简介：摘要目的了解中国乙型肝炎病毒（hepatitis B virus，HBV）基因组序列的免疫逃逸突变、耐药突变和基因组进化信息。方法选取1998-2021年在GenBank中的中国HBV全基因组序列信息作为分析对象，采用MAFFT软件进行聚类分析，使用在线工具Gen2pheno进行免疫逃逸突变和耐药突变分析，使用BEAST 1.10.4做序列的时间进化分析。结果5 426条序列纳入分析集，分布于我国19个省份，C型占比最高（59.1%，3 211/5 426）。其次为B型（33.7%，1 833/5 426）。有764条（14.1%，764/5 426）序列发生了免疫逃逸突变，98.1%的序列至少发生了1处反转录酶编码区域突变。中国大部分系列的进化根在公元1801年左右。结论中国HBV耐药突变率较高，HBV基因组进化缓慢。

简介：摘要目的研究一株新型鼠类星状病毒的基因组特点和进化关系。方法采集221只山东省鼠类肠道内容物，采用高通量测序方法进行病毒组研究。结果发现一株新型星状病毒，并获得该病毒接近全长基因组，命名为RoAstV/CHN/S3。RoAstV/CHN/S3具有典型的星状病毒基因组结构，相似性分析表明与啮齿类动物星状病毒和猪星状病毒4型关系最为相近。ORF2的氨基酸遗传距离结果显示，RoAstV/CHN/S3与啮齿类动物和猪星状病毒4型的遗传距离为0.557~0.655，哺乳星状病毒属内种之间的遗传距离为0.338~0.783，推断其可能为新种。根据ORF1a、ORF1b和ORF2的系统发育树结果，RoAstV/CHN/S3与啮齿类动物星状病毒、猪星状病毒4型聚为一簇，表明这些啮齿类动物星状病毒和猪星状病毒4型具有共同祖先，也提示潜在的祖先跨种传播。对221只鼠类的肠道内容物筛查结果显示，4只鼠类为阳性，阳性率为1.8%，其中3只为褐家鼠，1只为黑线姬鼠，均来自山东省济宁市。结论新型星状病毒RoAstV/CHN/S3的发现丰富了星状病毒的多样性，为新发突发传染病的防控提供了重要的数据信息。

简介：摘要目的研究2014—2019年杭州地区乙型流感病毒的流行情况以及血凝素基因(HA)和神经氨酸酶基因(NA)的遗传进化特征。方法收集2014年10月—2019年9月间杭州地区流感样病例10 481例，用实时RT-PCR法检测乙型流感病毒，同时选取部分乙型流感病毒阳性样本，用特异性引物扩增HA和NA基因，进行基因测序并分析其遗传进化特征。结果发现自2014年以来，杭州地区每年都有乙型流感病毒的流行。其中5～14岁年龄段人群发病率最高。2014—2019年，杭州地区流行的Victoria系乙型流感病毒都属于V1A进化簇，而Yamagata系乙型流感病毒都属于Y3进化簇。HA和NA基因的序列一致性分别为94.67%～100.00%和97.13%～100.00%，并在多个抗原位点发生了改变，同时出现了重排株。结论乙型流感病毒在杭州地区流感流行中影响显著。2014—2019年，杭州地区乙型流感病毒出现了抗原变异和基因重排，流行株和疫苗株之间存在不匹配的情况，但目前并未发现耐药株的出现和流行。

简介：摘要目的明确我国诺如病毒暴发GII.6[P7]基因组进化特征和关键位点变异情况。方法对2018—2021年来自中国诺如病毒暴发监测网络(CaliciNet China)监测获得的46个GII.6[P7]阳性样本进行基因组扩增和测序，同时整合GenBank数据库中的所有ORF1(GII.P7)和ORF2(GII.6)序列，进行贝叶斯进化分析，并利用Simplot软件进行重组分析。结果根据贝叶斯进化分析，GII.P7聚合酶具有时间进化特性，平均碱基替换速率为2.067×10－3核苷酸替换/位点/年，与4种不同的VP1基因型发生重组(GII.6、GII.7、GII.14和GII.20)。GII.6型诺如病毒在衣壳区进一步分为GII.6a、GII.6b和GII.6c亚型。本研究46个毒株属于GII.6a亚型，与2015年中国GII.6[P7]参考株NHBGR59为一簇。Simplot分析确定本研究GII.6[P7]毒株重组位点在ORF1-2连接处。VP1氨基酸位点变异主要发生在P1.1末端以及P2区域，与GII.6a亚型参考株相比，受体结合位点均未发生变异。结论我国2018—2021年诺如病毒暴发的GII.6[P7]重组株均属于GII.6a[P7]亚型。

简介：摘要目的建立柯萨奇病毒B4型病毒的分离方法，并对已分离到的江苏地方株进行基因进化分析。方法使用荧光定量PCR方法检测江苏省哨点医院收治的呼吸道感染患者咽拭子样本中肠道病毒感染情况，使用HeLa细胞对阳性样本进行病毒分离，然后进行VP4基因测序与进化树分析。结果荧光定量PCR检测肠道病毒阳性12例，1份样本经病毒分离后呈现细胞病变效应，RT-PCR扩增出特异性的VP4基因，测序显示该病毒株与其他20株CVB4病毒株的VP4核苷酸同源性都在86.56%~93.59%之间，确诊为CVB4江苏地方株。进化树分析显示，该病毒株只与CVB4病毒KY369904株形成一个聚簇。结论本研究采用HeLa细胞分离与鉴定到了1株肠道病毒，VP4基因进化分析判断为CVB4江苏地方株，对预防与控制当地的肠道病毒感染具有重要价值。

简介：摘要目的揭示H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus, AIV)血凝素(hemagglutinin, HA)基因氨基酸位点的变异情况并探讨其分子进化趋势。方法收集并比对EpiFlu数据库中2020年4月以前H9N2 AIV毒株HA基因序列信息，采用生物信息学的方法分析HA蛋白关键受体结合位点、裂解位点、糖基化位点的氨基酸差异。结果84.92%(4 067/4 809)序列HA226位点的谷氨酰胺(glutamine, Q)被亮氨酸(leucine, L)替代；来自禽类的序列发生HA-Q226 L突变的占84.75%(4 013/4 735)，来自哺乳动物的序列发生HA-Q226 L突变的占72.97%(54/74)；96.26%(4 629/4 809)序列HA蛋白裂解位点基序模式仍保持低致病性AIV的特点，但有180条来自禽类的序列HA蛋白裂解位点插入了2个碱性氨基酸；58.68%(2 822/4 809)序列新增1个或者2个潜在糖基化位点，而66.44%序列(3 195/4 809)丢失糖基化位点HA210-212。结论H9N2亚型AIV HA蛋白受体结合位点趋于结合人类受体，对哺乳动物的适应性增加，HA蛋白裂解位点和糖基化位点有向高致病性AIV的序列特征突变的倾向。

简介：摘要目的对2019年广州本地登革热病例血清型分布和病毒全基因组进化特征进行分析，为登革热防治提供科学依据。方法应用登革病毒血清型特异性荧光PCR试剂盒进行分型，操作步骤按照试剂盒说明书严格进行；分离培养的病毒采用Illumina平台进行全基因组序列测定；从ViPR网站下载部分代表性序列，用MEGA7.0软件进行病毒系统发育分析。结果2019年广州本地登革热为3个血清型共流行，其中登革1型占比80.35%，2型占比12.97%，3型占比6.68%；3个血清型之间患者的性别、年龄分布和重症发生率差异均无统计学意义。病毒全基因组进化分析显示，登革1型分离株属于基因Ⅰ型，来源上有两个分支，与柬埔寨来源毒株亲缘关系近；登革2型分离株为Cosmopolitan型，与东南亚流行株亲缘关系近；登革3型分离株属于基因Ⅲ型，与印度病毒株在同一分支。结论2019年广州登革病毒为1、2和3三个血清型共流行，每一个血清型病毒分属同一种基因型。

简介：摘要目的分析北京地区呼吸道感染住院儿童人博卡病毒1型(human bocavirus 1，HBoV1)的流行病学特征，阐明遗传进化特点。方法采用real-time PCR方法对2017—2019年北京友谊医院呼吸道感染住院患儿的2 848份鼻咽抽吸物样本进行HBoV1核酸检测，结合临床信息进行流行病学分析；利用巢氏PCR方法扩增HBoV1的NP1和VP1基因，分析序列同源性；构建VP1的最大分支可信度树和种群进化图，进行时间进化分析。结果2 848份样本中检出HBoV1阳性样本90份，感染率为3.16%，5岁以下患儿居多(93.33%，84/90)。HBoV1感染全年可见，10月份病例数最多，检出率为7.23%(18/249)。HBoV1阳性病例多与其他呼吸道病毒混合感染(48.89%，44/90)，临床症状多为咳嗽和发热。巢氏PCR扩增获得NP1区序列55条和VP1序列47条，核酸同源性分别为98.9%~100%和99.1%~100%。HBoV1 VP1时间进化分析显示本研究获得的HBoV1基因序列出现在两个进化分支上，HBoV1种群动态平稳。结论HBoV1是导致北京地区儿童呼吸道感染的常见病毒之一，其基因进化相对稳定，但仍需持续监测。

简介：摘要目的对南京地区2014—2016年流行的甲型H3N2型流感病毒血凝素(hemagglutintin，HA)基因进行测序和分析，掌握HA基因的位点突变和遗传进化特征。方法于2014—2016年流感监测样本H3N2型流感病毒阳性标本中，根据时间段随机选取27株，MDCK细胞进行病毒分离和纯化，吸取病毒培养液提取病毒RNA，反转录-聚合酶链反应(reverse transcritase polymerase chain reaction，RT-PCR)扩增病毒HA基因全长并测序，掌握HA序列特征，对其遗传进化特点、重要功能位点进行详细分析。结果27株H3N2型流感毒株HA基因核苷酸长度为1 701 bp，编码566个氨基酸；与同年WHO推荐疫苗株序列同源性高达97.9-99.5%。进化分析表明，2014-2016年南京流行株在进化树上分属两个分支，实现了从3C.3a到3C.2a基因型的转变，目前以3C.2a基因型流行为主；不同年份的南京分离株多个抗原表位上的氨基酸发生了变异。结论2014—2016年南京地区H3N2亚型流感病毒流行株与疫苗株同源性高，疫苗可以产生良好的保护作用；HA基因抗原位点变异快，分子遗传进化活跃，有必要对病毒HA基因的分子特征进行持续监测，为下一个流感病毒流行季H3N2型的防控做好准备。

简介：摘要猴痘是由猴痘病毒（monkeypox virus，MPXV）引起，以皮疹为主要表现的人畜共患疾病。既往猴痘主要发生在中非和西非的热带雨林地区，偶尔输出到其它地区。但自2022年5月以来，已有多个非流行国家报道相关病例。目前该病毒有两种进化分支：刚果盆地进化分支和西非进化分支，两种进化分支流行病学和临床表现特征不尽相同。目前我国台湾地区发现输入病例，随着全球各国交往日益密切，我国进一步面临出现输入病例的风险。本文就猴痘病毒进化分支相关特点进行综述，以提高医务工作者对猴痘病毒不同进化分支特点的认识。

简介：摘要目的分析济宁市2017—2020年度乙型流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因变异情况及分子进化特征。方法采集2017—2020年度济宁市哨点医院和流感暴发疫情病例咽拭子标本，进行核酸检测、病毒分离，选取20株乙型流感病毒代表毒株进行HA和NA基因测序，利用生物信息学软件构建进化树并分析分子进化特征。结果2017—2020年度共监测病例标本4 575例，流感病毒阳性842例，其中乙型流感病毒阳性398例，阳性率8.70%(398/4 575)，占比47.27%(398/842)。2017—2020年度济宁分离的BV系和BY系流感病毒与疫苗株比，HA基因同源性分别为98.7%～98.8%、98.5%～99.1%。2018—2020年度BV系流感归属于Victoria clade 1A分支，2017—2018年度BY系流感归属于Yamagata clade 3分支。对抗原表位和耐药位点的变异情况进行了分析，发现多处抗原表位发生了变异，但未发现神经氨酸酶抑制剂耐药位点的变异。结论2017—2020年度济宁市BV系和BY系乙型流感病毒均发生了数个抗原位点变异，出现了抗原转变，可能是引起乙型流感暴发的原因。

简介：摘要近年来，随着抗菌药物的滥用，全球范围内的多重耐药菌逐年增加。对细菌进化规律的探究可能是解决这一问题的关键。高通量测序，又称为下一代测序（NGS），可以合理利用细菌全基因组所蕴含的强大信息，在细菌进化规律的探索中展现出前所未有的分辨能力。本文主要就NGS的概述及其在细菌进化分析方面的研究与进展进行简要综述。

简介：摘要目的分析2017至2020年我国诺如病毒流行株GⅡ.4 Sydney[P31]基因型的基因组以及变异情况。方法利用通用引物初步建立GⅡ组诺如病毒基因组扩增方法，扩增GⅡ.4 Sydney[P31]株基因组，并应用高通量测序技术对其基因组测序，对GⅡ.4 Sydney[P31]株进行系统进化分析和关键位点分析。结果利用初步建立的GⅡ组基因组扩增方法，8株GⅡ.4 Sydney[P31]株中，6株扩增成功并获得基因组序列。通过系统进化分析表明，本研究获得的自2017—2020年6株毒株和2015—2019年的GⅡ.4 Sydney[P31]参考株划为一簇，2013年我国毒株GZ20 133 135株与2012—2014年GⅡ.4 Sydney[P31]参考株划为一簇。血型抗原受体结合位点(HBGAs)分析表明2014年以后的毒株在Site Ⅱ发生了氨基酸突变Asp372Asn。通过抗原表位分析，2017年以后的毒株，在A表位(297、372和373)、B表位(333)、E表位(414)和H表位(309、310)都发生了变化；2020年的毒株20HN261和20HN253株在A表位(368)和G表位(355)较之前的毒株出现了新变化。结论本研究确定了我国流行株GⅡ.4 Sydney[P31]基因组关键位点变异情况，跟踪新毒株的出现提供了科学依据，为针对我国流行株疫苗研发设计提供了基础数据。

简介：摘要目的分析轮状病毒G2P[4]型2020BJ株的近似全基因组进化特征。方法运用逆转录－聚合酶链式反应(reverse transcription-polymerase chain reaction, RT-PCR)进行轮状病毒基因组扩增，将扩增产物测序，对所得序列进行系统进化和同源性分析。结果获得人轮状病毒G2P[4]型2020BJ株近似全长的11个节段核酸序列，序列分析表明其为G2-P[4]-I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2基因型(DS-1-Like)；进化分析表明与日本、印度、孟加拉及意大利等国家毒株亲缘关系较近；亲缘关系较近的毒株间抗原表位的氨基酸存在差异。结论与2020BJ亲缘关系较近的5株G2P[4]型轮状病毒VP7和VP4的抗原表位的氨基酸存在差异，可能导致流行特征不同，应加强轮状病毒监测。

简介：无

简介：摘要目的对2016—2019年北京市GII.2[P16]诺如病毒全长基因组进行系统进化分析。方法收集2016—2019年北京市GII.2[P16]诺如病毒毒株，采用一步法RT-PCR对基因组全长进行分段扩增，应用BioEdit软件分析核苷酸相似性和氨基酸变异情况，采用BEAST软件分别构建衣壳蛋白（major capsid protein，VP1）区和RNA聚合酶（RNA-dependent RNA polymerase，RdRp）区全长序列的贝叶斯进化树，结合流行病学资料对毒株进化特征进行分析。结果测得44个毒株的全基因组序列，其VP1和RdRp基因分型一致。进化分析显示北京市2017年5月以后毒株形成新亚群并分为两个分支，分别以2017—2018年和2018—2019年毒株为主。该亚群毒株在VP1区均存在Val256Ile点突变，但RdRp区没有发现氨基酸变异位点。流行病学数据表明，北京市GII.2[P16]型诺如病毒从2016年10月输入，2017年3月至6月为暴发高峰，2017年7月以后暴发数量明显降低,但2018年底暴发又有所增加。结论北京市GII.2[P16]诺如病毒新变异株2017年5月之后基因特征有所改变，暴发强度降低，但仍具有传播风险。

简介：摘要目的了解贵州省乙型流感病毒BY系和BV系毒株HA和NA基因分子进化特征，为流感的科学防控提供依据。方法统计贵州省2017—2021年流感各型别阳性比例，提取乙型流感病毒核酸，RT-PCR扩增HA和NA基因，进行序列测定14株，并从GISAID获取83株序列，对合计97株乙型流感病毒的序列进行同源性、遗传进化和氨基酸位点变异分析。结果贵州省存在甲型、BY系和BV系流感病毒的流行，BV系为优势流行型别；BY系流感病毒HA和NA基因与参考疫苗株B/PHUKET/3073/2013相比同源性分别为98.7%~99.4%和98.4%~99.6%，BV系毒株与参考疫苗株B/Colorado/06/2017相比分别为98.3%~99.3%和98.9%~99.6%；贵州省BY系毒株主要属于Y3遗传群，HA基因处于Y3-H1~2两个分支，NA基因处于Y3-N1~3三个分支，发现3株Y3系内重配株；BV系毒株主要属于V1A-2遗传群，HA基因处于V1A-2 H1~4四个分支，NA基因处于V1A-2 N1~5五个分支，发现20株V1A-2系内重配株，未发现系间重配株；关键氨基酸位点变异分析显示抗原决定簇区域位点Y3遗传群无突变，V1A-2遗传群4个主要的抗原决定簇均存在点突变且190螺旋存在移码突变，耐药位点均未发生突变。结论贵州省流感流行型别多样，乙型流感病毒与疫苗株同源性差异在增大，HA和NA基因已进化出不同分支，基因序列存在多种形式的突变，存在系内重配株和新的变种，应持续加强乙型流感病毒的监测研究。

简介：摘要目的对2017年山东省临沂市手足口病(hand, foot and mouth disease，HFMD)患儿粪便标本进行病毒分离与鉴定，并对其基因特征进行分析。方法对HFMD患儿粪便标本进行核酸检测。用人横纹肌肉瘤细胞进行病毒分离。对病毒进行全基因组序列测定，通过与人类肠道病毒比较，对分离株进行系统发育分析和基因重组分析。结果自重症HFMD患儿粪便标本中成功分离到1株柯萨奇病毒A组2型(coxsackievirus A group 2 type, CoV－A2)，命名为CoV-A2 SD17-430，系统进化分析进一步确定其基因型属于D2基因型。SD17-430衣壳蛋白编码区与CoV-A2国际原始株同源性高，在非结构蛋白编码区与CoV-A4(MH086949)和CoV-A14(KP036482)同源性高。结论与原始毒株相比，CoV-A2 SD17-430株发生了较大程度的遗传变异，其进化过程中可能与多个A组肠道病毒发生了基因重组。应继续加强对HFMD病原的全面监测，以便进一步了解其病原谱变化，为制定更有效的HFMD防控策略提供数据参考。

简介：摘要目的了解无锡市HIV-1亚型流行及进化特征，为预测本地HIV-1疫情变化提供参考依据。方法样本来源于2013年4月至2016年7月无锡市部分CD4＋T淋巴细胞监测队列，进行HIV-1基因的扩增和测序，采用ChromasPro 1.6和MEGA 7.0软件构建HIV-1序列数据库；采用FastTree 2.1.10和BEAST 1.7.2软件和贝叶斯系统进化推断法重构HIV-1历史传播情况，采用SPSS 22.0软件进行统计学分析。结果有205例HIV-1感染者，其中≥50岁占32.68%（67/205）。共检测出CRF01_AE、CRF07_BC、CRF67_01B、B、CRF08_BC、CRF68_0B、CRF78_ cpx 7种HIV-1基因型及1例独特重组型。流行亚型以CRF01_AE（51.67%，93/180）及CRF07_BC（17.22%，31/180）为主，不同亚型之间传播方式的差异有统计学意义（ χ2＝16.99，P≤0.05）。CRF67_01B型（12.78%，23/180）所占比例较高。贝叶斯系统进化推断法分析结果显示，无锡市CRF67_01B型进化率为2.29×10-3，最近共同祖先时间约为2 003.10年，与江苏省及安徽省来源的参考株可能存在亲缘关系，CRF67_01B型于2003年开始在无锡市出现传播。结论2013－2016年无锡市HIV-1亚型复杂多样，CRF67_01B型已经开始在无锡市流行，应持续监测HIV-1亚型变化，从分子角度为疫情预测提供参考依据。

简介：摘要目的比较正常生育男性及少弱精子症患者DAZL基因启动子区域DNA甲基化水平的差异。方法采用病例对照研究，回顾性分析2018年6月至2019年6月期间于徐州医科大学附属连云港医院就诊的具有正常生育男性（对照组）15例和少弱精子症患者35例（少弱精子症组）的临床资料，对精液标本进行精子形态与精子浓度、活力分析。提取精液基因组DNA行亚硫酸氢盐处理，利用PCR体外扩增并将PCR产物经纯化后与pCR2.1载体连接及酶切验证，挑选阳性克隆进行测序和DNA甲基化程度差异比较。结果对照组DAZL基因启动子均呈低甲基化水平，甲基化率为0.96%±0.46%，少弱精子症组甲基化率为12.15%±11.35%，组间差异有统计学意义（P=0.000 4）；DAZL基因甲基化率在少弱精子症组患者中个体差异明显，有12例（34.3%）患者DNA甲基化水平超过10%。结论DAZL基因启动子区域甲基化异常可能和少弱精子症有关，有望成为男性生精缺陷的生物学标志之一。