简介:针对在Shishkin网格上数值求解含内点层的奇异摄动问题,在迎风有限差分格式的基础上,提出了一种基于差分进化算法的Shishkin网格参数估计方法。利用该方法可计算出最优的Shishkin网格参数,同时获得了相应的数值结果。数值实验表明差分进化算法具有很好的全局寻优能力和较快的收敛速度,能有效解决传统迭代优化算法对初值的依赖问题。
简介:水稻粒形相关基因,对于调控作物产量和品质都具有十分重要的作用,但关于其进化缺少一个系统的、全基因组尺度的比较基因组学分析。研究以已鉴定的水稻粒形相关基因为目标序列,在8个禾本科植物中进行比较基因组学分析,旨在全基因组范围揭示不同粒形基因在多个禾本科作物种系中的进化规律。基于同源比对分析发现,不同基因组中粒形相关基因数量不具有明显差异,平均每个基因组中粒长和粒宽相关的基因分别有364和75,其中较多的是谷子,有423粒长、71粒宽调控基因。基因组同源共线分析,发现全基因组加倍和串联重复对于家族基因拷贝数增加具有重要贡献,但是重复基因丢失可能维持了基因数量的稳定。通过粒形基因中旁系同源基因对间的同义核苷酸置换率(Ks)比较,揭示不同的粒形基因具有不同的进化速率,进化最快的是粒长调控相关基因An-1。本研究为认识水稻粒形调控相关基因进化提供了重要的理论基础,对于禾本科粒形相关基因从全局尺度到单基因的进化具有极为重要的意义。
简介:摘要目的了解中国乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)基因组序列的免疫逃逸突变、耐药突变和基因组进化信息。方法选取1998-2021年在GenBank中的中国HBV全基因组序列信息作为分析对象,采用MAFFT软件进行聚类分析,使用在线工具Gen2pheno进行免疫逃逸突变和耐药突变分析,使用BEAST 1.10.4做序列的时间进化分析。结果5 426条序列纳入分析集,分布于我国19个省份,C型占比最高(59.1%,3 211/5 426)。其次为B型(33.7%,1 833/5 426)。有764条(14.1%,764/5 426)序列发生了免疫逃逸突变,98.1%的序列至少发生了1处反转录酶编码区域突变。中国大部分系列的进化根在公元1801年左右。结论中国HBV耐药突变率较高,HBV基因组进化缓慢。