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  • 简介:周围神经损伤常导致神经元轴突的连续性中断,从而引起神经功能缺陷,这将给临床病人造成严重的不良后果。因此,促进轴突生长并使其与所分布的靶器官重新形成突触连接而达到形态和功能上的恢复成为治疗周围神经损伤的关键。神经元轴突的再生常受到损伤部位内源性因素和外源性细胞因子的影响。

  • 标签: 序列分析 基因克隆 周围神经损伤 外源性细胞因子 神经元轴突 编码
  • 简介:美国奎格·文特研究所和多伦多儿童医院以及加州大学的研究者日前公布了奎格·文特本人的基因序列,这是世界上第一次公布单个个体二倍体的基因序列,初步分析报告发表在最新一期的《PLOS生物学》上。

  • 标签: 基因组序列 世界首例 加州大学 儿童医院 PLOS 多伦多
  • 简介:摘要MicroRNAs(miRNA)是一类约20~22碱基大小的小分子非编码RNA。是一类新发现的在转录后水平负性调控基因表达的基因调控因子。miRNA在多种肿瘤中都存在表达异常。miRNA表达异常可能在胰腺癌的发生中起到了重要作用。本课题假设miRNA的基因序列在胰腺癌中存在变异,因此检测了8种miRNA在胰腺癌组织及肿瘤细胞株中前体的基因序列。总共发现了4种新的基因序列的变异。miRNA定量分析显示,miR-21在20例胰腺癌病例标本及6种肿瘤细胞株中均有显著的高表达。新发现的一个位于pre-miR-21基因下游29个碱基处的A-G突变导致了其附近二级结构的改变,并引起miR-21的相对低表达。这些结果显示miRNA可能在胰腺癌的发生中起到了重要的作用,但是其基因序列的变异引起表达异常的分子机制仍待进一步的研究。

  • 标签: microRNA,胰腺癌,启动子,二级结构中图分类号R735.9文献标识码B文章编号1007-8231(2011)12-2265-03
  • 简介:目的:对在LPS、TNF-α刺激下,人β-防御素-2基因5'-端转录调控机制进行初步分析.方法:将HBD-2基因5'-端上游序列连接入无启动子的pEGFP-1质粒,构建了系列5'端缺失的pEGFP-1/HBD-2报告质粒.pEGFP-1/HBD-2质粒转染细胞后给予LPS、TNF-α刺激,用RT-PCR检测pEGFP的mRNA浓度.结果:显示HBD-2基因上游-241段有较强的启动子活性;LPS、TNF-α刺激后,即使上游序列缩短至-241位点时,报告基因pEGFP的mRNA表达量仍明显增高.说明HBD-2基因上游-241区域含有LPS、TNF-α刺激后激活的转录因子作用位点.计算机分析表明-232/-222区域有一同源性极高的NF-kB结合元件,提示NF-kB结合元件可能调控HBD-2的增强表达.

  • 标签: 人β-防御素-2基因5-端 转录调控 序列分析 NF-kB结合元件 LPS TNF-Α
  • 简介:目的:确认1个人类白细胞抗原(HLA)新等位基因。方法:应用多聚酶链反应-基于测序的分型技术(PCR-SBT)法对中华骨髓库河北地区捐献者进行HLA常规分型并利用序列特异性SSSP引物测序,鉴定HLA新等位基因。结果:发现该标本的HLA-B位点核苷酸序列与所有已知HLA-B位点等位基因核苷酸序列不一致,不能指定为任何等位基因,其中一个等位基因与同源性最高的等位基因B*15:01:01:01的差异是在第2外显子206位的T〉C,其突变导致密码子ATG〉ACG,结果造成B*15:01:01:01氨基酸序列中45位的甲硫氨酸(M)变为苏氨酸(T)。结论:该等位基因为HLA-B位点的1个新等位基因,该基因被世界卫生组织HLA命名委员会命名为HLA-B*15:202。

  • 标签: 人类白细胞抗原:新等位基因 分型 测序
  • 简介:摘要目的鉴定1例罕见的类孟买型ABmh,并探讨其分子机制。方法应用血型血清学方法确定先证者的血型,PCR产物直接测序法分析ABO基因第6、7外显子、FUT1和FUT2基因序列。结果血清学实验结果表明先证者为AB类孟买血型。ABO基因测序结果显示ABO基因型为ABO*A1.02/B.01,FUT1基因直接测序显示先证者的FUT1基因为c.551-552del AG缺失、c.881-882del TT缺失的杂合型,其4个子女中3个为B型、1个为A型,H抗原表达正常。结论FUT1基因编码区双碱基缺失杂合可形成类孟买血型,单链缺失变异携带者的ABO表型正常。

  • 标签: 类孟买血型 FUT1基因 FUT2基因 H抗原
  • 简介:摘要目的对2例ABO血型正反定型不符的患者血液标本进行基因检测,探讨其血清学特征和分子机制。方法对2例标本采用经典试管法进行血型血清学检测;采用PCR技术扩增ABO基因第6、7外显子,进行直接测序和克隆测序,确定其基因型。结果2例患者标本血清学结果显示:患者红细胞与抗-A,抗-A1和抗-B均不凝集,血清与A1细胞弱凝集,与B细胞呈现强凝集。直接测序和克隆测序结果显示这2例标本的基因型是ABO*O01.01和罕见型A等位基因的杂合子,罕见型A等位基因与ABO*A1.01序列相比在第7外显子第467位C>T变异,导致第156位脯氨酸(Pro)转变为亮氨酸(Leu),963位与964位之间插入了一个核苷酸C。结论结合血清学和基因测序结果,此2例标本为A亚型,引起该罕见型A等位基因的特异性突变为:c.467C>T和c.963_964insC。

  • 标签: A亚型 血型血清学 基因测序 移码突变
  • 简介:摘要目的对3例ABO变异型Bw亚型进行基因鉴定及序列分析。方法采用常规血清学检测ABO血型,并应用Sanger测序进行ABO基因鉴定。结果3例ABO血型鉴定均符合Bw亚型,基因分型分别为ABO*Bw.11/0.01.02、ABO*Bw.12/0.01.01、ABO*Bw.34/A1.02,测序发现分别存在c.695T>C变异致多肽链Leu232Pro替换,c.278C>T变异致多肽链Pro93Leu替换,c.889G>A变异致多肽链Glu297Lys替换。结论本研究分别发现了Bw11、Bw12、Bw34亚型各一例。基因检测可作为血清学结果的补充确定ABO血型的亚型。

  • 标签: ABO变异型 Bw亚型 基因测序
  • 简介:目的克隆并鉴定乙型肝炎病毒表面抗原基因,为下一步构建该重组腺病毒载体以及进一步研究腺病毒载体的包装及在乙型肝炎病毒基因治疗中的作用.方法参照人HBVadr亚型序列,设计和合成S基因特异引物.应用PCR技术,从含有HBsAg的HBVDNA中扩增目的DNA,通过TA连接将其克隆入pGEM-Teasy载体,经限制性内切酶BgIⅡ/SalI鉴定后,进一步测序鉴定.结果从乙肝表面抗原阳性(HBsAg+)血清中成功提取HBVDNA,并以此DNA为模板,成功扩增出S基因,测序结果与GenBank中注册的相应序列比对,核苷酸序列的同源性高达92%~99%,预测氨基酸序列同源性亦达82%.结论从HBsAg阳性血清中成功克隆出S基因序列,为进一步构建重组腺病毒及后续实验奠定了基础.

  • 标签: 表面抗原基因 乙型肝炎病毒 克隆 序列分析 乙肝表面抗原阳性 重组腺病毒载体
  • 简介:目的对我国登革2型病毒1998年广东省南海市流行株GD08/98结构蛋白基因进行序列测定及分析,为追踪其地域来源、基因组结构与致病性的关系及研究开发登革病毒新型疫苗奠定基础.方法根据登革2型国际标准株NGC序列,设计2对重叠引物,RT-PCR扩增,分别克隆到pMD18-T载体,转化受体菌DH5α,挑取阳性克隆进行PCR、酶切鉴定及序列测定.结果此登革病毒株结构蛋白基因序列长度为2325bp,编码775个氨基酸.与其它登革2型病毒株ThNH81/93、NGC、44、TSV01、04及S1进行比较,其核酸序列同源性分别为98%、94%、94%、92%、92%、90%.结论GD08/98病毒株的结构基因序列基本类似于已发表的其它登革2型病毒株.GD08/98株与ThNH81/93株同源性最高,推测其可能来源于泰国.

  • 标签: 南海市 登革病毒 流行株结构 基因序列 结构基因 致病性
  • 简介:从人基因组DNA获取神经营养素-4(neurotrophin-4,NT-4)基因,并对该目的基因进行序列测定,本实验直接从人脑组织中提取基因组DNA,根据人神经营养素-4的cDNA序列,设计一对寡核苷酸引物,采用PCR,获得人NT-4基因,用DNA序列分析NT-4基因,结果,我们获取的人NT-4基因与文献报道有五个碱基不同,我们认为:直接采用PCR来获取目的基因,出现碱基错配的可能性较大;测序仪器和实验条件对结果有一定影响关系。

  • 标签: 神经营养素-4 PCR 序列分析
  • 简介:【摘要】目的:对育龄女性脆性X智力低下1(FMR1)基因(CGG) n重复序列及等位基因在人群中的频率进行调查研究,为脆性X综合征(FXS)和脆性X相关原发性卵巢功能不全(FXPOI)提供预警和参考依据。方法:选择在北京市房山区妇幼保健院进行婚前、孕前或产前检查的1662名女性,提取其外周血基因组DNA,应用脆性X-FMR1基因AmplideX检测试剂盒进行FMR1基因CGG重复序列检测,探究不同CGG重复数在人群中的分布。结果:FMR1基因重复次数在正常范围n=6-34的有1226例,占总数73.77%;正常范围高线n=35-44的有421例,占总数的25.33%;灰区n=45-54的有11例,占总数的0.66%;前突变n=55-200的有4例,占总数的0.24%。结论:育龄女性中FMR1基因灰区突变和前突变比例相当可观,FMR1基因检测可以降低FXS患儿的出生率,促进早期干预。所以要在育龄女性中广泛开展FMR1基因筛查,婚前孕前保健医师要积极宣教,提升婚育人群的健康素养和预防保健意识。

  • 标签: FMR1基因 脆X综合征 CGG重复数 育龄女性 婚前孕前
  • 简介:摘要目的了解中国乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)基因序列的免疫逃逸突变、耐药突变和基因组进化信息。方法选取1998-2021年在GenBank中的中国HBV全基因序列信息作为分析对象,采用MAFFT软件进行聚类分析,使用在线工具Gen2pheno进行免疫逃逸突变和耐药突变分析,使用BEAST 1.10.4做序列的时间进化分析。结果5 426条序列纳入分析集,分布于我国19个省份,C型占比最高(59.1%,3 211/5 426)。其次为B型(33.7%,1 833/5 426)。有764条(14.1%,764/5 426)序列发生了免疫逃逸突变,98.1%的序列至少发生了1处反转录酶编码区域突变。中国大部分系列的进化根在公元1801年左右。结论中国HBV耐药突变率较高,HBV基因组进化缓慢。

  • 标签: 乙型肝炎 基因组耐药和免疫逃逸突变 基因组进化
  • 简介:摘要目的分析天津市1例输入性基孔肯亚病毒(CHIKV)的全基因序列特征与进化,为CHIKV的监测与防控提供科学依据。方法收集2019年11月4日于天津市第二人民医院采集的血清标本200 μl提取核酸,设计叠瓦式引物扩增CHIKV基因组全长,然后利用Illumina Miniseq平台进行高通量测序。结果本研究的CHIKV属于ECSA基因型印度洋分支,与大部分中国分离株一致,相似性为92.72%~99.86%,在国际上与巴基斯坦分离株亲缘关系最近(99.74%)。天津CHIKV在关键位点E1-D284E和E2-I211T处有两处突变,与ECSA基因型一致。此外,天津CHIKV还具备两个关键毒力位点E2-12T和E2-82G,以及nsP3-R524Opal终止子突变。结论天津CHIKV具备较强毒力,且具备在白纹伊蚊中传播的能力,提示应继续加强对CHIKV的监测。

  • 标签: 高通量核苷酸测序 基孔肯亚病毒 毒力
  • 简介:目的研究江苏口岸小家鼠的基因多态性和遗传进化规律,为国境口岸小家鼠的鉴定和溯源提供技术支持。方法通过基因扩增、测序和比对,研究江苏10个口岸小家鼠线粒体基因组成,结合GenBank中小家鼠线粒体基因组信息,对小家鼠进行遗传多态性分析和系统发育研究。结果小家鼠的线粒体全基因序列全长约16300bp,由13种蛋白质编码基因、2种rRNA基因、22种tRNA基因、1个轻链复制起始区和1个控制区等构成。生物信息学分析发现小家鼠线粒体基因多态性丰富,其遗传进化规律与地理位置有一定的联系,不同地区小家鼠之间的分化程度大于同一地区小家鼠之间的分化程度。结论小家鼠的种内差异程度与不同个体所处地理位置有很大联系,我国的小家鼠大致可以长江为界限进行划分。

  • 标签: 线粒体 口岸 小家鼠 地理分布
  • 简介:摘要目的了解苏州市2019新型冠状病毒感染病例的病毒分子变异及宿主适应性情况。方法采集苏州市9例本土2019新型冠状病毒感染病例和6例境外输入2019新型冠状病毒感染病例的咽拭子样本,提取病毒核酸进行病毒全基因组测序。以武汉株Wuhan-Hu-1为参考序列进行比对分析。采用MEGA 7.0软件构建病毒全基因序列系统进化树。结果15条2019新型冠状病毒基因序列分别按照中国分型法、Nextstrain分型法、Pangolin分型法和全球共享流感数据倡议组织(Global Initiative on Sharing All Influenza Data, GISAID)分型法可分为7个型、6个型、8个型和5个亚型/谱系。与Wuhan-Hu-1参考株相比,基于核苷酸翻译的氨基酸序列突变位点中位数为3个,范围为0~12个。6条境外输入病毒株刺突蛋白均检出可导致传播力增强的D614G突变。输入病例的基因序列中未发现可导致病毒传播力明显增强的阿尔法变异株、贝塔变异株和伽马变异株。15条序列核苷酸突变位点中位数为8个,范围为3~23个。结论2019新型冠状病毒在不断变异,已衍生出多种进化谱系/基因型。苏州市境外输入病毒株均携带可致传染性增强的突变。

  • 标签: 感染 突变 2019新型冠状病毒 刺突蛋白 基因测序
  • 简介:目的了解在广东省受血及献血者中发现的HIV-1亚型的流行规律及其与国际参考株的同源性.方法应用套式聚合酶链反应(PCR)对14例采自于广东省HIV-1抗体阳性的受血者或献血者淋巴细胞富集液的核酸样品进行扩增,并使用AB1377型测序仪对扩增产物测序后,对其ENV基因C2-V3段的核酸序列进行比较分析.结果14份血样中,7份为泰国B'亚型,与国际参考株RL42的距离最近,基因离散率为(6.082±2.607)%,组内离散率为(5.963±2.383)%;4份为AE重组亚型,与国际参考株TH.90.CM240最近,基因离散率为(8.900±1.830)%,组内离散率为(13.810±1.317)%;2份为07-BC重组亚型,与国际参考株CN.97C54A最近,基因离散率为(4.155±1.223)%,组内基因距离为6.36%;1份为08-BC重组亚型,与国际参考株97CNGX-9F最近,基因距离为0.97%.结论本次检测的广东省受血及献血者HIV-1以泰国B'亚型为主,也存在主要在性途径感染人群中流行的AE重组亚型和吸毒者中流行的07-BC、08-BC重组亚型.

  • 标签: 受血者 供血者 HIV-1 序列测定 基因产物 env
  • 简介:利用分子生物学方法,我们将K562细胞林bcr/ablmRNA0.3kb的接合区cDNA片段用聚合酶链反应扩增并插入到质粒pGEM-4-Z载体中。经限制酶切分析和荧光标记M13引物法DNA序列测定,证实重组质粒pB3A2中有0.3kb的插入片段与K562mRNA接合区序列完全一致。我们分离到的接合区DNA可用于bcr/abl基因的检测及其反义核酸抑制的研究。

  • 标签: BCR/ABL基因 接合区 序列分析
  • 简介:目的:对人类PPARγ基因5'-非翻译区进行生物信息学的分析。方法:通过搜索网络数据库,得到PPA脚基因翻译起始点上游约2kb的序列。运用PROMOTERSCAN分析该序列可能的启动子区域,利用在线分析软件EMBOSS、MethPrimer和CpGIslandSearcher分析该序列潜在的CpG岛,运用TFSEARCH软件分析该序列潜在的转录因子结合位点。结果:人类PPARγ基因5'-非翻译区转录起始位点上游反向链2425到2175区具有启动子活性,在启动子上具有TATA盒。PPARγ基因5'-非翻译区转录起始位点上游2kb序列存在包括MyoD、HSF和Nkx-2等19个转录因子的潜在结合位点,不存在CpG岛。结论:该实验为后续的PPARγ基因的转录调控研究奠定基础。

  • 标签: 生物信息学 PPARΓ 启动子 转录调控
  • 简介:摘要目的了解福建省莆田市2015年G基因型腮腺炎病毒(mumps virus,MuV)全基因序列特征。方法选择福建省莆田市2015年分离得到的2株腮腺炎流行株进行研究,命名为MuV15-01和MuV15-23。采用逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction,Rt-PCR)对分离株全基因组进行扩增,并对产物进行测序拼接,结合GenBank下载的不同基因型腮腺炎参考株及现有疫苗株序列比对分析分离株基因序列遗传差异及抗原位点变异情况。结果福建省莆田市MuV分离株基因全长15 384个核苷酸,与其它基因型毒株相比,全基因组核苷酸差异在3.7%~6.0%之间,其中与A基因型(疫苗株)的遗传差异最大,与N和B基因型的遗传差异最小;在基因组编码7种病毒蛋白核苷酸序列上,SH基因变异最大,M和L基因最为保守;在N基因和HN基因已知抗原相关位点上分别存在7和11个氨基酸位点变异;相比于疫苗株福建分离株在HN基因的464位点上多增加了一个N-糖基化位点。结论现流行于福建省莆田市的G基因型MuV与腮腺炎其他基因型及疫苗株之间在全基因上存在较大的差异,提示需要进一步加强腮腺炎流行株与疫苗株之间的遗传差异性监测,为更好的腮腺炎防控提供科学依据。

  • 标签: 腮腺炎病毒 全基因组 氨基酸变异