基于计算机分子模拟技术从天然产物中筛选PPARγ激动剂

(整期优先)网络出版时间:2022-12-13
/ 1
摘要目的采用分子对接技术从天然产物中筛选PPARγ激动剂。方法研究时间为2021年1月至9月。基于过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)的PDB晶型结构(PDB Code:6md4),构建虚拟靶标模型,以天然产物数据库中的1 680个化合物为配体筛选对象,以6md4原配体分子为对照。首先采用SYBYL软件对天然小分子化合物进行虚拟筛选,随后对排名前20位的化合物进行高精度分子对接,最后再使用PyMol软件分析结合稳定的化合物。结果根据评分结果并结合冲突、极性和相似度,最终筛选出橙皮苷等20个小分子PPARγ激动剂,其中橙皮苷能够与PPARγSer289、His323、Tyr327等多个氨基酸形成氢键,结合良好。结论从天然产物中筛选出潜在的PPARγ激动剂,为发现新型抗糖尿病的先导化合物或膳食补充剂提供基础。