简介：摘要目的对南京地区2014—2016年流行的甲型H3N2型流感病毒血凝素(hemagglutintin，HA)基因进行测序和分析，掌握HA基因的位点突变和遗传进化特征。方法于2014—2016年流感监测样本H3N2型流感病毒阳性标本中，根据时间段随机选取27株，MDCK细胞进行病毒分离和纯化，吸取病毒培养液提取病毒RNA，反转录-聚合酶链反应(reverse transcritase polymerase chain reaction，RT-PCR)扩增病毒HA基因全长并测序，掌握HA序列特征，对其遗传进化特点、重要功能位点进行详细分析。结果27株H3N2型流感毒株HA基因核苷酸长度为1 701 bp，编码566个氨基酸；与同年WHO推荐疫苗株序列同源性高达97.9-99.5%。进化分析表明，2014-2016年南京流行株在进化树上分属两个分支，实现了从3C.3a到3C.2a基因型的转变，目前以3C.2a基因型流行为主；不同年份的南京分离株多个抗原表位上的氨基酸发生了变异。结论2014—2016年南京地区H3N2亚型流感病毒流行株与疫苗株同源性高，疫苗可以产生良好的保护作用；HA基因抗原位点变异快，分子遗传进化活跃，有必要对病毒HA基因的分子特征进行持续监测，为下一个流感病毒流行季H3N2型的防控做好准备。

简介：白粉病是海南黑皮冬瓜生产上最严重的病害之一。为弄清其病原和遗传进化关系,本研究采用形态观察、致病性测定、分子鉴定和生物信息学分析相结合的方法,对采自儋州、海口、文昌等地的黑皮冬瓜白粉病样进行了病原鉴定和遗传多样性分析。结果表明:病原菌形态上具有叉丝单囊壳(Podosphaerasp.)的典型特征。其分生孢子椭圆形,无色单胞,内含有明显的纤维丝;附属丝为菌丝状。在分子鉴定中,代表样品的ITS序列与NCBI数据库中苍耳叉丝单囊壳(Podosphaeraxanthii)(登录号:JQ728480.1,KP980563.1,MH143487.1,KX369541.1和KX371257.1)的多条序列相似性达100%;与菊科白粉病菌(Podosphaerasenecionis)(登录号:KY660807.1)等相似性小于97%;系统进化分析中,所有瓜类白粉病菌聚在一个分支上,遗传距离近,差异较小;与菊科白粉病菌等在不同分支上,遗传距离较远。结合形态、分子和遗传进化分析,将黑皮冬瓜白粉病的病原鉴定为苍耳叉丝单囊壳(Podosphaeraxanthii)。本研究为冬瓜白粉病流行规律、成灾机理和抗病育种的研究提供了重要的技术支持。

简介：目的分析广西市售婴儿食品中的克罗诺菌分离株的种类、表型和基因特性。方法将保存的试验菌株进行复苏,通过API20E生化条和ompA基因扩增检测进行初步鉴定,扩增16SrRNA基因后进行测序,将获得的全16SrRNA基因序列在GeneBank数据库上比对,构建进化树,确认是否为克罗诺菌。将试验菌接种于显色平板观察其表型和黄色素的产生情况,通过手工生化进行分型,确定其种属。结果9株分离菌确定为克罗诺菌,有5种生化型,属于4个克罗诺种。检出Cronobactersakazakii6株菌,C.malonaticus、C.muytjensii和C.dublinensis各有1株;7株菌符合API20E鉴定结果,9株分离菌均可检测到ompA基因。结论广西市售婴儿食品中克罗诺菌的污染以C.sakazakii为主,生化表型、种属及基因型具有多样性;鉴定时仅以单一的生化或其他表型作为判别依据存在很大的局限,需辅以分子生物学手段加以鉴别。

简介：

简介：摘要 人类作为地球上最与众不同的特种，与其他动物有着巨大差异，但是从基因的角度来讲，多年以前人类与其他动物并没有本质区别，这一切都是进化的结果。经历了数万年的进化，人类由最初的普通灵长类生物衍变成为高级动物，基因在其中的作用功不可没。本文中将通过对比人类与大猩猩的基因，探讨基因突变与基因进化规律，并对人类今后的进化趋势进行分析。

简介：摘要猴痘是由猴痘病毒（monkeypox virus，MPXV）引起，以皮疹为主要表现的人畜共患疾病。既往猴痘主要发生在中非和西非的热带雨林地区，偶尔输出到其它地区。但自2022年5月以来，已有多个非流行国家报道相关病例。目前该病毒有两种进化分支：刚果盆地进化分支和西非进化分支，两种进化分支流行病学和临床表现特征不尽相同。目前我国台湾地区发现输入病例，随着全球各国交往日益密切，我国进一步面临出现输入病例的风险。本文就猴痘病毒进化分支相关特点进行综述，以提高医务工作者对猴痘病毒不同进化分支特点的认识。

简介：摘要目的分析济宁市2017—2020年度乙型流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因变异情况及分子进化特征。方法采集2017—2020年度济宁市哨点医院和流感暴发疫情病例咽拭子标本，进行核酸检测、病毒分离，选取20株乙型流感病毒代表毒株进行HA和NA基因测序，利用生物信息学软件构建进化树并分析分子进化特征。结果2017—2020年度共监测病例标本4 575例，流感病毒阳性842例，其中乙型流感病毒阳性398例，阳性率8.70%(398/4 575)，占比47.27%(398/842)。2017—2020年度济宁分离的BV系和BY系流感病毒与疫苗株比，HA基因同源性分别为98.7%～98.8%、98.5%～99.1%。2018—2020年度BV系流感归属于Victoria clade 1A分支，2017—2018年度BY系流感归属于Yamagata clade 3分支。对抗原表位和耐药位点的变异情况进行了分析，发现多处抗原表位发生了变异，但未发现神经氨酸酶抑制剂耐药位点的变异。结论2017—2020年度济宁市BV系和BY系乙型流感病毒均发生了数个抗原位点变异，出现了抗原转变，可能是引起乙型流感暴发的原因。

简介：番茄Pto基因编码包含丝氨酸／苏氨酸激酶（STK）结构域的蛋白，它能抗由丁香假单胞菌番茄致病变种（Pseudomonassyringaepv．Tomato，Pst）造成的细菌性斑点病。本研究使用PVX系统的体内识别系统测定显示AvrPto在辣椒基因型中被特异性识别。这种AvrPto识别导致非寄主超敏反应（HR），以及PVX：：AvrPto融合蛋白在接种辣椒叶组织中的定位，这表明在辣椒中存在与番茄类似的Pto识别机制。然而，辣椒全基因组分析显示没有对应番茄的Pto进化枝，表明在辣椒中有一个Pto识别的替代系统。不过，辣椒基因组中已经鉴定出25个具有高度保守STK结构域的类Pto蛋白激酶（PLPKso对于Ptos和PLPK的STK结构域中的大部分氨基酸位点，非同义（dN）与同义（dS）核苷酸替换速率的比值（ω）小于1。表明纯化选择在进化中起主要作用。然而，一些氨基酸位点在Pto同源物的进化过程中被发现为偶发性正选择，因此，不同的进化过程可能在植物中形成了Pto基因家族。基于RNA—seq数据，PLPK基因和其他Pto通路基因，例如Prf,Pti1，Pti5和Pti6在所有检测的辣椒基因型中都表达了。因此，辣椒中对Pst的非寄主超敏反应可能是由于PLPK同系物对AvrPto效应物的识别，以及Pto信号通路下游组分的后续作用。然而，辣椒中AvrPto的识别可能涉及其他类受体激酶（RLKs）的活性。本研究中鉴定的PLPKs将作为进一步了解PLPKs在非寄主抗性中作用的基础。

简介：【背景】扶桑绵粉蚧是近年来入侵我国的重要检疫性害虫,在我国多个省份均有发生,造成了严重的经济损失。【方法】于2009—2015年对杭州地区扶桑绵粉蚧的发生危害情况进行了实地调查,同时结合mtDNACOI分子标记方法,对扶桑绵粉蚧进行分子鉴定和系统进化分析。【结果】杭州市余杭区、萧山区和临安市3个地区发现扶桑绵粉蚧分布,共调查到寄主植物38科61属68种,以辣椒、茄子、番茄、南瓜、棉花、芝麻、菊花、苦荬菜、大花马齿苋和五色梅受害最严重。系统进化分析表明,杭州地区的扶桑绵粉蚧未发生明显的遗传分化,与我国其他地区扶桑绵粉蚧mtDNACOI基因相似度为99.4%-100%。【结论与意义】本研究为进一步研究扶桑绵粉蚧的遗传进化、可能的侵入途径以及科学防控提供了理论基础。

简介：摘要近年来，随着抗菌药物的滥用，全球范围内的多重耐药菌逐年增加。对细菌进化规律的探究可能是解决这一问题的关键。高通量测序，又称为下一代测序（NGS），可以合理利用细菌全基因组所蕴含的强大信息，在细菌进化规律的探索中展现出前所未有的分辨能力。本文主要就NGS的概述及其在细菌进化分析方面的研究与进展进行简要综述。

简介：摘要目的分析2017至2020年我国诺如病毒流行株GⅡ.4 Sydney[P31]基因型的基因组以及变异情况。方法利用通用引物初步建立GⅡ组诺如病毒基因组扩增方法，扩增GⅡ.4 Sydney[P31]株基因组，并应用高通量测序技术对其基因组测序，对GⅡ.4 Sydney[P31]株进行系统进化分析和关键位点分析。结果利用初步建立的GⅡ组基因组扩增方法，8株GⅡ.4 Sydney[P31]株中，6株扩增成功并获得基因组序列。通过系统进化分析表明，本研究获得的自2017—2020年6株毒株和2015—2019年的GⅡ.4 Sydney[P31]参考株划为一簇，2013年我国毒株GZ20 133 135株与2012—2014年GⅡ.4 Sydney[P31]参考株划为一簇。血型抗原受体结合位点(HBGAs)分析表明2014年以后的毒株在Site Ⅱ发生了氨基酸突变Asp372Asn。通过抗原表位分析，2017年以后的毒株，在A表位(297、372和373)、B表位(333)、E表位(414)和H表位(309、310)都发生了变化；2020年的毒株20HN261和20HN253株在A表位(368)和G表位(355)较之前的毒株出现了新变化。结论本研究确定了我国流行株GⅡ.4 Sydney[P31]基因组关键位点变异情况，跟踪新毒株的出现提供了科学依据，为针对我国流行株疫苗研发设计提供了基础数据。

简介：摘要目的分析轮状病毒G2P[4]型2020BJ株的近似全基因组进化特征。方法运用逆转录－聚合酶链式反应(reverse transcription-polymerase chain reaction, RT-PCR)进行轮状病毒基因组扩增，将扩增产物测序，对所得序列进行系统进化和同源性分析。结果获得人轮状病毒G2P[4]型2020BJ株近似全长的11个节段核酸序列，序列分析表明其为G2-P[4]-I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2基因型(DS-1-Like)；进化分析表明与日本、印度、孟加拉及意大利等国家毒株亲缘关系较近；亲缘关系较近的毒株间抗原表位的氨基酸存在差异。结论与2020BJ亲缘关系较近的5株G2P[4]型轮状病毒VP7和VP4的抗原表位的氨基酸存在差异，可能导致流行特征不同，应加强轮状病毒监测。

简介：无

简介：摘要目的对2016—2019年北京市GII.2[P16]诺如病毒全长基因组进行系统进化分析。方法收集2016—2019年北京市GII.2[P16]诺如病毒毒株，采用一步法RT-PCR对基因组全长进行分段扩增，应用BioEdit软件分析核苷酸相似性和氨基酸变异情况，采用BEAST软件分别构建衣壳蛋白（major capsid protein，VP1）区和RNA聚合酶（RNA-dependent RNA polymerase，RdRp）区全长序列的贝叶斯进化树，结合流行病学资料对毒株进化特征进行分析。结果测得44个毒株的全基因组序列，其VP1和RdRp基因分型一致。进化分析显示北京市2017年5月以后毒株形成新亚群并分为两个分支，分别以2017—2018年和2018—2019年毒株为主。该亚群毒株在VP1区均存在Val256Ile点突变，但RdRp区没有发现氨基酸变异位点。流行病学数据表明，北京市GII.2[P16]型诺如病毒从2016年10月输入，2017年3月至6月为暴发高峰，2017年7月以后暴发数量明显降低,但2018年底暴发又有所增加。结论北京市GII.2[P16]诺如病毒新变异株2017年5月之后基因特征有所改变，暴发强度降低，但仍具有传播风险。

简介：摘要目的了解贵州省乙型流感病毒BY系和BV系毒株HA和NA基因分子进化特征，为流感的科学防控提供依据。方法统计贵州省2017—2021年流感各型别阳性比例，提取乙型流感病毒核酸，RT-PCR扩增HA和NA基因，进行序列测定14株，并从GISAID获取83株序列，对合计97株乙型流感病毒的序列进行同源性、遗传进化和氨基酸位点变异分析。结果贵州省存在甲型、BY系和BV系流感病毒的流行，BV系为优势流行型别；BY系流感病毒HA和NA基因与参考疫苗株B/PHUKET/3073/2013相比同源性分别为98.7%~99.4%和98.4%~99.6%，BV系毒株与参考疫苗株B/Colorado/06/2017相比分别为98.3%~99.3%和98.9%~99.6%；贵州省BY系毒株主要属于Y3遗传群，HA基因处于Y3-H1~2两个分支，NA基因处于Y3-N1~3三个分支，发现3株Y3系内重配株；BV系毒株主要属于V1A-2遗传群，HA基因处于V1A-2 H1~4四个分支，NA基因处于V1A-2 N1~5五个分支，发现20株V1A-2系内重配株，未发现系间重配株；关键氨基酸位点变异分析显示抗原决定簇区域位点Y3遗传群无突变，V1A-2遗传群4个主要的抗原决定簇均存在点突变且190螺旋存在移码突变，耐药位点均未发生突变。结论贵州省流感流行型别多样，乙型流感病毒与疫苗株同源性差异在增大，HA和NA基因已进化出不同分支，基因序列存在多种形式的突变，存在系内重配株和新的变种，应持续加强乙型流感病毒的监测研究。

简介：摘要本研究选择六种五加科常用中药的鲨烯环氧酶进行比对分析，以获得其在进化上的关系，结果表明鲨烯环氧酶具有较高的保守性，在进化关系上，分为两支，人参与屏边三七的亲缘关系最近，与西洋参关系最远。

简介：目的：从中国南海芋螺中克隆新的J超家族芋螺毒素,并进行序列和进化分析。方法：以芋螺毒腺管总RNA为模板,采用3′-RACE及巢式PCR的方法扩增J超家族芋螺毒素基因,并将得到的目的基因与pMD18-T载体连接并转化大肠杆菌DH5α,经测序比对后,获得新的J超家族毒素,利用软件BioEdit、ClustalX及Mega5.05进行进化分析。结果：获得12个新的J超家族芋螺毒素前体肽序列,其氨基酸组成具有新颖性,在进化树上与已报道的J超家族毒素处于不同的进化分支。结论：12个新的J超家族毒素与已报道的毒素序列之间的同源性较低,是J超家族新成员。

简介：摘要：本文将从分层学习目标、分层问题难度、分层测试、分层自主学习要求几个方面，探讨导学案的优化方法，推动分层教学的有效实施。希望能够为我校的教育事业发展提供帮助，为学生提供一个优越高效的化学课堂。

简介：摘要目的对2017年山东省临沂市手足口病(hand, foot and mouth disease，HFMD)患儿粪便标本进行病毒分离与鉴定，并对其基因特征进行分析。方法对HFMD患儿粪便标本进行核酸检测。用人横纹肌肉瘤细胞进行病毒分离。对病毒进行全基因组序列测定，通过与人类肠道病毒比较，对分离株进行系统发育分析和基因重组分析。结果自重症HFMD患儿粪便标本中成功分离到1株柯萨奇病毒A组2型(coxsackievirus A group 2 type, CoV－A2)，命名为CoV-A2 SD17-430，系统进化分析进一步确定其基因型属于D2基因型。SD17-430衣壳蛋白编码区与CoV-A2国际原始株同源性高，在非结构蛋白编码区与CoV-A4(MH086949)和CoV-A14(KP036482)同源性高。结论与原始毒株相比，CoV-A2 SD17-430株发生了较大程度的遗传变异，其进化过程中可能与多个A组肠道病毒发生了基因重组。应继续加强对HFMD病原的全面监测，以便进一步了解其病原谱变化，为制定更有效的HFMD防控策略提供数据参考。

简介：摘要目的了解无锡市HIV-1亚型流行及进化特征，为预测本地HIV-1疫情变化提供参考依据。方法样本来源于2013年4月至2016年7月无锡市部分CD4＋T淋巴细胞监测队列，进行HIV-1基因的扩增和测序，采用ChromasPro 1.6和MEGA 7.0软件构建HIV-1序列数据库；采用FastTree 2.1.10和BEAST 1.7.2软件和贝叶斯系统进化推断法重构HIV-1历史传播情况，采用SPSS 22.0软件进行统计学分析。结果有205例HIV-1感染者，其中≥50岁占32.68%（67/205）。共检测出CRF01_AE、CRF07_BC、CRF67_01B、B、CRF08_BC、CRF68_0B、CRF78_ cpx 7种HIV-1基因型及1例独特重组型。流行亚型以CRF01_AE（51.67%，93/180）及CRF07_BC（17.22%，31/180）为主，不同亚型之间传播方式的差异有统计学意义（ χ2＝16.99，P≤0.05）。CRF67_01B型（12.78%，23/180）所占比例较高。贝叶斯系统进化推断法分析结果显示，无锡市CRF67_01B型进化率为2.29×10-3，最近共同祖先时间约为2 003.10年，与江苏省及安徽省来源的参考株可能存在亲缘关系，CRF67_01B型于2003年开始在无锡市出现传播。结论2013－2016年无锡市HIV-1亚型复杂多样，CRF67_01B型已经开始在无锡市流行，应持续监测HIV-1亚型变化，从分子角度为疫情预测提供参考依据。