简介:摘要目的采用生物信息学方法探索与非酒精性脂肪肝炎(NASH)病理进程相关的核心基因及分子机制。方法由基因表达数据库(GEO)下载基因表达数据集GSE89632,包含单纯非酒精性脂肪肝患者、NASH患者和健康对照分别为20、19和24例,筛选单纯非酒精性脂肪肝患者和NASH患者相对于健康对照的差异表达基因(DEGs),对两组DEGs取交集。采用DAVID 6.8数据库对DEGs进行GO功能富集分析,采用KOBAS 3.0数据库对DEGs进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析。利用STRING数据库构建DEGs蛋白相互作用网络(PPI),采用Cytoscape软件筛选核心基因。利用Attie Lab 糖尿病数据库验证核心基因在4组C57BL/6小鼠(分别为4周龄正常组、4周龄肥胖组、10周龄正常组和10周龄肥胖组,每组各5只)肝脏中mRNA相对表达量。分析核心基因和预后临床指标的相关性。结果由GSE89632数据集筛选出单纯非酒精性脂肪肝患者和NASH患者相对于健康对照的365个共同DEGs,其中上调和下调基因分别为115和250个。GO分析显示DEGs主要富集于炎症反应和免疫应答等生物过程。KEGG信号通路分析显示:上调基因主要富集于胆固醇代谢、胆汁分泌和脂肪的消化吸收等信号通路;下调基因主要富集于白细胞介素-17信号通路、肿瘤坏死因子信号通路和糖尿病并发症的晚期糖基化终末产物及其受体等信号通路。PPI分析筛选出7个关键核心基因,分别为FOS、EGR1、FOSB、JUNB、FOSL1、MYC和NR4A1。10周龄肥胖小鼠肝脏中EGR1和JUNB的mRNA相对表达量均低于10周龄正常小鼠,均P<0.05;4和10周龄肥胖小鼠肝脏中NR4A1相对表达量均低于同周龄正常组小鼠,均P<0.05。EGR1基因表达水平与肝脏脂肪变性程度呈负相关(r=-0.785,P<0.001)。FOSB、MYC和NR4A1基因表达水平与血液谷丙转氨酶水平呈负相关(r=-0.649、-0.597和-0.580,均P<0.001)。结论EGR1、FOSB、MYC、JUNB和NR4A1等基因可能为NASH病理进程中的核心基因,肝细胞内炎症反应和免疫应答、白细胞介素-17信号通路和肿瘤坏死因子信号通路可能是NASH病理进程的关键分子机制。
简介:摘要目的找出可能在脓毒症诊断和治疗中的关键基因,为临床治疗脓毒症提供新靶点。方法从基因表达数据库(GEO)中获取GSE9960芯片数据,使用GCBI在线实验室筛选出差异表达基因,分别使用基因本体论分析(GO分析)、代谢通路分析(pathway分析)、利用互作基因数据库检索工具,分析这些差异表达基因的蛋白质与蛋白质的相互作用(PPI network),并使用cytoscape软件进行可视化。结果与对照组相比,脓毒症组共获得110个差异表达基因,其中上调基因102个,下调基因8个;GO功能富集分析显示差异基因主要参与了DNA的正负调控、自噬、P53类中介信号转导、细胞对机械刺激的反应等。KEGG功能通路分析显示差异基因主要参与了Glucagon信号通路。PPI network筛选出的6个hub基因,根据受试者工作特征曲线分析,这6个hub基因与脓毒症相关。结论基因表达谱的生物信息学分析确定了1个信号通路和6个基因,可能代表脓毒症发生、进展和风险预测的分子机制,这6个基因可能被用作潜在的诊断生物标志物或治疗靶点。
简介:摘要目的找出可能在脓毒症诊断和治疗中的关键基因,为临床治疗脓毒症提供新靶点。方法从基因表达数据库(GEO)中获取GSE9960芯片数据,使用GCBI在线实验室筛选出差异表达基因,分别使用基因本体论分析(GO分析)、代谢通路分析(pathway分析)、利用互作基因数据库检索工具,分析这些差异表达基因的蛋白质与蛋白质的相互作用(PPI network),并使用cytoscape软件进行可视化。结果与对照组相比,脓毒症组共获得110个差异表达基因,其中上调基因102个,下调基因8个;GO功能富集分析显示差异基因主要参与了DNA的正负调控、自噬、P53类中介信号转导、细胞对机械刺激的反应等。KEGG功能通路分析显示差异基因主要参与了Glucagon信号通路。PPI network筛选出的6个hub基因,根据受试者工作特征曲线分析,这6个hub基因与脓毒症相关。结论基因表达谱的生物信息学分析确定了1个信号通路和6个基因,可能代表脓毒症发生、进展和风险预测的分子机制,这6个基因可能被用作潜在的诊断生物标志物或治疗靶点。
简介:摘要目的了解增生性玻璃体视网膜病变(PVR)近10年相关研究文献的分布规律和国际研究趋势。方法使用美国情报研究所Web of Science数据库为数据源,对2009—2018年收录的PVR相关文献的年代分布、国家和地区情况,基金资助情况,机构、期刊和作者影响力,引文情况等进行统计分析。并利用文献计量分析软件Citespace和VOSviewer进行关键词分布、聚类分析及文献共被引聚类分析。结果共检出PVR相关文献905篇,研究文献语种以英语为主,美国作者发文量最多,中国作者文献量位列第2;在所有有基金资助机构的文章中,中国国家自然科学基金位列第1;引文自2009年逐年上升,自2013年明显增多;引文数量最多的期刊为《Investigative Ophthalmology & Visual Science》,总被引频次最高的研究机构为哈佛大学,对作者进行引文量统计分析亦显示引文量排名前5位的作者均来自美国哈佛医学院眼科系、麻省眼耳医院Schepens眼科研究所。统计出高频主题词41个,聚类分析结果显示,高频主题词主要聚类于PVR的病因、危险因素、分子机制、治疗及管理4个类别;关键词网络图及Overlay图均表明病因学及危险因素是当前研究的热点,而上皮-间充质转化、转化生长因子-β和纤维化则是近几年新兴的研究领域。文献共被引聚类分析结果显示引文共聚类于12个共引组。结论PVR研究文献逐年增长,研究热点为PVR发生的分子机制、预防及神经保护等,可能为今后PVR研究的发展方向。
简介:摘要心力衰竭(以下简称“心衰”)患病人数逐年增加,患者因为严重的疾病症状会频繁住院。心衰照护者承担了照顾心衰患者的任务,他们为患者提供身体和情感方面的支持。在照顾心衰患者的过程中,他们会出现负担过重以及需求未满足的情况,对他们的身心健康会产生影响。本文主要采用CiteSpace软件对Web of Science核心合集数据库中2010年至2019年心衰照护者需求研究的文献年度分布情况、发文国家/地区、发文机构、发文作者、关键词共现动态前沿演化、期刊共被引情况进行可视化分析。通过对国外心力衰竭照护者需求研究的现状、热点和趋势的了解,为我国心衰照护者需求研究做出贡献。