简介：Althoughtheproteinsequence-structuregapcontinuestoenlargeduetothedevelopmentofhigh-throughputsequencingtools,theproteinstructureuniversetendstobecompletewithoutproteinswithnovelstructuralfoldsdepositedintheproteindatabank(PDB)recently.Inthiswork,weidentifyaproteinstructuraldictionary(Frag-K)composedofasetofbackbonefragmentsrangingfrom4to20residuesasthestructural"keywords"thatcaneffectivelydistinguishbetweenmajorproteinfolds.Wefirstlyapplyrandomizedspectralclusteringandrandomforestalgorithmstoconstructrepresentativeandsensitiveproteinfragmentlibrariesfromalargescaleofhigh-quality,non-homologousproteinstructuresavailableinPDB.Weanalyzetheimpactsofclusteringcut-offsontheperformanceofthefragmenthbraries.Then,theFrag-KfragmentsareemployedasstructuralfeaturestoclassifyproteinstructuresinmajorproteinfoldsdefinedbySCOP(StructuralClassificationofProteins).OurresultsshowthatastructuraldictionarywithN4004-to20-residueFrag-KfragmentsiscapableofclassifyingmajorSCOPfoldswithhighaccuracy.

简介：蛋白质合拢是在生物信息学，许多试探算法为被建议了的一个相关计算问题。这个工作为微分进化(DE)的申请介绍方法论给蛋白质合拢的问题，用双性人维的恐水病极的模型。DE是一个相对最近的进化算法，；在几个工程优化问题成功地被使用了，通常与连续变理。我们介绍在DE印射以便提供一在真实值的向量之间印射的遗传型显型的概念；实际合拢。方法论被详细说明；有基准的几个实验被做。我们把结果与另外的类似的实现作比较。建议DE出现了竞争，统计上一致；很有希望。

简介：

简介：蛋白质合拢问题是生物信息学的最突出的问题之一。在这篇论文，我们与单体的二种学习一个三维的关闭,关,断开,截止格子蛋白质AB模型，恐水病；吸水，；介绍一个启发式的伪物理的算法。由精心地在物理世界上模仿光滑的有弹性的球的运动，算法为给定的单体链发现低精力的配置。一个随后的“关闭,关,断开,截止陷井”策略被建议被触发一为一种粘住的状况的jump以便从本地最小出来。方法在关闭,关,断开,截止格子AB模型被测试了。计算结果显示出有希望的性能。为有13～55单体的所有序列，算法比以前建议的通常认为的接地状态与更低的精力发现状态。而且为有21的序列，34；55单体，新通常认为的接地状态被发现，它与在现在的文学给的那些不同。