基因组以突变位点进行分组，鉴定其他地区相同和特异性突变位点。结果获得29 833 bp长度的杭州首例感染2019-nCoV病例病毒的基因组序列，覆盖病毒编码区全长。系统发育分析表明，该病毒与云南蝙蝠中分离到的严重急性呼吸综合征样冠状病毒RaTG13株最为接近，相似性为96.11%；相较其他基因，E基因间相似性最高（99.56%），而编码病毒表面刺突蛋白的S基因间相似性最低（92.87%）。与来自武汉、深圳、日本、美国、澳大利亚和芬兰的29株2019-nCoV基因组序列进行比对，相似性均大于99.9%，但在一些毒株中也发现了一些单位点核苷酸多态性。结论杭州首例感染2019-nCoV病例病毒基因组序列和来自国内外疫情早期病毒基因组高度近源。

简介：周围神经损伤常导致神经元轴突的连续性中断，从而引起神经功能缺陷，这将给临床病人造成严重的不良后果。因此，促进轴突生长并使其与所分布的靶器官重新形成突触连接而达到形态和功能上的恢复成为治疗周围神经损伤的关键。神经元轴突的再生常受到损伤部位内源性因素和外源性细胞因子的影响。

简介：美国奎格·文特研究所和多伦多儿童医院以及加州大学的研究者日前公布了奎格·文特本人的基因组序列，这是世界上第一次公布单个个体二倍体的基因组序列，初步分析报告发表在最新一期的《PLOS生物学》上。

简介：鉴于泛素与植物受高温等环境胁迫下产生的一些诱导型蛋白降解有关,本研究根据擎天凤梨Ostara早期花器的全长cDNA文库,经大规模随机测序及重叠群（contigs）内EST序列的拼接,获得了擎天凤梨多聚泛素基因全长cDNA序列（GenBank登录号：GQ890686）,序列长1896bp,开放阅读框长1323bp,编码441个蛋白氨基酸残基,蛋白质分子质量为49.3kD,等电点pI为6.59。蛋白二级结构预测显示,该蛋白主要由随机卷曲、延伸链、α螺旋和β-转角组成;系统进化树分析表明与拟南芥推定的多聚泛素UBQ10（gi｜23397122｜gb｜AAN31845.1｜）亲缘关系最近;经推断它是由5个单体泛素组成的多聚泛素。本研究有助于进一步探讨该基因在低温胁迫下的反应机理以及如何采用分子调控手段增强擎天凤梨的耐低温能力。

简介：摘要目的明确耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌（CRAB）临床主要流行株CC92克隆复合群（CC92）基因组中耐药基因和毒力基因的分布，并探讨CRAB耐药和毒力的分子特征。方法本研究共纳入2019年1～7月自首都医科大学附属北京地坛医院检验科分离的33株CRAB分离株，行细菌全基因组测序研究。利用CLC Genomics Workbench v10.0软件对全基因组测序数据进行序列的质量修整后，开展序列拼接、组装与注释，并进行耐药基因与毒力基因研究，分析CC92克隆复合群CRAB基因组中携带的耐药基因和毒力基因的分布。结果基因组测序数据分析表明，33株CRAB菌株中30株为CC92型克隆复合群（包括ST195、ST208、ST369和ST540），2株为ST229型，1株为国际上未报道新序列型别。以上CRAB中包括大量的耐药基因，包括大环内酯类、四环素和链霉素耐药基因在内的8～18个耐药基因，以及包括编码与侵袭和黏附等毒力功能相关的12种毒力基因。同时，本研究发现CC92克隆复合群，除携带碳青霉烯类耐药基因以外，还携带了其他非CC92克隆群不具备的耐药基因（如blaOXA-66和blaTEM-1D）和毒力基因（如bauA和bap基因）。此外，在CC92克隆复合群中可能存在大环内脂类耐药基因[msr（E）和mph（E）]、氨基糖苷类的耐药基因（armA）、链霉素耐药基因（strA、strB）与四环素耐药基因[tet（B）]的重组。结论CC92克隆复合群的CRAB基因组存在大量耐药基因和毒力基因，且存在耐药基因重组现象，迫切需要对CRAB进一步开展全基因组水平监测，为临床病原诊断和治疗提供必要的依据。

简介：摘要MicroRNAs（miRNA）是一类约20~22碱基大小的小分子非编码RNA。是一类新发现的在转录后水平负性调控基因表达的基因调控因子。miRNA在多种肿瘤中都存在表达异常。miRNA表达异常可能在胰腺癌的发生中起到了重要作用。本课题假设miRNA的基因序列在胰腺癌中存在变异，因此检测了8种miRNA在胰腺癌组织及肿瘤细胞株中前体的基因序列。总共发现了4种新的基因序列的变异。miRNA定量分析显示，miR-21在20例胰腺癌病例标本及6种肿瘤细胞株中均有显著的高表达。新发现的一个位于pre-miR-21基因下游29个碱基处的A-G突变导致了其附近二级结构的改变，并引起miR-21的相对低表达。这些结果显示miRNA可能在胰腺癌的发生中起到了重要的作用，但是其基因序列的变异引起表达异常的分子机制仍待进一步的研究。

简介：分别以雷竹嫩叶的基因组DNA和幼穗的cDNA为模板，采用PCR方法扩增出长为490bp及262bp的片段。序列分析结果表明，该基因序列包含1个长为228bp的内含子。其编码区共编Ns86个氨基酸。其氨基酸序列与水稻中OsFCA、小麦中TaFCA的一致性分别为79．8％与69．9％，表明雷伢中可能存在调控开花的自主调控途径。

简介：

简介：摘要目的本研究以目前国际病毒分类委员会（ICTV）所接受的肠道病毒分界标准为基础，通过客观地比较全基因组/多聚蛋白两两相似值，试图寻找一种简单可靠的方法来对新的肠道病毒进行的分类。方法分析960株肠道病毒在全基因组水平上的两两比对相似值（pairwise identity scores，PIS）的频率分布图，观察在不同肠道病毒型别、不同种及不同属之间是否存在明显的分类界限，结合病毒聚类和系统发育树的结果寻找能够区分肠道病毒不同种/属的标准。结果肠道病毒不同种间及与相近病毒属之间在全基因水平上存在比较好的PIS分类界限。多聚蛋白核苷酸PIS为0.657和0.536时可对肠道病毒进行可靠、稳定的种和属的分类。结论肠道病毒多聚蛋白核苷酸序列间PIS在种和属水平上具备明显的遗传边界，并能够简单、可靠地用于肠道病毒监测实验室新种属的初步鉴定。