简介：为丰富太子参分子标记库、开发太子参SSR标记、寻找有效的太子参种源鉴定方法。本研究运用MISA、Primer3等分子生物学分析工具,从太子参转录组中搜索获得11297个SSR位点,其出现频率为8.87%,分布距离为平均每10kb有1.47个SSR位点,其中主要重复类型是单核苷酸重复;11297个SSR位点中不同核苷酸基序类型的SSR有259种,主要以单核苷酸重复基序A/T为主,其次是三核苷酸重复基序AAT/ATT。在此基础上设计、筛选得到16821对特异性引物,其中针对高多态性SSR序列的引物有8706对,随机挑选其中的20对引物对来源于贵州、江苏、福建的6个太子参样品DNA进行PCR扩增,其扩增成功率达70%~80%。太子参转录组SSR分布密度大、类型丰富、多态性潜能高、通用性好,可为开发太子参功能性标记提供前期基础,在太子参种质资源评价和优质种源筛选等方面具有极大的开发价值和良好的应用前景。

简介：摘要目的基于肿瘤基因组图谱(TCGA)计划数据库构建脑胶质瘤Cox比例风险回归模型，并在中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)数据库中验证，探讨该模型对预后的评估价值。方法回顾性分析TCGA数据库中668例脑胶质瘤患者(试验组)、CGGA数据库中619例脑胶质瘤患者(验证组)的临床资料及其胶质瘤组织RNA测序数据，同时选取5例来源于TCGA数据库的正常脑组织样本的RNA测序数据作为对照。筛选TCGA数据库中脑胶质瘤与正常组织间的差异基因。在试验组中应用Cox回归方法建立风险模型。分别在试验组和验证组中，采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线、Log-rank法检验高、低风险患者的生存差异，采用单因素、多因素Cox回归分析法分析影响脑胶质瘤患者预后的因素；将独立预后因素纳入分析，绘制列线图。高风险组中高表达的基因用于基因本体(GO)功能富集分析。结果试验组与验证组的年龄(<40岁或≥40岁)、性别、生存期差异均无统计学意义(均P>0.05)，但世界卫生组织(WHO)肿瘤分级、病理类型分布、异柠檬酸脱氢酶1/2(IDH1/2)突变率等差异均有统计学意义(均P<0.05)。筛选出SHD、MRC2、RPLP0P6、HOXA5、SULF2、FOXJ1、CDKN2A、NKX2-5、PLEKHA4及CDK4共10个差异基因，用于构建Cox比例风险回归模型；模型风险值>0.646为高风险，≤0.646为低风险。试验组中高风险患者的1、3、5年生存率分别为66.6%、27.7%和17.8%，而低风险患者的1、3、5年生存率分别为98.4%、88.2%和73.6%；验证组中高风险患者的1、3、5年生存率分别为69.0%、40.1%和30.6%，而低风险患者的1、3、5年生存率分别为91.0%、76.7%和63.3%。试验组和验证组高、低风险患者生存期差异均有统计学意义(均P<0.05)；单因素和多因素Cox回归分析结果显示，年龄≥40岁(HR＝3.031，95%CI：2.152～4.269，P<0.001)、WHO肿瘤分级Ⅳ级(HR＝1.961，95%CI：1.494～2.575，P<0.001)及Cox比例风险回归模型高风险(HR＝3.100，95%CI：1.915～5.020，P<0.001)是影响预后的独立危险因素，用于构建个体化评估患者1、3、5年生存概率的列线图，其预测结果与患者预后匹配度高，一致性指数为0.844。GO功能富集分析结果显示，高风险组中高表达的基因与肿瘤的微环境、免疫调节等13项功能关系密切。结论基于转录组测序数据构建的Cox比例风险回归模型和列线图或可用于脑胶质瘤患者的预后评估。

简介：摘要目的通过RNA测序(RNA sequencing，RNA-Seq)对先天性马蹄内翻足(congenital talipes equinovarus，CTEV)患儿血浆中游离的总RNA行全转录组测序，比较CTEV患儿与正常儿童血浆的mRNA、长链非编码RNA(long non-coding RNA，lncRNA)、环状RNA(circular RNA，circRNA)以及微小RNA(microRNA，miRNA)的差异表达，揭示CTEV的可能致病机制。方法选取3例CTEV患儿(试验组)及3例正常儿童(对照组)血浆样品，应用RNA-Seq技术分析3对血浆样品的转录组，筛选出CTEV患儿与正常儿童的差异表达基因与转录本。应用基因本体论方法对差异表达基因进行功能显著性富集分析，基于基因与基因组京都百科全书对差异基因进行显著性信号通路富集分析。结果成功构建样品的基因表达谱：试验组和对照组共有181个差异表达基因，其中58个上调基因，123个下调基因。差异表达lncRNA 23个，上调12个，下调11个。差异表达miRNA 23个，上调11个，下调12个。未筛选出差异表达circRNA。其中分泌磷酸蛋白1(secreted phosphoprotein 1，SPP1)和核糖体蛋白S27(ribosomal protein S27，RPS27)在试验组和对照组中基因表达量差异明显，差异倍数分别是82.24和0.01。结论RNA测序可对CTEV患儿和正常儿童的血浆中差异表达基因进行筛选。SPP1和RPS27可能与CTEV的发病相关。

简介：摘要目的探讨2例老年髋部骨折患者骨髓单个核细胞（BMMNCs）中是否存在与调节免疫炎症相关的亚群，比较其BMMNCs亚群差异。方法选取2例老年髋部骨折患者作为研究对象，记为A和B。检测患者外周静脉血补体（C）3、C4、白细胞介素（IL）-2、IL-6、IL-10和淋巴细胞亚群。对2例患者的BMMNCs进行单细胞转录组测序分析，将细胞聚类分群，对每个亚群差异表达倍数前20的基因进行基因本体论（GO）及京都基因和基因组百科全书（KEGG）分析，判断每个亚群的主要功能，找出调节免疫炎症的相关亚群及基因。比较2例患者的预后、BMMNCs亚群种类及对应细胞比例差异。结果A患者外周血指标仅IL-10稍偏高。B患者C3偏低，C4接近正常值下限，IL-2、IL-6、IL-10明显偏高，CD8+T细胞百分比偏低，CD4+/CD8+偏高，其余指标未见明显异常。经单细胞转录组测序分析，将2例患者的BMMNCs分成相同的5个亚群，其中亚群2和亚群4的功能与调节免疫炎症相关，亚群2中的CCL4、CCL5、LTB、CXCR4及亚群4中的C1QA、C1QB、CD14、SPP1可能是关键基因。A患者最终预后较好，其BMMNCs中构成亚群2和亚群4的细胞比例均高于B患者[47.00%（1 431/3 045）vs. 29.28%（882/3 012），5.88%（179/3 045）vs. 3.85%（116/3 012）]。结论运用单细胞转录组测序技术能将老年髋部骨折患者的BMMNCs分成不同亚群，其中有与调节免疫炎症相关的亚群，其可能影响患者伤后免疫炎症状态及预后。

简介：摘要目的基于转录组测序（RNA-Seq）技术探讨猪苓多糖改变人原代巨噬细胞生长形态的可能分子机制。方法通过提取粗多糖并进行分离和纯化得到猪苓多糖。Ficoll法分离新生儿脐带血来源的外周血单个核细胞（PBMC），并通过CD14磁珠分选及重组人巨噬细胞集落刺激因子（M-CSF）诱导人巨噬细胞，连续5 d观察100 ng/ml猪苓多糖对其生长形态的影响。实验组取巨噬细胞使用猪苓多糖干预48 h，对照组不进行处理，对两组细胞进行转录组测序筛选差异基因；将得到的测序结果进行差异基因表达的GO、KEGG功能注释及信号通路显著性富集分析。结果诱导巨噬细胞具有贴壁生长及伪足分化能力，贴壁后细胞呈梭形和多角形，伪足较细长。100 ng/ml猪苓多糖处理能显著影响巨噬细胞的生长状态，巨噬细胞伪足逐渐消失且细胞变圆，最终分化褪失。比较两组测序结果发现差异表达基因共13 825个，其中上调基因7028个，下调基因6797个。差异基因的GO功能显著性富集分析显示，差异基因主要集中在细胞外基质（ECM）过程。差异基因的信号通路显著性富集分析结果主要集中在ECM合成与细胞黏附通路。结论通过RNA-Seq技术证实猪苓多糖影响巨噬细胞的生长状态的分子机制依赖于ECM相关基因及黏附蛋白合成相关基因实现，为进一步研究猪苓多糖对巨噬细胞自身生理功能的调节作用提供依据。

简介：摘要恶性肿瘤是一类死亡率较高的疾病，其发生、发展机制较为复杂，基因组测序技术对揭示肿瘤作用机制有一定意义。肿瘤组织中的细胞具有异质性，而细胞的空间位置分布对其异质性及组织生物功能有一定的影响。近几年，空间转录组测序技术发展迅速，可以对组织中细胞进行高通量、高分辨率的空间转录分析，从空间层面上展示转录组信息，揭示生物组织的细胞构成以及细胞间的相互作用关系。本文将对空间转录组测序技术在肿瘤中的应用进行阐述、前景进行展望。

简介：摘要目的分析影响脑死亡供者供肝移植术后受者早期移植物功能不良(early allograft dysfunction, EAD)的分子标志物及临床因素，建立将分子标志物和临床因素相结合的预测移植术后EAD的预警体系。方法回顾性分析2017年7月至2018年8月在郑州大学第一附属医院肝脏移植中心接受同种异体原位肝移植的87例成年受者的临床资料以及对应的供者临床信息。通过单因素分析，找出EAD的潜在危险因素，并进行Logistic回归分析以找出独立危险因素；并从中选取肝移植术后8例发生EAD和8例未发生EAD的组织标本，进行转录组测序，寻找与EAD相关信号通路。结果通过临床数据分析发现供者总胆红素、淋巴细胞以及受者术前总胆红素是脑死亡供者供肝移植术后受者EAD的独立危险因素。通过转录组测序发现EAD不良组与非EAD组之间有3 857个显著差异的mRNA，其中1 751个在发生EAD的供肝组织中表达上调，2 106个下调。通过基因本体论和京都基因与基因组百科全书分析发现炎症与代谢相关的信号通路与移植术后EAD有关。结论早期移植物功能不良相关的炎症与代谢信号通路结合供者总胆红素、淋巴细胞以及受者术前总胆红素对预测肝移植受者早期移植物功能不良的发生具有潜在的诊断意义。

简介：摘要目的通过转录组测序筛选周围神经再生时运动、感觉神经再生相关的差异基因。方法取雌性SD大鼠6只，一侧制作股神经损伤修复模型，另一侧作为正常对照。1个月后取两侧股神经肌支和皮支进行转录组测序，筛选出差异表达的基因，然后对其进行差异基因功能和通路显著富集性分析。结果股神经转录组测序结果显示再生的肌支共2 098个差异基因(其中上调1 006个，下调1 092个)，再生的皮支共1 567个差异基因(其中上调727个，下调840个)。肌支差异基因主要富集于细胞分化、多细胞生物发展、炎性反应、细胞黏附等过程。皮支差异基因主要富集于代谢过程、侧支发芽的正向调控、离子迁移、脂肪酸生物合成等过程。结论周围神经运动和感觉神经再生时存在显著差异的基因表达和不同的信号通路。

简介：摘要目的探究沉默信息调节因子1(SIRT1)在小鼠生殖细胞发育中的功能。方法利用Cre-LoxP系统构建SIRT1雄性生殖细胞特异性敲除小鼠模型，所有小鼠均为C57BL/6背景。提取对照组(Con)小鼠和SIRT1雄性生殖细胞特异性敲除(cKO)小鼠睾丸总RNA，进行转录组测序分析。两组间比较采用t检验。结果cKO小鼠睾丸组织SIRT1信使RNA水平(0.14±0.04)低于Con组(1.32±0.09)，差异有统计学意义(t＝26.144，P<0.01)。cKO小鼠睾丸组织SIRT1蛋白水平(0.28±0.05)低于Con组(1.01±0.06)，差异有统计学意义(t＝19.705，P<0.01)。转录组测序筛选出差异表达基因3 816个，基因本体(GO)功能富集分析显示，差异表达基因显著富集于转录调控、精子发生及精子活力等生物学功能；京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析显示，差异表达基因主要涉及信号通路包括细胞因子-细胞因子受体相互作用、转化生长因子-β(TGF-β)信号通路、补体等。结论雄性生殖细胞特异性SIRT1敲除，导致小鼠睾丸中与精子发生、精子活力及转录调控相关关键基因表达发生变化，影响小鼠生育力。

简介：摘要目的探讨Toll样受体9（TLR9）信号通路激活对肾小管细胞转录组的影响。方法提取并培养小鼠原代肾小管上皮细胞，在细胞融合度达80%时分为两组，分别加入10 μL磷酸盐缓冲液（PBS，PBS对照组）和终浓度为5 μmol/L的TLR9激活剂胞嘧啶-鸟嘌呤寡脱氧核苷酸（CpG-ODN，CpG-ODN处理组）。提取细胞RNA后在Illumina平台进行测序，使用差异基因分析软件DEGseq分析两组细胞中基因的差异表达情况，通过Goatools和KOBAS在线软件分析差异基因所参与的信号通路，应用Homer软件预测转录因子。结果与PBS对照组相比，CpG-ODN处理后有584个显著的差异表达基因，其中102个基因表达上调，482个表达下调。差异表达基因富集最显著的基因本体（GO）为β-干扰素响应、病毒响应或防御等炎症反应相关条目；京都基因与基因组百科全书数据库（KEGG）信号通路富集结果显示，富集系数最显著的信号通路包括2'-5'-寡腺苷酸合成酶活性、核糖核酸酶活性的调节、病毒生命周期的负调控、β-干扰素响应和对原生动物的防御反应等。转录因子预测结果显示，干扰素调节因子3（IRF3）是差异基因启动子序列上富集最显著的转录因子；IRF3是TLR9下游表达差异最显著的转录因子，转录因子21（TCF21）、锌指蛋白135（ZNF135）和阳性调节域4（PRDM4）等转录因子可能是TLR9信号通路的新候选靶标。结论CpG-ODN激活TLR9信号通路，原代肾小管上皮细胞能直接响应CpG-ODN的刺激并发生转录组学变化，为进一步探究TLR9信号通路在脓毒症相关性急性肾损伤中的分子机制研究提供了基础。

简介：【目的】研究烤烟品系LY1306经不同时间干旱胁迫下的生理及基因转录表达的变化,以明确其烟叶应激响应基因表达组学特征。【方法】采用15%PEG-6000处理模拟干旱胁迫,分别测定干旱胁迫处理0h、16h、24h后叶片的超氧化物歧化酶、过氧化物酶、过氧化氢酶活性和丙二醛、脯氨酸含量,并用转录组测序的方法对差异表达基因进行GO、KEGG分析。【结果】LY1306烤烟叶片在15%PEG-6000处理下过氧化物酶和超氧化物歧化酶活性增加较快,脯氨酸含量迅速提高。差异基因GO分析表明盐胁迫响应、赤霉素响应等生物过程,以及细胞质核周区和转录因子活性等功能基因在16h、24h处理的样品中均表现为上调。KEGG代谢通路分析表明,LY1306烤烟叶片植物激素信号转导途径关键基因在干旱处理后16h和24h的处理中均表现为上调。【结论】烤烟LY1306品系在15%PEG干旱胁迫下过氧化物酶和超氧化物歧化酶为其抗旱生理表现的主要应激酶类,同时脯氨酸的积累也起到了积极的抗旱作用。赤霉素等植物激素信号转导途径及多种抗旱相关生物过程和代谢通路的基因表达水平上调,是LY1306烤烟品系抵御和适应干旱胁迫的主要途径。

简介：摘要目的利用转录组测序(RNA-seq)和生物信息学技术对低氧与常氧条件下人视网膜色素上皮细胞系ARPE-19细胞的差异表达基因(DEGs)及信号通路的变化进行分析，探讨低氧诱导ARPE-19细胞损伤的生物学机制。方法将ARPE-19细胞分为低氧处理组和常氧对照组，分别采用体积分数1%和21% O2处理细胞8、24、48、72 h，采用实时荧光定量PCR法检测不同时间点血管内皮生长因子(VEGF)和低氧诱导因子(HIF-1α)mRNA相对表达量。分别对2个组处理后8 h和24 h的ARPE-19细胞进行RNA-seq及生物信息学分析，以|log2FC|≥1且P≤0.05为条件筛选出DEGs，并对DEGs进行聚类热图分析、基因本体论(GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析及蛋白-蛋白互作(PPI)网络分析。采用实时荧光定量PCR法检测低氧处理ARPE-19细胞24 h后DEGs中可能与低氧有关的基因mRNA相对表达量。采用细胞活力检测试剂盒验证2个组不同时间点低氧对ARPE-19细胞的损伤作用。结果低氧处理组8、24、48、72 h VEGF和低氧处理组8、24、48 h HIF-1α mRNA相对表达量均高于常氧对照组，差异均有统计学意义(均P<0.05)，其中低氧处理后8 h和24 h各因子mRNA表达差异较大。低氧诱导8 h，低氧处理组与常氧对照组间筛选显著DEGs共62个，其中显著上调基因45个，显著下调基因17个；低氧诱导24 h，2个组间筛选显著DEGs共255个，其中显著上调基因228个，显著下调基因27个。DEGs的GO功能分析主要富集在蛋白质降解、核苷酸生物合成及物质转运等进程。KEGG通路分析主要富集在PI3K-Akt、cGMP-PKG以及其他与代谢、细胞周期、细胞生长和细胞凋亡密切相关的信号通路。PPI网络分析发现核心基因HPCA、MT3和NOS3等。实时荧光定量PCR检测结果示，低氧处理ARPE-19细胞24 h后，低氧相关基因DEPP1、NPPB、PDZK1、HILPDA、TCEA3、NDRG1和RORC的mRNA表达水平升高，TFRC、NQO1的mRNA表达水平降低，差异均有统计学意义(均P<0.05)。低氧诱导ARPE-19细胞后8 h和24 h，细胞形态均正常，生长状态较好，未出现死亡细胞，低氧诱导48 h后ARPE-19细胞出现死亡，低氧诱导72 h后死亡细胞数量增加。结论与代谢相关的PI3K-Akt、cGMP-PKG信号通路可能参与低氧诱导的ARPE-19细胞损伤作用，HPCA、MT3、NOS3核心基因可作为功能性靶基因，在低氧反应中起到关键作用。

简介：【摘要】目的 通过外周血测序分析胫骨横向骨搬移术后糖尿病足患者mRNA表达改变。方法 通过RNA采血管抽取糖尿病足患者胫骨横向骨搬移术前与术后的外周血，用于mRNA的测序。利用数据库进行KEGG通路富集和GO生物学过程分析，蛋白-蛋白互作网络分析。最后利用Cytoscape筛选核心基因。结果 通过筛选发现差异表达的mRNA共计421个，这些基因主要富集在自然杀伤细胞毒性、造血细胞谱系等通路，以及中性粒细胞的激活等生物学过程中。筛选确定了CAMP、CCL4、CD274、CD8A、ERBB2、ZMA、GZMB、ITGB3、KLRC1、KLRD1、KLRK1、LTF、TBX21 等候选核心基因 结论 胫骨横向骨搬移后外周血中的mRNA表达发生了改变，差异表达基因主要与中性粒细胞和自然杀伤细胞相关，提示了固有免疫在促进创面愈合的潜在机制。

简介：摘要目的分析高糖诱导的BV2小胶质细胞基因表达水平和信号通路改变，初步探讨转胶蛋白-2 (TAGLN2）调控细胞炎症反应和代谢进程的机制。方法基础研究。BV2细胞分为甘露醇（Man）组、葡萄糖（Glu）组、过表达对照（Con）Glu组、过表达TAGLN2 Glu组、沉默Con Glu （shCon Glu）组、沉默TAGLN2 Glu （shTAGLN2 Glu）组。Man组细胞置于含25 mmol/L Man、25 mmol/L Glu的改良Eagle培养基（DMEM培养基）中培养；Glu组、Con Glu组、TAGLN2 Glu组、shCon Glu组、shTAGLN2 Glu组细胞置于含50 mmol/L葡萄糖的DMEM培养基中培养。培养24 h后，采用高通量测序技术对各组细胞进行转录组测序，筛选显著差异表达基因（DEG）。DEG筛选标准为|log2（差异表达倍数）|≥1且P≤0.05。对筛选得到的DEG进行基因注释（GO）功能富集分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）的信号通路富集分析和蛋白-蛋白互作网络分析。采用实时聚合酶链反应（RT-PCR）检测DEG mRNA相对表达量。组间数据比较采用独立样本t检验。结果与Man组比较，Glu组共筛选出517个DEG，其中上调、下调基因分别为277、240个。KEGG通路分析结果显示，上调的DEG显著富集在核因子（NF）-κB和Jak-信号转导和转录激活因子（STAT）信号通路等免疫系统进程；下调的DEG显著富集在糖胺多聚糖的降解和甘油酯等代谢进程。与Con Glu组比较，TAGLN2 Glu组共筛选出480个DEG，其中上调、下调基因分别为147、333个。上调的DEG显著富集在脂肪酸、甘油脂和丙酮酸等代谢进程；下调的DEG显著富集在NF-κB、Jak-STAT和肿瘤坏死因子（TNF）信号通路等免疫系统进程。与shCon Glu组比较，shTAGLN2 Glu组共筛选出582个DEG，其中上调、下调基因分别为423、159个。上调的DEG显著富集在TNF、趋化因子信号通路等免疫系统进程；下调的DEG基因主要富集在模式识别受体信号通路。RT-PCR检测结果显示，与Con Glu组比较，TAGLN2 Glu组细胞中Card11 （t= 13.530）、Icos （t=3.482）、Chst3 （t=6.949）、Kynu （t=5.399 ）、白细胞介素（IL）-1β （t=2.960）、TNF-α（t=5.800）、IL-6 （t=3.130）、干扰素-γ （t=7.690）、IL-17 （t=6.530）mRNA相对表达量显著下降，差异有统计学意义（P<0.05 ）。结论TAGLN2可能通过NF-κB和Jak-STAT信号通路抑制高糖诱导的小胶质细胞炎症反应；Card11、Icos、Chst3、Kynu在TAGLN2抗炎过程中可能发挥了重要作用。

简介：摘要葡萄膜黑色素瘤（UM）是眼内侵袭性强且致命的肿瘤。由于UM及其微环境的复杂性和异质性，导致缺乏早期预防和治疗转移的策略。单细胞测序技术通过在单个细胞层面进行基因组学、转录组学、表观遗传学的分析，为破译肿瘤内异质性和微环境的复杂性提供了关键的视角。通过生物信息分析，并结合人工智能算法，有助于寻找预后相关的分子指标和治疗靶点，为指导临床治疗方案的选择提供依据。但单细胞测序技术也存在一定的局限性，如对样本要求高、测序花费昂贵和耗时长等。相信随着科学技术的完善和分析方法的更新，这些缺点可被逐步解决，未来终将攻克这一罕见肿瘤，实现UM患者长期生存的目标。

简介：摘要目的探讨行胚胎植入前遗传学非整倍体检测（preimplantation genetic testing for aneuploidies，PGT-A）后不同发育时间和评级囊胚移植的临床结局，并对其转录组特征进行比较分析。方法回顾性队列研究分析2017年1月至2021年12月期间在山西省妇幼保健院生殖医学中心行PGT-A后选择整倍体囊胚移植的患者临床资料，共295个移植周期，分别按照囊胚发育时间［第5日（day 5，D5）组和第6日（day 6，D6）组］及囊胚评级（高质量组和一般质量组）进行分组，比较各组囊胚移植临床结局。通过比较来自GEO和ENA数据平台不同发育时间和评级的囊胚单细胞转录组数据（scRNA-seq），分析不同组间的转录组水平差异。结果①D5组和D6组男女方年龄、不孕类型、不孕年限、体质量指数（body mass index，BMI）、卵泡刺激素（follicle-stimulating hormone，FSH）、黄体生成素（luteinizing hormone，LH）、雌二醇和获卵数差异均无统计学意义（均P>0.05），两组间MⅡ卵率［86.35%（2051/2375）比82.71%（1770/2140），P=0.001］、囊胚形成率［68.08%（725/1065）比 62.14%（540/869），P=0.006］、着床率［72.78%（115/158）比52.55%（72/137），P<0.001］、临床妊娠率［56.33%（89/158）比43.80%（60/137），P=0.032］和活产率［53.80%（85/158）比40.87%（56/137），P=0.027］相比较，D5组都显著高于D6组，两组间流产率、早产率、男性比例和出生体质量差异均没有统计学意义（均P>0.05）；②高质量组和一般质量组男女方年龄、不孕类型、不孕年限、BMI、FSH、LH、雌二醇和获卵数差异均没有统计学意义（均P>0.05），两组间MⅡ卵率［87.06%（1251/1437）比83.50%（2570/3078），P=0.002］、囊胚形成率［73.38%（499/680）比61.08%（766/1254），P<0.001］、着床率［77.90%（74/95）比56.50%（113/200），P<0.001］、临床妊娠率［61.05%（58/95）比45.50%（91/200），P=0.013］和活产率［56.84%（54/95）比43.50%（87/200），P=0.032］相比较，高质量组都显著高于一般质量组，两组间流产率、早产率、新生儿男性比例和出生体质量差异均没有统计学意义（均P>0.05）；③基于GEO和ENA数据平台的scRNA-seq数据，挖掘 D5和D6囊胚以及高质量和一般质量囊胚内细胞团（inner cell mass，ICM）和外滋养层（trophectoderm，TE）的差异表达基因（differentially expressed genes，DEGs）。经过KEGG富集分析，显示D5组较D6组ICM/TE上调的DEGs显著富集在285/288个信号通路；高质量组较一般质量组ICM/TE上调的DEGs显著富集在207/3个信号通路。结论发育D5囊胚比发育D6囊胚，高质量囊胚比一般质量囊胚都具有较好的着床和继续临床妊娠能力。对不同发育时间和评级的囊胚进行转录组水平分析比较，显示转录组特征具有显著差异。囊胚转录组水平的分析，对囊胚着床及继续临床妊娠能力具有预测价值。

简介：

简介：摘要目的通过转录组学确定结核表位疫苗MP3RT在人源化动物模型上诱导的差异表达基因（DEG），为阐明MP3RT潜在的分子机制提供新思路。方法本研究于2019年8月开始至2022年2月完成。本研究采用edgeR软件以差异倍数≥1.5且P<0.05为筛选条件筛DEG，对筛选出的DEG进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析以及蛋白互作网络分析。并对上述DEG通过RT-qPCR进行实验验证，采用GraphPad Prism 8软件进行统计学分析。结果转录组学鉴定了367个DEG（214个上调，153个下调）。生物信息学分析发现，上述DEG的GO富集显著聚焦于细胞代谢、生长、凋亡、炎症等词条，KEGG富集显著聚焦于MAPK信号通路等炎症相关通路。蛋白互作网络分析显示，蛋白Abl1聚集度最大，聚集系数最高，连通性最好。RT-qPCR结果显示，与磷酸盐缓冲液（PBS）组相比，MP3RT疫苗组中cpne4（t=2.48， P=0.048 0）、h2-q10（t=2.95，P=0.025 6）、mef2c（t=2.87，P=0.028 4）、cr2（t=3.23，P=0.178）、ablim1（t=2.91，P=0.033 5）、dll1（t=2.70，P=0.027 3）和ms4a2（t=3.03，P=0.019 2）基因表达水平显著上调，cd163l1（t=2.56，P=0.043 0）、il1r1（t=2.91，P=0.022 7）和cd34（t=2.42，P=0.046 2）基因表达水平显著下调。结论MP3RT表位疫苗在人源化动物模型上诱导了367个DEG，这些DEG与新陈代谢和免疫反应相关，p38 MAPK和JNK/MAPK信号通路在MP3RT疫苗分子机制中扮演着重要的角色。

简介：摘要目的基于生物信息学对肺结核潜在的生物标志物进行预测。方法选取NCBI数据库的肺结核患者外周血数据。借助GEO2R工具，从而获得其中的差异表达基因（DEGs）。应用维恩图获得其中的共表达DEGs，再进一步的应用string数据库构建DEGs所对应的PPI网络，应用cytoscape软件获得上述PPI网络中的hub基因。结果根据维恩图结果，共获得90个差异基因。其中，同TB关系较为密切的基因为LRG1，RPAS2，MAPK14，DUSP3，OSM，SOCS3，GATA3，PTPDC1，IRAK3，TLR5，NAIP。根据cytoscape的结果可知，MAPK14、TLR5及IRAK3三个基因可作为TB研究的相关biomarker做进一步研究。结论MAPK14、TLR5及IRAK3在所分析数据集内都呈现高表达的趋势。可推测，其同TB的发病及痊愈关系密切。而应用生物信息学可以快速锁定靶点，为未来的生物标志物选定，提供依据。

简介：摘要目的观察661W细胞低氧条件下基因表达水平和信号通路的早期改变，寻找潜在功能性靶基因。方法将培养的小鼠661W细胞分为低氧处理组、常氧对照组。低氧处理组细胞置于37 ℃、体积分数分别为1%、5% CO2的三气培养箱中培养；常氧对照组细胞置于37 ℃、体积分数为5% CO2培养箱中培养。培养4 h后，采用高通量测序技术对两组661W细胞进行转录组测序，筛选显著差异表达基因（DEG ）。对筛选得到的DEG进行聚类热图分析、基因注释（GO）功能富集分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）的信号通路富集分析和蛋白互作网络（PPI）分析。采用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）对DEG mRNA表达进行验证。结果共筛选出506个DEG，其中上调基因459个，下调基因47个。GO功能富集分析结果显示，DEG主要富集的生物过程是细胞对低氧反应、糖酵解、细胞增生负调控及凋亡等。KEGG信号通路富集分析结果显示，糖酵解与糖异生、果糖代谢、磷酸戊糖途径以及淀粉和蔗糖代谢等糖代谢途径被显著富集。缺氧诱导因子（HIF）-1α信号通路、糖酵解、FoxO信号通路、胰岛素信号通路和腺苷酸活化蛋白激酶（AMPK）信号通路参与了上述过程。PPI分析结果显示，低氧相关的关键基因是Aldoa、Aldoc、Gpi1、Hk2、Hk1、Pfkl、Pfkp、Vhl、Fbxo10、Fbxo27。RT-PCR检测结果显示，低氧处理组细胞中15个DEG mRNA表达水平均较常氧对照组升高，差异有统计学意义（P<0.05）。N-myc下游调控基因-1（Ndrg1）、Mt1及血管内皮生长因子A（VEGFA） mRNA表达水平有低氧时间依赖性。结论低氧下DEG主要为糖代谢相关基因、细胞对缺氧反应相关基因以及调控增生和凋亡相关基因。HIF-1α信号通路、糖酵解、FoxO信号通路和AMPK信号通路参与了低氧下661W细胞的早期改变。Aldoa、Aldoc、Gpi1、Hk2、Hk1、Pfkl、Pfkp、Vhl、Fbxo10、Fbxo27可能在661W细胞应对低氧反应中起到关键作用。Ndrg1、Mt1及VEGFA可作为研究缺血、缺氧相关眼底疾病的潜在功能性靶基因。