简介:摘要:肺癌是现今世界上死亡率最高的癌症,其中非小细胞肺癌的发病率又最高。在我国,非小细胞肺癌的发病率和死亡率也在急速增长,成为国民健康水平的一大威胁因素。非小细胞肺癌的治疗方法多种多样,影响其预后的因素也难以一一列举。其中,遗传因素是现今的研究热点。相关基因单碱基多态位点能够使携带不同基因型的非小细胞肺癌患者对同一种治疗方案的预后产生极大的差异。本文就非小细胞肺癌预后与相关基因单碱基多态位点关联性的研究进展进行综述,以为个性化治疗提供一定的依据。关键字:非小细胞肺癌预后单碱基多态位点研究进展一、非小细胞肺癌概述肺癌中80%左右为非小细胞肺癌(non-small-celllungcancer,NSCLC)。临床上一般将鳞形细胞癌、未分化癌、腺癌划分为NSCLC。NSCLC的全球发病率逐年上升,每年新增病例达120万,已成为癌症相关性死亡首要原因,严重威胁着人类健康。NSCLC不治疗者生存期仅为4~5个月,1年生存率为10%[1];并且由于就诊时多数患者已失去手术机会,仅有20%可以接受手术治疗,术后复发率和转移率仍高达50%以上[2]。
简介:目的通过Meta分析的方法探讨DNA切除修复基因XPD312位点多态性与食管癌发病风险的相关性。方法检索PubMed数据库中1990年至2012年6月30日有关XPD基因多态性与食管癌发病风险关系的文献,进行文献筛选和数据提取后,采用Meta-Analyst3.13软件进行Meta分析。结果最终纳入8篇病例对照研究共10个试验,Meta分析结果显示XPD基因Asp312Asn多态性与食管癌的关联有统计学意义[(Asn/Asn+Asp/Asn)vs.Asp/Asp:OR=1.20,95%CI=1.05~1.36,P=0.01;Asp/Asnvs.Asp/Asp:OR=1.15,95%CI=1.01~1.31,P=0.04]。未检测出明显的发表偏倚。结论对目前相关研究结果的Meta分析显示XPD基因Asp312Asn多态性与食管癌发生风险具有微弱相关性。
简介:摘要目的TLR2亚家族由Toll样受体1(TLR1)、TLR2、TLR6和TLR10组成。我们之前一项关于132例卡介苗骨炎的对照研究表明:TLR1、TLR2和TLR6突变与卡介苗骨炎的发病风险有关。本次我们评估此队列中TLR10基因的10个单核苷酸多态性(SNP)位点的作用。方法采用聚合酶链反应(PCR)对之前132例卡介苗骨炎患者的5个TLR10 SNPs同源位点(rs10004195、rs10856837、rs10856838、rs1109695和rs11466652),5个TLR10基因的SNP错义突变位点(rs11096955、rs11096957、rs11466649、rs11466653和rs11466658)进行测序。结果与芬兰正常人群相比,TLR10基因rs10004195位点多态性与卡介苗骨炎发病风险有关。13.6%的病例出现突变基因型(AT/AA),对照组为26.2% (P=0.024)。相应地,病例组的次要等位基因频率(MAFs)低于对照组(0.152;P=0.009)。其余9个TLR10基因的SNPs或MAFs在病例组和对照组无显著差异。结论TLR10基因的10个SNPs中,仅rs10004195位点突变与卡介苗骨炎发病风险有关。
简介:摘要目的探讨甲状腺过氧化物酶(thyroid peroxidase,TPO)基因rs2071400位点基因多态性与自身免疫性甲状腺疾病(autoimmune thyroid diseases,AITD)的关系。方法对171例AITD患者和150例健康体检者的TPO基因rs2071400位点的基因多态性进行分型检测。用基因计数法计算各组的基因和等位基因频率,采用卡方分析进行统计分析;对于血清硒水平、甲状腺功能和TPOAb血清水平,采用独立样本t检验进行统计分析。结果AITD患者中TPO基因rs2071400位点CC基因型频率为38.60%(66/171),CT基因型为50.29%(86/171),TT基因型为11.11%(19/171);健康体检者中分布频率分别为42.00%(63/150)、50.67%(76/150)和7.33%(11/150),健康体检者与AITD患者之间TPO基因rs2071400位点基因型分布频率差异无明显统计学意义(P > 0.05),其频率分布符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律。在未接受I131治疗的AITD患者中,TPO基因rs2071400位点携带T等位基因(CT + TT基因型)患者的甲状腺功能指标(FT3、TT3、FT4、TT4和TPOAb)高于CC基因型患者,但差异无统计学意义。而在毒性弥漫性甲状腺肿患者(Graves disease,GD)亚组分析中发现,T等位基因的血清TPOAb水平(193.85±312) IU/mL显著高于CC基因型患者(82.71±148.46.43)IU/mL(P = 0.03)。结论中国汉族人群中基因rs2071400位点基因多态性可能与AITD的发生无明显相关性,该位点携带T基因型的GD患者TPOAb血清水平显著高于CC基因型患者,但该位点多态性改变是否可用于预测GD发生的风险,还需进一步的临床验证。
简介:摘要目的探讨全基因组测序筛选非小细胞肺癌(NSCLC)敏感甲基化位点的肺癌早期预警体系的构建。方法本研究选择2014年3月至2016年11月在江南大学附属医院肿瘤科接受NSCLC手术切除的患者。实验分为两组:正常组织、非小细胞肺癌组织,通过实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测NSCLC细胞中切除修复交叉互补基因1(ERCC1)、β-微管蛋白Ⅲ(TUBB3)和核糖核苷还原酶调节因子1(RRM1) mRNA的表达;通过全基因组测序检测NSCLC细胞甲基化在基因上分布,使用测序数据进行胞嘧啶(C)-磷酸(p)-鸟嘌呤(G)甲基化图谱分析(CpG甲基化分析),组蛋白修饰数据分析组蛋白修饰和DNA甲基化之间的关系,通过蛋白质免疫检测正常组织和非小细胞肺癌组织中组蛋白甲基化蛋和甲基化相关酶的表达。t检验(或Wilcoxon秩和检验)和χ2检验(或Fisher精确检验)分别用于分析连续和分类变量。Pearson(或Spearman)的秩相关系数用于分析两个连续变量之间的相关性。使用R软件(版本3.1.1)进行统计分析。结果与对照细胞比较,NSCLC细胞中ERCC1[(0.78±0.14)比(0.12±0.04),χ2=6.370,P<0.05]、TUBB3[(0.48±0.11)比(0.08±0.02),χ2=1.240,P<0.05]和RRM1 mRNA[(0.52±0.07)比(0.05±0.01),χ2=5.360,P<0.05]的表达下调表达;NSCLC组甲基化水平在转录起始位点升高,在基因间区降低(χ2=3.140,P<0.05);NSCLC组发现9个CpG的甲基化敏感位点(RUNX3、MIR196A1、HOXA11、OTP、GATA4、PTPRU、SLC15A3、ZIC1和TFAP2B);NSCLC组与对照组比较,组蛋白乙酰化(H3K9ac[(43.57±8.84)比(10.64±4.35),χ2=8.730,P<0.05]和H3K27ac[ (40.52±8.64)比(9.67±3.58),χ2=5.470,P<0.05])和组蛋白甲基化(H2az[(42.56±9.74)比(12.47±6.05),χ2=7.420,P<0.05],H3K4me1[(37.47±6.42)比(15.46±7.34),χ2=5.380,P<0.05],H3K4me2[(50.37±10.24)比(9.47±6.54),χ2=9.270,P<0.05],H3K4me3[(52.37±6.49)比(10.58±5.88),χ2=1.690,P<0.05]和H3K79me2[(34.55±6.42)比(11.23±6.94),χ2=3.450,P<0.05])降低;NSCLC组DNMT1(1.88±0.24)比(0.12±0.01),χ2=5.430,P<0.05]、DNMT3a(1.75±0.36)比(0.49±0.11),χ2=7.890,P<0.05]、DNMT3b(0.88±0.14)比(0.13±0.05),χ2=1.360,P<0.05]、H3K4me3(2.53±0.35)比(0.35±0.08),χ2=5.440,P<0.05]和H3K9me2(0.55±0.07)比(0.05±0.01),χ2=3.270,P<0.05]下调表达(P<0.05)。结论组蛋白修饰和DNA甲基化密切相关,组蛋白甲基化和甲基化相关酶的表达也受到影响,甲基化敏感位点可以作为早期检测NSCLC的生物标志物。
简介:目的:分离羽衣甘蓝S13-b位点受体激酶(SRK13-b)基因并进行序列及结构域分析,构建SRK13-b结构域的原核表达载体并进行重组蛋白质的原核表达和纯化。方法:提取羽衣甘蓝S13-bS13-b自交不亲和系花期柱头的RNA,用RT-PCR法分离SRK13-b基因;将编码SRK13-b激酶结构域的序列插入大肠杆菌表达载体pET-14b中,构建原核表达质粒pET-SRK13-bCT,转化大肠杆菌BL21(DE3)pLysS菌株,经0.1mmol/LIPTG诱导,用Ni—NTA亲和层析柱对SRK13-b激酶结构域蛋白进行纯化。结果:分离获得羽衣甘蓝SRK13-b基因的长度为2571bp,编码856个氨基酸,GenBank收录号为EU180597;对SRK13-b激酶结构域蛋白进行诱导表达及纯化,SDS—PAGE显示相对分子质量约43×10^3的蛋白质特异表达,对表达产物进行分离纯化,获得了SRK13-b激酶结构域的融合蛋白。结论:羽衣甘蓝SRK13-b基因的克隆及激酶结构域的原核表达,为研究SRK的功能及自交不亲和性奠定了基础。
简介:启动子是调控外源基因在植物体内表达的“开关”。随着植物转基因技术的广泛应用,无论是基础研究还是应用研究,人们希望能够充分利用启动子来准确控制外源基因在植物体内的表达,使目的基因的“开”和“关”、表达的“多”和“少”、在“何地”和“何时”表达等。能够听从人的指挥,以实现植物育种的分子设计。因此,快速分离和鉴定植物体内各种特异启动子已经成为植物基因工程研究的热点和难点。本文在互补末端连接反向PCR(CELI—PCR)技术基础上建立起…种快速分离目的基因全长cDNA和启动子序列的新方法。该方法利用CELI—PCR进行染色体连续步移,获取足够长的目的基因及其上游基因组DNA序列,再根据转录起始位点是目的基因转录本和启动子的分界点,其下游转录本中的外显于可通过RT-PCR扩增,而上游启动子序列则不能被RT-PCR扩增这一特点,借助RT-PCR进行cDNA连续步移,直到获得全长cDNA,确定启动子基因5’非翻译区的位置,进而精确定位转录起始位点。从而获取目的基因准确的启动子序列和全长cDNA序列。因此,建立在CELI,PCR基础上的RITIS技术,可绕过繁琐的构建cDNA库和5'-RACE等方法快速分离目的基因全长cDNA和启动子序列。
简介:目的进一步探讨肿瘤坏死因子(tumornecrosisfactor,TNF)-α基因启动子-238位点多态性与强直性脊柱炎(ankylosingspondylitis,AS)的相关情况。方法通过中国生物医学文献数据库、中国期刊全文数据库、万方、维普、PubMed、CochraneLibrary、Ovid、WileyOnlineLibrary、EBSCO、ElsevierScienceDirect、Springer、Goolgescholar数据库检索国内外已发表或未发表TNF—α基因启动子一238位点多态性与AS相关的病例对照研究,采用Meta分析综合定量分析最终纳入的文献。结果17篇文献共纳入1899例患者和2381例对照,Meta分析结果提示在总人群(OR=0.96,95%CI:0.76一1.21,P=0.720)、亚洲人群(OR=1.38,95%6/:0.84~2.24。P=0.200)、非亚洲人群(OR=0.97,95%6/:0.61—1.55,P=0.900)均不能明确TNF—Ot-238位点(GA十AA)vs.GG基因型与AS间存在关联;非亚洲人群(OR:0.40,95%CI:0.08~2.03,P:0.270)均不能明确TNF-α-238位点(GG+GA)VS.AA基因型与AS间存在关联;在总人群(OR:0.95,95%6/:0.52~1.74,P=0.870)、亚洲人群(OR=1.39,95%6/:0.90~2.14,P=0.140)、非亚洲人群(OR=0.79,95%6/:0.33~1.86,P=0.590)均不能明确TNF—α-238位点GVS.A等位基因多态性与AS间存在关联。结论Meta分析显示总人群、亚洲人群和非亚洲人群TNF—α-238位点各基因型和等位基因多态性与AS间均未显示关联。
简介:摘要目的分析抗癫痫发作药物、一碳单位代谢(OCM)相关酶单核苷酸多态性(SNPs)位点基因型对癫痫患者体内OCM代谢物水平的影响,筛选丙戊酸(VPA)致畸的易感基因。方法选择中山大学附属第一医院神经内科和附属第七医院神经医学中心自2019年1月至2020年12月收治的372例癫痫患者,将服用VPA、左乙拉西坦(LEV)、拉莫三嗪(LTG)、奥卡西平(OXC)超过6个月且规律用药期间无发作的患者分别归为VPA组(95例)、LEV组(61例)、LTG组(57例)、OXC组(70例),将从未服用过抗癫痫发作药物或就诊前6个月未服用抗癫痫发作药物患者归为空白对照组(89例)。采用全自动化学发光免疫法测定各组患者血浆叶酸(FA)、维生素B12(VitB12)和同型半胱氨酸(Hcy)水平,采用Sequenom iPLEX法检测患者OCM相关酶SNPs位点的基因型。结果(1)与LEV组、空白对照组比较,VPA组患者的FA水平降低,Hcy水平增高,差异均有统计学意义(P<0.05)。(2)DNA甲基转移酶(DNMT)3a rs12987326(-178G>A)位点GA型患者的Hcy水平较GG型高,DNMT1 rs2288350(82G>C)位点GC型患者的Hcy水平较GG型高,DNMT1 rs75616428(55850G>C)位点GC型患者的VitB12水平较GG型低,差异均有统计学意义(P<0.05)。DNMT1 rs1863771(128G>A)位点GA+AA型患者的FA水平较GG型高,叶酸受体蛋白2(FOLR2) rs2298444(59T>C)位点CT+CC型患者的Hcy水平较TT型高,5,10-亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR) rs1801131(1298A>C)位点CC+AC型患者的Hcy水平较AA型高,DNMT3a rs6722613(2327C>T)位点CT+TT型患者的VitB12水平较CC型低,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论服用VPA的癫痫患者FA水平降低、Hcy水平升高,此外OCM相关酶SNPs位点基因型亦影响癫痫患者体内OCM代谢物水平。建议妊娠期癫痫患者避免使用VPA,或用药前检测SNPs位点基因型,以降低胎儿畸形的发生率。
简介:摘要目的探讨一家庭连续3胎火棉胶样婴儿的突变基因及遗传方式。方法先证者因出生时周身广泛皮肤干燥、皲裂的表现被诊断为火棉胶样婴儿。父母表型正常,其第1、2胎出生后均存在皮肤干燥、皲裂,且在出生后数日死亡。提取患儿及其父母外周血DNA,进行全基因组外显子捕获测序,并用Sanger测序验证。结果患儿携带ALOX12B基因复合杂合突变:错义突变c.1405 C>T(p.R469W)和移码突变c.68_69ins C(p.L24fs),分别遗传自其父母。结论患儿诊断为遗传性鱼鳞病,为常染色体隐性遗传。ALOX12B基因错义突变c.1405 C>T和移码突变c.68_69ins C可能为引起该患儿临床表型的病因,该移码突变目前国内外尚无报道。
简介:目的基于焦磷酸测序技术建立甲型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因裂解位点突变的快速检测方法.探讨其临床应用价值。方法采用RT-PCR扩增甲型H1N1病毒血凝素基因中的HA片段.在生物信息学分析的基础上,针对甲型H1N1病毒血凝素基因含有裂解位点序列片段.分别设计一套生物素标记的PCR引物和测序引物.运用焦磷酸测序技术对含甲型H1N1病毒裂解位点基因片段进行序列测定,同时分析青岛地区甲型H1N1流感病毒流行株的裂解位点基因特征。结果建立了基于焦磷酸测序技术检测甲型H1N1流感病毒裂解位点突变方法.实现甲型H1N1流感病毒HA基因裂解位点的高通量检测,青岛地区甲型H1N1流感病毒裂解位点344氨基酸序列没有发生变异。结论本研究所建立的方法具有自动化程度高和结果准确等特点,适用于甲型H1N1流感病毒裂解位点进行快速高通量检测。