简介：摘要：ermG基因首次在土壤细菌球形芽孢杆菌中发现。为深入研究，我们通过NCBI网站分析获得ermG基因的蛋白质序列244aa和核苷酸序列735bp。运用ExPAsy程序对ermG基因分析ermG基因为稳定蛋白属于亲水性蛋白质。对ermG同源基因的分析获得8个不同物种的相似度较高的ermG同源基因并进行进化分析，进化分析显示ermG基因与WP063844787.1、WP 118308821.1、RHK62200.1种间的亲缘关系较近，在受到环境进化压力的情况下ermG基因的保守性较好。本研究对ermG基因的生物信息学分析将对以后相关的抗性基因以及抗性基因网络协同调节生态系统微环境调节提供重要的信息来源和理论基础。

简介：摘 要：本研获得LsaE基因核苷酸序列1485bp，蛋白质序列494aa。通过Expasy程序分析LsaE基因为稳定性疏水性蛋白质。LsaE同源基因分析获得4个LsaE同源基因，这些同源基因的物种是S. suis、E. faecium。运用MAGA程序对LsaE基因构建进化树，进化分析显示LsaE基因AHC08069.1与 WP216806933.1亲缘关系最靠近。在微环境系统的调节中，LsaE同源基因在E. faecium、S. suis物种中较为保守以及功能相似。本研究对抗性基因LsaE基因的生物信息学分析以及深入的进化分析将对相关的抗性基因以及抗性基因网络协同调节生态系统微环境调节提供重要的信息来源和理论基础。

简介：谷氧还蛋白（glutaredoxin,GRX）是一类小分子氧化还原酶,在植物生长发育调控及逆境胁迫中起着重要调节作用。本研究拟对玉米MS22基因的生物信息及玉米中GRX基因家族的亲缘进化进行分析研究。通过对MS22基因的生物信息分析,发现MS22基因全长881bp,编码159个氨基酸,属于CC型谷氧还蛋白。玉米基因组中共鉴定出22个GRX类基因,其中有6个基因为GRX-subⅠ,7个基因属于GRX-subⅡ,9个基因属于GRX-subⅢ。通过聚类分析发现MS22属于GRX-subⅢ类型,该蛋白与不同来源CC型谷氧还蛋白的氨基酸序列保守性较高,一致率介于61%-87%之间。通过该研究对玉米中该类型基因的进一步研究具有较好的理论指导意义。

简介：S1是水稻(OryzasativaL.)亚非栽培稻种间杂种不育一个最重要的基因座,对杂种的雌雄配子都有选择性杀灭作用。前期我们通过图位克隆获得S1基因座的候选基因后,NCBI查找发现‘日本晴’的S1等位基因序列全长7kb,局倍区域有高GC分布。为此本研究通过分多段运用有针对性的PCR方法,对所用的材料IRAT216与IRAT216S1进行了扩增并测序,获得了各自的S1全长序列,并进行了比对,发现IRAT216与‘日本晴’的序列完全相同,但IRAT216与IRAT216S1之间存在多处变异。同时针对有效变异区对S1基因进行了分子进化调查,建立了水稻的分子进化树,确定了S1在物种进化中的意义。本研究的S1基因序列测定,将为水稻分子标记辅助育种中分子标记的开发提供序列参照,同时也将为S1基因RNA的表达分析与蛋白功能研究、在各物种中的分化变异和水稻在进化中地位划分提供理论依据,并能为水稻的起源研究提供参考。

简介：摘要：β-内酰胺酶作为抗药性基因不但参与生态系统中微生物间的协调合作调控，而且在疾病的抗药性机制中起关键性作用。本研究主要是对大肠杆菌的TEM β-内酰胺酶的序列进行系统的生物信息学分析，分析结果显示TEM-1 β-内酰胺酶是一个不稳定的疏水性的蛋白，同时根据TEM-1 β-内酰胺酶的序列获得11条跨物种不同类型的β-内酰胺酶（TEM类型、SHV类型、KPC类型、AmpC类型）。对这些β-内酰胺酶序列进行注解并构建进化树，通过分析发现大部分β-内酰胺酶的相对保守，序列的相似度较高，在进化压力下有可能在物种间保存着相同的抗药性机制。这些大多数β-内酰胺酶序列出现了单个位点氨基酸的差别现象，猜测在长期的进化压力下由于基因突变导致的单个氨基酸的不同。β-内酰胺酶进化分析结果将为发现新的微生物中的β-内酰胺酶提供重要的信息来源，将为微生物中阻断抗药性机制进行的疾病防治和预防起关键性作用。

简介：摘要目的了解中国乙型肝炎病毒（hepatitis B virus，HBV）基因组序列的免疫逃逸突变、耐药突变和基因组进化信息。方法选取1998-2021年在GenBank中的中国HBV全基因组序列信息作为分析对象，采用MAFFT软件进行聚类分析，使用在线工具Gen2pheno进行免疫逃逸突变和耐药突变分析，使用BEAST 1.10.4做序列的时间进化分析。结果5 426条序列纳入分析集，分布于我国19个省份，C型占比最高（59.1%，3 211/5 426）。其次为B型（33.7%，1 833/5 426）。有764条（14.1%，764/5 426）序列发生了免疫逃逸突变，98.1%的序列至少发生了1处反转录酶编码区域突变。中国大部分系列的进化根在公元1801年左右。结论中国HBV耐药突变率较高，HBV基因组进化缓慢。

简介：摘要目的研究一株新型鼠类星状病毒的基因组特点和进化关系。方法采集221只山东省鼠类肠道内容物，采用高通量测序方法进行病毒组研究。结果发现一株新型星状病毒，并获得该病毒接近全长基因组，命名为RoAstV/CHN/S3。RoAstV/CHN/S3具有典型的星状病毒基因组结构，相似性分析表明与啮齿类动物星状病毒和猪星状病毒4型关系最为相近。ORF2的氨基酸遗传距离结果显示，RoAstV/CHN/S3与啮齿类动物和猪星状病毒4型的遗传距离为0.557~0.655，哺乳星状病毒属内种之间的遗传距离为0.338~0.783，推断其可能为新种。根据ORF1a、ORF1b和ORF2的系统发育树结果，RoAstV/CHN/S3与啮齿类动物星状病毒、猪星状病毒4型聚为一簇，表明这些啮齿类动物星状病毒和猪星状病毒4型具有共同祖先，也提示潜在的祖先跨种传播。对221只鼠类的肠道内容物筛查结果显示，4只鼠类为阳性，阳性率为1.8%，其中3只为褐家鼠，1只为黑线姬鼠，均来自山东省济宁市。结论新型星状病毒RoAstV/CHN/S3的发现丰富了星状病毒的多样性，为新发突发传染病的防控提供了重要的数据信息。

简介：摘要目的研究2014—2019年杭州地区乙型流感病毒的流行情况以及血凝素基因(HA)和神经氨酸酶基因(NA)的遗传进化特征。方法收集2014年10月—2019年9月间杭州地区流感样病例10 481例，用实时RT-PCR法检测乙型流感病毒，同时选取部分乙型流感病毒阳性样本，用特异性引物扩增HA和NA基因，进行基因测序并分析其遗传进化特征。结果发现自2014年以来，杭州地区每年都有乙型流感病毒的流行。其中5～14岁年龄段人群发病率最高。2014—2019年，杭州地区流行的Victoria系乙型流感病毒都属于V1A进化簇，而Yamagata系乙型流感病毒都属于Y3进化簇。HA和NA基因的序列一致性分别为94.67%～100.00%和97.13%～100.00%，并在多个抗原位点发生了改变，同时出现了重排株。结论乙型流感病毒在杭州地区流感流行中影响显著。2014—2019年，杭州地区乙型流感病毒出现了抗原变异和基因重排，流行株和疫苗株之间存在不匹配的情况，但目前并未发现耐药株的出现和流行。

简介：摘要目的明确我国诺如病毒暴发GII.6[P7]基因组进化特征和关键位点变异情况。方法对2018—2021年来自中国诺如病毒暴发监测网络(CaliciNet China)监测获得的46个GII.6[P7]阳性样本进行基因组扩增和测序，同时整合GenBank数据库中的所有ORF1(GII.P7)和ORF2(GII.6)序列，进行贝叶斯进化分析，并利用Simplot软件进行重组分析。结果根据贝叶斯进化分析，GII.P7聚合酶具有时间进化特性，平均碱基替换速率为2.067×10－3核苷酸替换/位点/年，与4种不同的VP1基因型发生重组(GII.6、GII.7、GII.14和GII.20)。GII.6型诺如病毒在衣壳区进一步分为GII.6a、GII.6b和GII.6c亚型。本研究46个毒株属于GII.6a亚型，与2015年中国GII.6[P7]参考株NHBGR59为一簇。Simplot分析确定本研究GII.6[P7]毒株重组位点在ORF1-2连接处。VP1氨基酸位点变异主要发生在P1.1末端以及P2区域，与GII.6a亚型参考株相比，受体结合位点均未发生变异。结论我国2018—2021年诺如病毒暴发的GII.6[P7]重组株均属于GII.6a[P7]亚型。

简介：绝大多数丝孢真菌属、种主要以无性型存在,但该类真菌绝大多数属、种含有若干调控有性分化、发育及进化的基因信息,如交配型、信息素及G-蛋白α-亚基基因等,胁迫环境诱导这些真菌有性基因有效表达乃至发育为有性型,一直倍受真菌学界的关注。文中系统介绍了丝孢真菌无性型与有性型属种分类研究现状、进化分析及性别调控基因,1）分析属、种三类有性基因的多样性、异型交配基因比率、系统发育关系及有性进化潜力与趋势;2）分析属、种不同有性基因调控特性胁迫环境适应性,界定靶标基因及适宜生态因子,结合地球生境演化特性,预测属、种自然演化性别变化动态;3）分析靶标基因调控生态,阐明两性种有性基因调控生态遗传机制。综上有望解析绝大多数丝孢真菌属、种主要为无性型的本质原因,丰富丝孢真菌分类研究的理论,为真菌分类研究提供科学依据。

简介：摘要目的建立柯萨奇病毒B4型病毒的分离方法，并对已分离到的江苏地方株进行基因进化分析。方法使用荧光定量PCR方法检测江苏省哨点医院收治的呼吸道感染患者咽拭子样本中肠道病毒感染情况，使用HeLa细胞对阳性样本进行病毒分离，然后进行VP4基因测序与进化树分析。结果荧光定量PCR检测肠道病毒阳性12例，1份样本经病毒分离后呈现细胞病变效应，RT-PCR扩增出特异性的VP4基因，测序显示该病毒株与其他20株CVB4病毒株的VP4核苷酸同源性都在86.56%~93.59%之间，确诊为CVB4江苏地方株。进化树分析显示，该病毒株只与CVB4病毒KY369904株形成一个聚簇。结论本研究采用HeLa细胞分离与鉴定到了1株肠道病毒，VP4基因进化分析判断为CVB4江苏地方株，对预防与控制当地的肠道病毒感染具有重要价值。

简介：

简介：摘要目的揭示H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus, AIV)血凝素(hemagglutinin, HA)基因氨基酸位点的变异情况并探讨其分子进化趋势。方法收集并比对EpiFlu数据库中2020年4月以前H9N2 AIV毒株HA基因序列信息，采用生物信息学的方法分析HA蛋白关键受体结合位点、裂解位点、糖基化位点的氨基酸差异。结果84.92%(4 067/4 809)序列HA226位点的谷氨酰胺(glutamine, Q)被亮氨酸(leucine, L)替代；来自禽类的序列发生HA-Q226 L突变的占84.75%(4 013/4 735)，来自哺乳动物的序列发生HA-Q226 L突变的占72.97%(54/74)；96.26%(4 629/4 809)序列HA蛋白裂解位点基序模式仍保持低致病性AIV的特点，但有180条来自禽类的序列HA蛋白裂解位点插入了2个碱性氨基酸；58.68%(2 822/4 809)序列新增1个或者2个潜在糖基化位点，而66.44%序列(3 195/4 809)丢失糖基化位点HA210-212。结论H9N2亚型AIV HA蛋白受体结合位点趋于结合人类受体，对哺乳动物的适应性增加，HA蛋白裂解位点和糖基化位点有向高致病性AIV的序列特征突变的倾向。

简介：摘要本文通过计算机编程技术以及预测miRNA的RNAfold和Triplet-SVM软件在赤拟谷盗基因组中预测了43个miRNA。进一步对预测的miRNA进行长度统计以及保守性分析。

简介：UDP-葡萄糖焦磷酸化酶(UDPglucosepyrophosphorylase,UGP)是糖代谢合成途径中的一个关键酶。UGP以葡萄糖-1-磷酸和尿苷三磷酸为底物,催化反应生成尿苷二磷酸葡萄糖和焦磷酸,直接参与了植物糖代谢的生物合成。为了系统梳理UGP在植物基因组中的状况,我们对其基因进行了全面的鉴定和进化分析,并重点考察该基因在番茄中的表达。首先,我们针对UGP的基因序列,鉴定得到其保守结构域,在此基础上对相关基因进行了全面鉴定,从而构建了其进化树;其次,将番茄CDS序列比对到各探针,从而从数据库中提取组织中的表达数据;最后,通过结构域鉴定,进化树和表达量的分析,得出UGP在植物中的生物合成的机理。本研究为UDP-葡萄糖焦磷酸化酶提供了基因信息,为植物中糖代谢生物合成途径的作用机理及其对蔗糖合成的影响相关基因进化机制的研究提供帮助。

简介：水稻粒形相关基因,对于调控作物产量和品质都具有十分重要的作用,但关于其进化缺少一个系统的、全基因组尺度的比较基因组学分析。研究以已鉴定的水稻粒形相关基因为目标序列,在8个禾本科植物中进行比较基因组学分析,旨在全基因组范围揭示不同粒形基因在多个禾本科作物种系中的进化规律。基于同源比对分析发现,不同基因组中粒形相关基因数量不具有明显差异,平均每个基因组中粒长和粒宽相关的基因分别有364和75,其中较多的是谷子,有423粒长、71粒宽调控基因。基因组同源共线分析,发现全基因组加倍和串联重复对于家族基因拷贝数增加具有重要贡献,但是重复基因丢失可能维持了基因数量的稳定。通过粒形基因中旁系同源基因对间的同义核苷酸置换率（Ks）比较,揭示不同的粒形基因具有不同的进化速率,进化最快的是粒长调控相关基因An-1。本研究为认识水稻粒形调控相关基因进化提供了重要的理论基础,对于禾本科粒形相关基因从全局尺度到单基因的进化具有极为重要的意义。

简介：

简介：进化不会创造更完美的后代从古至今，人类从未放弃研究如何延长寿命。抛开长寿的遗传因素，医疗条件的改善和生活水平的提高已经大大延长了人类的平均寿命。

简介：摘要目的对2019年广州本地登革热病例血清型分布和病毒全基因组进化特征进行分析，为登革热防治提供科学依据。方法应用登革病毒血清型特异性荧光PCR试剂盒进行分型，操作步骤按照试剂盒说明书严格进行；分离培养的病毒采用Illumina平台进行全基因组序列测定；从ViPR网站下载部分代表性序列，用MEGA7.0软件进行病毒系统发育分析。结果2019年广州本地登革热为3个血清型共流行，其中登革1型占比80.35%，2型占比12.97%，3型占比6.68%；3个血清型之间患者的性别、年龄分布和重症发生率差异均无统计学意义。病毒全基因组进化分析显示，登革1型分离株属于基因Ⅰ型，来源上有两个分支，与柬埔寨来源毒株亲缘关系近；登革2型分离株为Cosmopolitan型，与东南亚流行株亲缘关系近；登革3型分离株属于基因Ⅲ型，与印度病毒株在同一分支。结论2019年广州登革病毒为1、2和3三个血清型共流行，每一个血清型病毒分属同一种基因型。

简介：摘要目的分析北京地区呼吸道感染住院儿童人博卡病毒1型(human bocavirus 1，HBoV1)的流行病学特征，阐明遗传进化特点。方法采用real-time PCR方法对2017—2019年北京友谊医院呼吸道感染住院患儿的2 848份鼻咽抽吸物样本进行HBoV1核酸检测，结合临床信息进行流行病学分析；利用巢氏PCR方法扩增HBoV1的NP1和VP1基因，分析序列同源性；构建VP1的最大分支可信度树和种群进化图，进行时间进化分析。结果2 848份样本中检出HBoV1阳性样本90份，感染率为3.16%，5岁以下患儿居多(93.33%，84/90)。HBoV1感染全年可见，10月份病例数最多，检出率为7.23%(18/249)。HBoV1阳性病例多与其他呼吸道病毒混合感染(48.89%，44/90)，临床症状多为咳嗽和发热。巢氏PCR扩增获得NP1区序列55条和VP1序列47条，核酸同源性分别为98.9%~100%和99.1%~100%。HBoV1 VP1时间进化分析显示本研究获得的HBoV1基因序列出现在两个进化分支上，HBoV1种群动态平稳。结论HBoV1是导致北京地区儿童呼吸道感染的常见病毒之一，其基因进化相对稳定，但仍需持续监测。