简介:PrimerHunter是一款多重PCR引物设计软件,该软件能够高效地设计出具有特异性的多重引物,但是只能在Linux系统的命令行中运行,而且没有考虑引物二聚体的问题。针对这些问题,文章建立了基于PrimerHunter的多重PCR引物设计系统,实现了PrimerHunter的界面化,完成了C/S模式向B/S模式的转换,同时增加了原软件不具备的引物二聚体检测模块,能够有效检测引物对之间的二聚体情况,为相关生物学领域研究提供了一种高效的多重PCR引物设计工具。
简介:为建立暴马丁香ISSR-PCR最佳反应体系,本研究以暴马丁香基因组DNA为模板,首先通过单因子试验设计筛选出各影响因子比较适宜的浓度范围,再利用正交试验,对暴马丁香ISSR-PCR反应有影响的模板DNA、dNTPs、Mg2+、TaqDNA聚合酶和引物浓度等5种因素4个水平进行了优化试验。暴马丁香的ISSR-PCR最佳反应体系最终确定为:在25μL的反应体系中,DNA模板是40ng,Mg2+浓度为2.0mmol/L,引物浓度为0.4μmol/L,TaqDNA聚合酶用量为1.5U,dNTPs浓度为0.2mmol/L。利用该体系从60条ISSR引物中筛选出了扩增条带清晰、多态性好的10条引物。这一体系的建立及多态性引物的筛选为以后利用ISSR分子标记技术进行暴马丁香的有关研究提供了科学依据。
简介:本研究利用Me2Em4正反向引物组合对影响梾木属SRAP-PCR反应体系的Mg2+、Taq聚合酶、dNTP和引物浓度4个因素进行L9(34)正交试验,采用正交设计直观分析及方差分析对影响SRAP反应的4个因素进行分析,并对模板DNA浓度进行了单因素试验分析。结果表明,梾木属SRAP-PCR20μL反应体系的最佳组合为:Taq聚合酶2.0U、Mg2+浓度1.5mmol/L、dNTP浓度0.15mmol/L、Primer浓度0.30mmol/L、模板DNA浓度5.5mg/L以及含有2μL不含Mg2+的10倍稀释缓冲液。各因素对梾木SRAP-PCR反应的影响大小依次为:dNTP、Taq聚合酶、Mg2+和Primer。最后运用优化体系从100对SRAP引物组合中筛选出26个多态性SRAP标记,可用于梾木属不同种间亲缘关系、系统进化和遗传多样性等方面的研究。
简介:为有效利用SSR-PCR技术分析国家一级重点保护植物银缕梅的遗传多样性,采用正交试验设计L16(43),即3因素4水平,对影响SSR-PCR扩增结果的因素(引物,模板DNA浓度和循环数)进行优化筛选,并在此基础上对聚丙烯酰胺凝胶上样量进行优化,建立了适合银缕梅的最佳SSR-PCR反应体系:10μL2×PCRMix、40ng模板DNA、10μmol/L引物,其余用ddH_2O补齐至20μL。PCR扩增程序为:95℃预变性15min,95℃变性30s,57.5℃退火1.5min,72℃延伸1min,30个循环,循环结束后,60℃延伸30min,扩增产物4℃保存。聚丙烯酰胺凝胶电泳上样量以1.5~2.0μL为最佳。利用优化后体系进行引物筛选,从18对引物中筛选出11对具有多态性引物,说明该反应体系具有良好的稳定性。该体系的建立可以为今后利用SSR标记对银缕梅遗传多样性分析、系统发育研究、遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助育种等研究提供基础。
简介:摘要:高中生物学基因工程的教学中PCR引物是在必修二DNA复制学习时没有学习到的内容,学生感觉难以理解,比如引物是什么,为什么需要引物,合适的引物怎么设计,怎么和基因工程有机的结合起来。教师可以结合学生已经掌握的知识在课堂中创设问题,解决这些难点问题。
简介:摘要目的利用Y型引物和荧光定量RT-PCR技术建立一种用于登革病毒(dengus virus, DENV)快速分型的四重荧光定量RT-PCR检测方法。方法用DENV四种分型体外转录RNA对该方法的灵敏度、特异性进行评价及用临床样本进行验证。结果DENVⅠ型、Ⅱ型、Ⅲ型和Ⅳ型最低检出限分别为5.01反应/PCR、6.16拷贝/反应、6.35拷贝/反应、6.39拷贝/反应,与单重实时荧光定量RT-PCR比,最低检测限无明显变化;且与其他病毒无交叉反应,临床标本的阳性一致率和阴性一致率均为100%。结论本研究建立的Y型引物四重荧光定量RT-PCR方法可有效避免不同DENV分型间的交叉反应,同时具有良好的灵敏度和特异性,可用于相关临床标本的DENV快速分型检测。
简介:摘要目的基于多重聚合酶链式反应(PCR)与基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)联用的高通量检测技术,构建不同菌种的特征性单核苷酸多态性图谱以建立血流感染病原菌快速、准确、高灵敏的诊断方法。方法选取血流感染常见的大肠埃希菌等7种病原菌作为检测对象,优化多重PCR条件,采用MALDI-TOF MS检测各目标菌特征峰,建立多重PCR联合质谱检测体系;分别设计普通引物对及中部同序引物对,分析引物二聚体的形成情况;采用模拟的细菌感染血液样本,测定上述建立体系的特异度及灵敏度;收集2020年6—9月解放军总医院检验科疑似菌血症患者血液样本150份,并将上述体系的鉴定结果与临床应用的传统鉴定方法结果使用χ²检验进行比较。结果本研究设计的中部同序引物对的引物二聚体循环阈值(Ct)值在38以上,比普通引物对延迟出现6~10个循环;建立的联合质谱检测体系可同时检测分为两组的7种细菌,目标菌均可检测到特异的产物峰,除目标菌外的临床菌株只有引物峰,所有图谱无非特异的杂峰;大肠埃希菌的灵敏度可以达到50 CFU/ml,其余各菌的检测限为100 CFU/ml;对150例患者的血液样本进行检测,传统方法鉴定出阳性46例,阳性检出率为30.67%(46/150),包括2例混合感染,联合质谱方法鉴定出阳性48例,阳性检出率为32.0%(48/150),包括3例混合感染;阴性符合率为100%(101/101),核酸质谱敏感度为97.82%(45/46),特异度为97.11%(101/104),一致性检验Kappa=0.938(P=0.625),2种方法检测一致性良好。结论所建立的检测体系不仅能快速、准确地鉴定引起血流感染的7种常见病原菌,有效缩短传统培养鉴定所需时间,还可检测多重细菌混合感染,弥补混合感染漏检可能。该方法也可用于其他病原菌的鉴定。
简介:由于原核细胞mRNA3'端不存在ploy(A)结构,因而原核细胞DDRT-PCR引物设计不同于真核细胞。尽管不能根据oligo(dT)设计引物,但利用全基因中高度分散重复的短序列或回文序列却能有效克服mRNA分子结构的影响,最大限度地扩增全长cDNA;并且这2种引物设计方法还可以提高RNA指纹图谱的重复性,降低反应的假阳性,从而为原核细胞DDRT-PCR引物设计提供新的思路。
简介:为建立穿心莲甲基化敏感扩增多态性(methylationsensitivityamplificationpolymorphism,MSAP)反应体系,本研究以穿心莲叶片为材料,提取总基因组DNA,采用L25(55)正交试验对穿心莲MSAP的预扩增和选择性扩增的相关参数进行了优化,并对MSAP引物进行了筛选,以期建立穿心莲MSAP最佳反应体系。优化后的体系具有稳定的图谱,清晰丰富的条带。运用优化后的体系,在穿心莲MSAP的80对引物中筛选出8对有效引物。筛选出的引物组合特异性良好,能够用于后续穿心莲甲基化的相关研究。为其他药用植物MSAP分析提供参考。