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  • 简介:摘要:目的:利用TCGA数据库构建肺腺癌铁死亡预后模型,旨在为肺腺癌患者预后提供理论依据。方法:从TCGA数据库中下载肺腺癌及正常肺组织的基因表达谱及相关临床数据,筛选出与铁死亡相关的预后基因,运用LASSO回归模型构建铁死亡预后模型。结果:单因素COX回归分析筛选出20个铁死亡相关基因,通过LASSO回归分析,最终筛选出13个铁死亡相关预后基因。根据危险评分将患者分为高低风险组,与低风险组相比高风险组的总体生存率明显降低。ROC曲线验证了模型的预测能力。结论:ANGPTL7, DDIT4, SLC1A4, GDF15, SLC2A1,RRM2, ALOXE3, PHKG2, LINC00472, LINC00336, ALOX15,SLC7A11, 和GLS2的风险预测模型能够有效的对肺腺癌患者的预后进行预测。

  • 标签: 肺腺癌 铁死亡 预后模型
  • 简介:摘要:目的:利用TCGA数据库构建肺腺癌铁死亡预后模型,旨在为肺腺癌患者预后提供理论依据。方法:从TCGA数据库中下载肺腺癌及正常肺组织的基因表达谱及相关临床数据,筛选出与铁死亡相关的预后基因,运用LASSO回归模型构建铁死亡预后模型。结果:单因素COX回归分析筛选出20个铁死亡相关基因,通过LASSO回归分析,最终筛选出13个铁死亡相关预后基因。根据危险评分将患者分为高低风险组,与低风险组相比高风险组的总体生存率明显降低。ROC曲线验证了模型的预测能力。结论:ANGPTL7, DDIT4, SLC1A4, GDF15, SLC2A1,RRM2, ALOXE3, PHKG2, LINC00472, LINC00336, ALOX15,SLC7A11, 和GLS2的风险预测模型能够有效的对肺腺癌患者的预后进行预测。

  • 标签: 肺腺癌 铁死亡 预后模型
  • 简介:摘要目的探讨基于生物信息学方法构建免疫相关基因(immune-related genes,IRG)预后模型以准确预测喉癌患者的预后。方法从癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库获得111个喉癌组织和12个正常相邻组织之间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEG)。利用ImmPort数据库识别出差异表达的IRG。Cox单变量生存分析用于筛选与生存相关的IRG。差异表达的与生存相关的IRG被认为是预后相关的免疫基因。然后构建免疫基因预后模型计算患者风险值,受试者ROC曲线分析验证模型准确性。通过该模型行单因素、多因素独立预后分析证明其独立预测能力。最后分析关键免疫基因与临床病理参数的关联。结果鉴定喉癌的DEG并筛选出IRG。接着与预后生存时间结合,鉴定8个关键免疫基因(CXCL11、RBP1、AQP9、CYSLTR2、BTC、STC2、UCN和FCGR3B)作为免疫基因预后模型,这种预后模型可以准确的将患者分为高危和低危人群。总体生存分析表明,高危患者的生存时间比低危患者要短(P<0.0001)。模型的ROC曲线下面积为0.810,提示预后模型具有较高的敏感性和准确性。单因素和多因素Cox回归表明其为喉癌患者预后的独立预测因素。此外,我们发现模型中的5个关键基因与临床病理特征显著相关。结论基于生物信息学方法构建喉癌的免疫相关基因预后模型,发现8个基因有助于预测喉癌患者的预后,其中5个与临床病理特征显著相关。

  • 标签: 喉肿瘤 肿瘤微环境 预后 免疫相关基因 预后模型
  • 简介:摘要目的筛选与结肠癌预后相关长链非编码RNA(lncRNA),并构建结肠癌预后风险模型。方法数据提取时间:建库至2022年3月1日。从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载并整理结肠癌转录组数据,构建配对样本lncRNA表达矩阵,利用“edgeR”R包筛选获得差异表达lncRNA(DElncRNA)。对DElncRNA先后行COX回归模型单变量分析、Lasso回归分析、Kaplan-Meier(K-M)生存分析、多元COX回归模型分析,获取预后相关lncRNA。依据多元COX回归模型中回归系数构建结肠癌预后风险模型。通过C指数值、时间依赖的受试者工作特征曲线(ROC)和ROC下的面积(AUC)及K-M生存分析评估模型预测的准确性。对模型中lncRNA构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络,对相关的mRNA进行基因本体论(GO)、京都基因与基因组大百科全书数据库(KEGG)富集分析,探索lncRNA影响结肠癌进展的机制。结果整理转录组数据得到5 460个lncRNA,配对样本分析获得DElncRNA 868个,其中上调548个、下调320个。单变量COX回归分析后获得40个lncRNA,经Lasso回归分析过滤共线性因素,得到lncRNA 34个,K-M生存分析后,得出14个候选lncRNA。再进行多元COX回归分析,得到7个预后相关lncRNA(下调:LINC01132;上调:ELFN1-AS1、RP5-884M6.1、LINC00461、RP1-79C4.4、RP4-816N1.7、RP3-380B8.4),依据回归系数构建预后风险模型模型的C指数值为0.82;3年和5年的AUC值分别为0.79、0.84;进行K-M生存分析提示高低风险组生存率差异有统计学意义(P<0.000 1)。随后构建ceRNA网络,通过KEGG富集分析提示下调lncRNA可能是通过肌动蛋白细胞骨架的调控、癌症中蛋白聚糖、PI3K-Akt信号通路等抑制结肠癌进展,上调lncRNA可能是通过细胞粘附分子、局灶性粘连、吞噬体等通路促进结肠癌进展。结论本研究构建了一个包含7个lncRNA的结肠癌预后风险模型,具有较好预测患者生存预后准确性,每个lncRNA是潜在单独的预后生物标志物,对临床上结肠癌患者预后评估具有一定参考价值。

  • 标签: 结肠癌 结直肠癌 TCGA lncRNA 预后模型
  • 简介:摘要目的探讨影响老年直肠黏液腺癌(RMAC)患者预后的独立危险因素,并构建可以预测总生存(OS)和肿瘤特异性生存(CSS)的列线图。方法从美国国家癌症研究所的监测、流行病学和结果数据库(SEER)中收集2010~2016年确诊并登记的、年龄在60岁及以上的RMAC患者共1 657例的临床病理资料,应用R软件按照7:3随机分为训练队列和验证队列。应用单因素及多因素COX回归模型分析影响预后的独立危险因素,并以此构建预测3年和5年总生存以及肿瘤特异性生存的列线图。用C指数评价列线图的预测效能。应用校正曲线在训练队列和验证队列中检查其预测精准度。结果性别、年龄、婚姻状态、肿瘤组织学分级、TNM分期、放疗、辅助化疗、阳性淋巴结数量和肿瘤大小是影响老年RMAC患者OS的独立预后因素;而婚姻状态、种族、肿瘤组织学分级、TNM分期、辅助化疗、阳性淋巴结和肿瘤大小是影响老年RMAC患者CSS的独立预后因素。所构建的列线图模型,对OS和CSS预测的精准度分别为0.735和0.780。新辅助放疗联合辅助化疗可以提高患者的OS(χ2=7.682,P=0.006)和CSS(χ2=6.476,P=0.011)。结论本研究发现了影响老年RMAC患者预后的独立危险因素,构建了评价预后的列线图模型。并发现新辅助放疗联合术后辅助化疗可能会改善这部分患者的预后

  • 标签: 直肠肿瘤 黏液腺癌 SEER数据库 列线图 预后
  • 简介:摘要IgA肾病(IgA nephropathy,IgAN)是全世界公认常见的原发性肾小球疾病之一,并且是慢性肾脏病以及终末期肾病的主要原因。该病虽为慢性进展性的疾病,但预后却不尽相同,因此准确地判断预后有助于优化治疗方案,提高患者生存率。近年来关于IgAN的预后评估一直是研究的热点,国内外陆续提出了通过临床或临床病理等相关指标构建的数学评估模型,本文就IgAN预后评估模型的研究进展作一综述。

  • 标签: 肾小球肾炎,IgA 肾功能不全,慢性 预后 预测模型 终末期肾病
  • 简介:摘要:目的 采用综合生物信息学方法构建骨肉瘤患者预后预测模型。 方法 从国际公开的数据库收集骨肉瘤转录组原始数据。采用 R语言分析基因表达量与预后关系。筛选预后相关基因表达水平构建风险模型。结果 筛选 9个基因预测模型。结论 构建的预后风险预测模型可预测骨肉瘤患者预后

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  • 简介:摘要目的通过生物信息学分析筛选与胃癌预后相关的微RNA(miRNA),构建风险评分模型并进行验证。方法从人类癌症基因组图谱数据库下载491例样本的人类基因组miRNA测序数据(胃癌组织样本446份,正常胃组织样本45份)和相应的临床病理信息。通过R 4.0.2软件edgeR包对miRNA表达谱进行差异分析,将所得差异表达谱按1∶1的比例随机分为训练集和测试集。采用单因素Cox回归分析和最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归分析筛选预后相关miRNA,进一步对筛选出的预后相关miRNA进行多因素Cox回归分析并构建预后风险评分模型。采用Kaplan-Meier曲线、受试者操作特征曲线、曲线下面积(AUC)动态变化曲线评估模型的预测效能。结果以|log2差异倍数|>1.5、P<0.01为标准,筛选出175个胃癌组织中差异表达miRNA。通过单因素Cox回归分析和LASSO回归分析筛选出6个与胃癌患者总生存率相关的差异表达miRNA,使用多因素Cox回归分析成功构建5-miRNA风险评分模型:风险评分=0.183×hsa-miRNA-184+0.086×hsa-miRNA-675-0.231×hsa-miRNA-2115+0.548×hsa-miRNA-3943-1.455×hsa-miRNA-1246。在训练集、测试集、总体数据集中,高风险组患者的累积生存率均低于低风险组,差异均有统计学意义(χ2=18.90、9.50、26.70,P均<0.05),模型预测效能优于TNM分期,且分层分析显示模型能有效预测早期胃癌。单因素和多因素Cox回归分析显示模型风险评分、年龄和M分期是胃癌患者预后不良的独立危险因素[风险比(95%可信区间)分别为1.19(1.07~1.32)、1.20(1.06~1.40),1.50(1.01~2.23)、1.90(1.28~2.90),1.34(1.15~1.57)、2.10(1.05~4.40);P均<0.05]。结论基于5个miRNA构建的5-miRNA风险评分模型预测胃癌患者预后的准确性高,是独立的预后因子。

  • 标签: 胃肿瘤 微RNA TCGA数据库 预后 生物信息学
  • 简介:摘要目的构建基于免疫基因的胃癌预后评估模型。方法从癌症基因组图谱数据库下载胃癌测序、临床数据并整理。将胃癌样本分为训练集(221例)、验证集(147例),在训练集中依次采用单因素、多因素Cox分析,构建免疫基因预后评估模型,并在验证集中验证。采用单样本富集分析将测序数据转化成28种免疫细胞比例的数据,分析高、低风险组与免疫细胞浸润的相关性。筛选高、低风险组差异基因并进行富集分析。结果由9个免疫基因(PROC、IGKV1D-43、CLCF1、TAFA4、NOX4、INHA、ITGAV、FABP3、IL27RA)构建的风险评估模型,是影响胃癌预后的独立危险因素。训练集、验证集Kaplan-Meier生存曲线显示,对比低风险组,高风险组5年总生存率显著降低[50.5%(55/111)比20.0%(22/110),43.2%(32/74)比24.7%(18/73),均P<0.05];训练集受试者工作特征曲线(ROC)第1、3、5年曲线下面积(AUC)值分别为0.69、0.71、0.78,验证集ROC第1、3、5年AUC值分别为0.56、0.71、0.78。另外,高风险组浸润的活化CD4+ T细胞的比例显著降低(P<0.05)。高、低风险组差异基因主要富集于PI3K-AKT等通路。结论基于生物信息学方法构建的胃癌预后评估模型可成为胃癌预后判断的新指标。

  • 标签: 癌症基因组谱图 胃癌 差异表达基因 Cox比例风险回归模型 预后
  • 简介:摘要目的探索转录因子(transcription factors, TFs)和结肠癌预后的联系,通过TCGA和GEO双数据库构建预后模型,从而量化患者的风险并指导临床治疗决策。方法本研究运用TCGA和GEO数据库中结肠癌的转录组和临床数据,先将转录组数据进行基因注释并计算基因表达量,对TCGA和GEO中TFs行差异性分析(| log2FC| >1,P-Value(Fdr)<0.05)。取双数据交集的差异TFs行相关预后分析(P<0.01)。利用COX多因素分析计算出预后相关TFs的风险系数和其风险值,应用"survival"和"glmnet"包进行COX模型构建TFs预后模型。绘制出序列集和验证集的生存曲线(P<0.001)及ROC曲线(AUC>0.75),对风险值的分布进行可视化。按风险值分组后计算GSEA富集分析,构建基因集网格,进行靶基因预测,最后进行GO和KEGG的通路富集分析。结果取TCGA和GEO数据库两者交集的387个表达差异的TFs绘制热图,火山图及TFs相关的森林图,按照COX多因素分析构建出结肠癌预后模型=0.310×HSF4+0.137×IRX3-0.127× ATOH1+0.290×OVOL3+0.137×HOXC6+0.155×SIX2+0.092×ZNF556-0.444×CXXC5+0.429×TIGD1+0.413×TCF7L1。通过富集分析,结果显示这些预后因子可能直接或间接作用于癌通路,如基础细胞癌与癌症信号通路、局部组织与细胞黏附及细胞外基质等。结论构建的TFs对结肠癌预后模型可量化结肠癌预后风险,其高风险组是结肠癌预后的独立风险因素,该模型是一种评估结肠癌预后的新方式。

  • 标签: 结肠癌 转录因子 预后模型
  • 简介:摘要目的构建与验证腹膜透析(PD)患者1年和3年生存率的预测模型。方法入选2010年1月1日至2017年12月31日在南方医科大学珠江医院首次接受腹膜透析置管术的患者为研究对象。其中2014年1月1日至2017年12月31日接受腹膜透析置管术的患者作为建模队列。收集入选者基线临床资料,主要研究终点事件为患者全因死亡。采用Cox比例风险回归模型筛选影响患者预后的危险因素,用R语言的rms包构建预测预后模型;用一致性指数、ROC曲线和校准曲线评估模型的区分度和准确性。以2010年1月1日至2013年12月31日接受腹膜透析置管术的患者作为验证队列的研究对象,对模型的预测准确性进行验证。结果建模队列纳入患者457例,中位随访时间为27.67月(18.37,39.22),64例患者死亡(14.0%),患者1年、3年累积生存率分别为96.4%、83.0%。多因素Cox分析结果显示,高龄(每增加1岁,HR=1.07,95%CI 1.04~1.09,P<0.001)、有卒中史(HR=3.63,95%CI 1.93~6.85,P<0.001)、外周血中性粒细胞/淋巴细胞比值(NLR)高(每增加1,HR=1.12,95%CI 1.05~1.20,P=0.001)、低血浆白蛋白(每增加1 g/L,HR=0.89,95%CI 0.82~0.95,P=0.001)和高总胆固醇(每增加1 mmol/L,HR=1.51,95%CI 1.20~1.89,P<0.001)水平是PD患者预后的独立危险因素。预测模型在建模队列和验证队列的一致性指数分别为0.815(95%CI 0.765~0.865)和0.804(95%CI 0.744~0.864),校正曲线均接近斜率为1的直线。结论基于年龄、血总胆固醇水平、卒中史和NLR,用列线图建立的腹膜透析患者预后的预测模型可辅助预测PD患者1年和3年生存率。

  • 标签: 腹膜透析 预后 列线图 预测模型
  • 简介:摘要目的运用生物信息学分析肺腺癌代谢发生发展的关键基因并构建预后模型。方法利用TCGA、KEGG、TCGA数据库筛选肺腺癌的基因表达、代谢相关基因、肺腺癌代谢相关的基因集和临床信息。采用Cox回归分析,lasso回归降维筛选预后相关基因。Cox回归构建肺腺癌风险模型,高风险与低风险组。结果成功筛选出4个基因,LDHA、GAPDH、GNPNAT1和HACD1。高风险组预后显著差于低风险组(P<0.01),根据生存时间受试者工作特征曲线,1年、2年、3年曲线下面积分别为0.64、0.637、0.645。实验和验证数据集均提示该预后模型有较好的预测能力。结论筛选4个关键基因与肺腺癌代谢相关,构建的风险模型对于肺腺癌治疗及预后判断提供依据,为肺腺癌的精准化治疗提供新思路。

  • 标签: 腺癌 肺肿瘤 预后模型 生存分析 风险模型
  • 简介:摘要目的探讨构建的可切除肺癌预后预测模型在患者生存及预后预测中的价值。方法选择山西省肿瘤医院2007年1月至2018年9月原发性肺癌患者2 267例,患者均行一次肺癌手术治疗,无第二原发肿瘤。选取性别、年龄、职业、肿瘤部位、病理类型、手术路径、手术方式、肿瘤分期、治疗方案为预后影响因素。采用Cox比例风险模型构建预后指数(PI)方程,计算每例患者的PI值。根据PI值的不同范围,划分低、中、高危预后组,对各组生存情况进行评估。结果性别(RR=0.684,P=0.001)、年龄(RR=0.591,P<0.01)、职业(RR=1.439,P=0.001)、病理类型(RR=3.694,P<0.01)、手术路径(RR=0.734,P=0.001)、肿瘤分期(RR=0.352,P=0.007)为可切除肺癌患者预后独立影响因素。其中,女性、≤65岁、胸腔镜手术、肿瘤分期Ⅰ期为预后保护因素,其预后不良风险分别降低31.6%、40.9%、26.6%、64.8%;农民、腺鳞癌为预后危险因素,其预后不良风险分别增加43.9%、269.4%。PI方程为:∑βixi=-0.380 X1-0.526 X2+0.364 X31+1.307 X55-0.309 X6-1.045 X81(X1代表性别,X2代表年龄,X31代表职业为农民,X55代表病理类型为腺鳞癌,X6代表手术路径,X81代表肿瘤分期Ⅰ期)。PI<-1为低危组,PI≥-1且≤-0.5为中危组,PI>-0.5为高危组。1、3、5年生存率低危组分别为96.8%、87.0%、77.9%,中危组分别为91.8%、82.2%、61.7%,高危组分别为86.5%、61.7%、50.3%,各组间生存率差异具有统计学意义(P<0.05)。结论可切除肺癌预后预测模型能够预测可切除肺癌患者的预后风险及相应生存率,帮助临床医师评估预后及制订后续治疗方案。

  • 标签: 肺肿瘤 胸外科手术 预后 模型,统计学 生存分析
  • 简介:摘要目的探讨不同治疗模式对非小细胞肺癌(NSCLC)脑转移患者生存的影响,评估诊断特异性分析预后评估(DS-GPA)模型和肺肿瘤相关分子分级预后评估(Lung-molGPA)模型的临床价值。方法回顾性分析2011年1月至2015年12月汕头大学医学院附属肿瘤医院收治的195例NSCLC脑转移患者临床资料,患者包括初诊未发生脑转移(异时性脑转移)112例、初诊已有脑转移(同时性脑转移)83例。采用单纯颅脑放疗、化疗、靶向药物治疗、化疗+颅脑放疗、化疗+靶向药物+颅脑放疗、靶向药物+颅脑放疗、化疗+靶向药物等方式治疗。采用Kaplan-Meier法进行生存分析,Cox回归法进行单因素及多因素生存分析,应用DS-GPA和Lung-molGPA模型进行生存分析。结果NSCLC异时性脑转移患者中位至脑转移时间14.1个月(95% CI 12.2~16.0个月);全组患者中位脑转移无进展生存(PFSBM)时间4.3个月(95% CI 3.4~5.2个月),中位脑转移总生存(OSBM)时间6.7个月(95% CI 4.6~8.8个月),同时性、异时性脑转移患者间PFSBM和OSBM差异均无统计学意义(P=0.446、P=0.080)。抗肿瘤治疗,尤其联合靶向药物治疗模式,能改善患者中位OSBM。Karnofsky评分低(RR=1.698,95% CI 1.238~2.329,P=0.001)和骨转移(RR=1.505,95% CI 1.089~2.081,P=0.013)为NSCLC脑转移患者OSBM独立危险因素,化疗(RR=0.460,95% CI 0.289~0.731,P=0.001)和颅脑放疗(RR=0.541,95% CI 0.391~0.749,P<0.01)为NSCLC脑转移患者OSBM独立保护因素。按照DS-GPA和Lung-molGPA模型分组患者的生存差异均有统计学意义(DS-GPA 0.0~1.0、1.5~2.0、2.5~3.0分患者的中位OSBM时间分别为4.2、9.4、10.9个月,P=0.015;Lung-molGPA 0.0~1.0、1.5~2.0、2.5~3.0分患者的中位OSBM时间分别为4.1、8.7、13.0个月,P<0.01)。结论NSCLC脑转移患者预后差,接受抗肿瘤治疗可延长其生存期。Karnofsky评分高、无骨转移、接受化疗和颅脑放疗是NSCLC脑转移的独立预后良好因素。DS-GPA和Lung-molGPA模型均能预测NSCLC脑转移患者的生存情况。

  • 标签: 癌,非小细胞肺 脑肿瘤 肿瘤转移 预后 模型,统计学
  • 简介:摘要目的研究免疫相关lncRNA与胃癌的关系,从而探索胃癌治疗潜在的靶点。方法通过TCGA数据库收集443例胃癌患者基因表达谱数据及临床数据,筛选胃癌中与免疫相关的lncRNA,通过单因素与多因素COX分析构建预测模型。采用Kaplan-Meier法进行生存分析,ROC曲线下面积(AUC)评价该模型预测的准确性,主成分分析(PCA)分析人群分布特征,ESTIMATE方法评估样品微环境中免疫细胞变化。结果本研究共获得546个免疫相关的lncRNA(相关系数Cor>0.4, P<0.001),通过单因素COX回归分析筛选出9个和胃癌预后相关的lncRNA,通过多因素COX分析最终筛选得到6个lncRNA(AP003392.1,AL022316.1,AC005586.1,LINC01315,AP001318.2,AL161785.1)并构建预测模型模型将胃癌患者分为高风险与低风险组,生存分析提示两组间生存存在显著差异(P<0.001),ROC分析曲线下面积AUC为0.686,ESTIMATE分析提示高风险组的免疫细胞数量和基质细胞数量多,肿瘤纯度低,免疫评分高;而低风险组的免疫细胞数量和基质细胞数量较少,肿瘤纯度较高,免疫评分低,两者具有统计学差异(P<0.001)。结论免疫相关的lncRNA对胃癌患者具有潜在的预后价值,可能为胃癌的免疫学研究和治疗提供新的思路。

  • 标签: 胃肿瘤 RNA,长链非编码 免疫细胞
  • 简介:摘要炎症性肠病主要包括克罗恩病和溃疡性结肠炎。部分炎症性肠病由单基因缺陷引起,起病年龄早,呈现出与上述疾病亚型不同的预后特点。对个体预后的精准预测将有助于风险分层,指导治疗。现从克罗恩病、溃疡性结肠炎和单基因炎症性肠病3个角度,对儿童炎症性肠病预后预测模型进行综述,以期指导儿童炎症性肠病的预后评估。

  • 标签:
  • 简介:摘要乙型肝炎相关慢加急性肝衰竭(HBV-ACLF)病死较高,早期准确评估其临床转归、采取有效的干预措施有助于延长患者生存时间。目前应用于HBV-ACLF预后模型包括终末期肝病模型及其衍生评分,序贯器官衰竭评分及其衍生评分,亚太肝病学会慢加急性肝衰竭研究联盟评分,中国重型乙型肝炎研究组评分以及人工神经网络模型等,但对于HBV-ACLF特定人群,尚未就预后模型达成共识。本文总结了目前应用于HBV-ACLF患者的预后模型,为临床评估病情提供参考。

  • 标签: 肝功能衰竭 预后 模型 评分
  • 简介:摘要目的鉴定和筛选胰腺癌中与免疫基因相关的长非编码RNA(lncRNA),并构建胰腺癌预后风险评估模型,探索预后相关因素。方法通过癌症和肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库下载177例胰腺癌患者的测序数据和相应的临床病理和随访信息,采用随机数字表法将患者随机分为试验集(n=89)和验证集(n=88)。首先利用Pearson相关系数计算公式鉴定出与免疫基因显著相关的lncRNA,随后在试验集中利用单因素Cox和多因素Cox分析筛选出与预后相关的lncRNA用于构建预后风险评分公式,利用验证集数据对模型进行验证。结果Pearson相关系数计算公式筛选出788个与免疫相关的lncRNA,在试验集中利用单因素和多因素Cox分析鉴定出5个lncRNA(AC006237.1、AC025154.2、RASSF8-AS1、AL122010.1和AC073896.3)用于构建预后风险评分公式。基于预后风险评分公式将试验集患者分为高风险组(n=44)和低风险组(n=45),生存分析发现高风险组的中位生存期(1.09年)与低风险组(4.11年)相比显著缩短(χ2=26.016,P<0.001)。利用上述公式将验证集的患者分为高风险组(n=44)和低风险组(n=44),生存分析发现高风险组患者的中位生存期(1.28年)与低风险组(1.90年)相比差异也具有统计学意义(χ2=4.422,P=0.035)。单因素和多因素分析提示该预后风险评估模型可有效预测胰腺癌患者的预后情况,且可以作为一个独立的预后相关模型(HR=2.618,95%CI为1.285~5.332,P=0.008)。预后风险评估模型较常见的临床病理指标具有较好的预测效率[1年曲线下面积(AUC)=0.687,3年AUC=0.725,5年AUC=0.782],高于年龄、性别、肿瘤组织病理学分级等常见临床指标的预测能力。AC025154.2、AC073896.3、AL122010.1和RASSF8-AS1在不同临床特征胰腺癌患者中的表达差异均具有统计学意义(均P<0.05),可能是胰腺癌潜在的新型诊断和治疗靶点。干扰素α、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白复合体1(mTORC1)、MYC相关调控基因、转化生长因子-β(TGF-β)信号通路在高风险组被显著激活,肌生成和胰腺β细胞信号通路在高风险组被显著抑制。上述信号通路可能是该预后风险模型的潜在分子机制。结论基于5个免疫相关lncRNA构建的预后风险评估模型可以有效地预测胰腺癌患者的预后情况,此外上述免疫相关lncRNA可能是胰腺癌诊断和治疗的新型生物标志物。

  • 标签: 胰腺肿瘤 预后 RNA,长链非编码 ROC曲线
  • 简介:摘要目的构建肺腺癌预后诊断模型并挖掘模型诊断价值。方法数据来源于癌症基因组图谱(TCGA),搜索截止日期为2020年4月10日。通过似然比检验比较肺腺癌组织(n=515)和癌旁组织(n=46),筛选差异表达微小RNA(miRNA,miR),单因素比例风险回归模型(COX回归)分析差异miRNA与预后相关性,鲁棒性分析找到可靠性最高miRNA。以多因素COX回归分析构建风险评分模型。在受试者工作特征(ROC)曲线找到最佳截止点后将患者分为高低风险组,生存曲线判断模型诊断效果。结果得到差异miRNA 257个,其中12个miRNA与患者预后相关性较强(P<0.05)。12-miRNA风险评分模型可发现组内高风险(n=131)患者生存时间较低风险(n=130)患者短[风险比(HR)=0.25、0.08、0.25、0.04、0.09、0.004、0.26、0.22、0.08、0.01、0.02、-0.09,χ2=13.85、11.30、7.54、6.05、5.76、5.79、4.85、4.74、4.66、4.51、4.25、4.22,P<0.05]。用最佳截止点1.322重新分组(高风险组为80、95、176例;低风险组为180、166、346例),高风险组生存期仍低于低风险组(高风险=15.5、31.7、29.9个月,低风险=59.7、55.1、59.7个月,χ2=32.80、8.40、28.20,P<0.01,P值均<0.01)。结论12-miRNA风险评分模型可以为肺腺癌诊断提供新途径。

  • 标签: 肺腺癌 风险评分 预后