简介:构建小鼠脂联素受体2(mAdipoR2)基因cDNA克隆,并进行序列及基因结构分析,为进一步研究小鼠AdipoR2的表达和生物学活性奠定基础.用RT-PCR方法扩增mAdipoR2基因cDNA,获得的片段连接至pGEM-T载体,转化JM109大肠杆菌,经酶切鉴定后,进行序列测定.利用因特网生物信息学资源分析mAdipoR2基因序列.结果成功地构建了mAdipoR2基因cDNA克隆,其序列与GenBank登录序列一致.通过与小鼠基因组序列比对,分析了mAdipoR2基因结构,其编码序列由7个外显子组成,编码1个含7个跨膜区的膜蛋白,但该受体不属于G蛋白偶联受体家族(GPCRs).mAdipoR2与人及大鼠蛋白的同源性分别为91%和95%.
简介:摘要目的比较结合压缩感知技术与敏感度编码技术的3D mDixon序列以及3D Vane序列在肝脏检查中的应用价值。材料与方法使用3.0 T MR对23名健康志愿者(男性13例,女性10例)分别采用自由呼吸3D Vane、屏气3D mDixon sensitivity encoding (SENSE)与3D mDixon Compressed SENSE (CS,压缩感知)序列进行上腹部MR扫描,按照上述技术分为A、B、C组。由2名观测者分别对肝脏图像质量进行5分制主观评分,并在肝门水平肝脏的肝右叶前、后段和肝左叶内、外段及其相应层面同一相位方向的右侧竖脊肌划定感兴趣区,测量三组图像肝脏及竖脊肌的信号值(signal,SI)、噪声(standard deviation,SD)值,分别计算图像信噪比(signal to noise ratio ,SNR)、对比噪声比(contrast to noise ratio,CNR)。分别使用Wilcoxon检验以及卡方检验对三组肝脏肝右叶前、后段和肝左叶内、外段SNR、CNR及三组图像质量评分结果进行组间统计学分析。结果2名观测者对A、B、C三组图像的客观测量数据与图像主观评分的一致性良好(Kappa和ICC值均大于0.75)。三组图像质量评分分别为4.3±0.56、4.7±0.56、4.7±0.56。B、C组图像质量评分均明显高于A组(P<0.05)。三组肝右叶前、后段和肝左叶内、外段的SNR、CNR分别为8.03±3.08、29.25±7.08、29.25±7.08、8.03±3.08;15.75±5.37、43.89±10.30、40.27±12.49、11.37±5.42;16.95±5.48、46.55±10.47、46.56±10.48、16.95±5.48。B、C组图像肝右叶前、后段的SNR、CNR均明显高于A组(P<0.05);C组图像肝左叶内、外段SNR、CNR也均明显高于A组(P<0.05);B、C组间图像肝右叶前、后段、肝左叶内外段的质量评分及SNR、CNR差异均无统计学意义(P>0.05)。3D Vane的扫描时间为111 s;相对于结合SENSE的3D mDixon序列,结合CS的3D mDixon序列扫描时间缩短约15.3% (15.1 s与13.1 s)。结论相对于自由呼吸3D Vane序列,屏气结合SENSE的3D mDixon序列与结合CS的3D mDixon序列能有效提高图像的信噪比、对比噪声比,提高图像质量,并且显著缩短扫描时间。而CS技术可以进一步缩短扫描时间(减少约15.3 %),对于难以坚持屏气15 s以上的患者的肝脏扫描时有较好的临床应用前景。
简介:目的获得版纳微型猪近交系(BMI)SRY基因编码区序列并进行分子系统进化研究。方法以看家基因GAPDH为内参,对BMI猪的SRY基因编码区序列进行PCR扩增、克隆和序列分析,并应用Lasergene、Bi-oEdit、ClustalX、MEGA等生物信息学软件同鲸鱼、海豚、鹿、绵羊、牛、海豹、马、海象、熊猫、人、驴、熊、猫、虎和美洲豹等15个物种相应SRY编码区核苷酸序列和氨基酸序列进行了比对分析,在此基础上采用NJ和ME法对其编码区氨基酸序列构建了分子系统进化树。结果BMI猪SRY基因编码区序列长711bp,编码236个氨基酸,GenBank登录号为GU991615。BMI猪与鲸鱼、海豚、鹿、绵羊、牛、海豹、马、海象、熊猫、人、驴、熊、猫、虎和美洲豹的SRY基因编码区核苷酸序列相似性分别为83.7%、82.8%、78.4%、78.0%、76.9%、73.3%、73.1%、73.0%、72.9%、72.7%、72.7%、72.2%、71.6%、71.3%、70.8%,相应的氨基酸序列相似性分别为72.8%、54.5%、67.3%、64.5%、61.5%、61.9%、59.5%、61.4%、62.0%、59.1%、59.0%、62.0%、59.6%、59.6%、59.2%。结论BMI猪同鲸鱼等15个物种的SRY基因编码区核苷酸和相应氨基酸序列具有较高的保守性。NJ和ME方法聚类构建的分子系统进化树表明,BMI猪与牛、绵羊、鹿聚为一个分支,符合分类学地位,它们分别为偶蹄目下的猪科、牛科和鹿科动物。
简介:摘要目的鉴定分析人类白细胞抗原(human leukocyte antigens,HLA)新等位基因A*24:191序列,并对其MHC蛋白分子三维结构及其氨基酸残基改变在空间结构中的可能影响进行模拟预测分析。方法应用Luminex及PCR-SBT进行序列鉴定。应用Phyre2及RCSB PDB分析软件,对其MHC蛋白分子三维结构进行模拟预测分析。Histocheck对比分析与A*24常见等位基因间差异。结果相较A*24:02序列,新等位基因A*24:191在256、265、270位发生G>C、G>C、A>T改变。MHC分子三维结构预测分析显示,相较HLA-A*24:02,A*24:191第62位氨基酸残基由A*24:02的酸性谷氨酸(Glu)改变为中性谷氨酰胺(Gln),(Risler’s score, R=2),其残基侧链伸展方向都为自α螺旋向外指向groove凹槽;65位由向α螺旋内伸展小分子中性甘氨酸(Gly)改变为向螺旋上外伸展的长链碱性精氨酸(Arg)(R=52); 66位由长链碱性赖氨酸(Lys)改变为中性天冬酰胺(Asn)(R=31),伸展方向都为自α螺旋指向groove凹槽。以上残基均位于构成抗原肽结合凹槽侧壁α螺旋上。其总相异性值DSS Score=3.85。从蛋白分子表面结构模拟图像上,可以清楚看到氨基酸残基改变致α螺旋表面结构形状发生明显改变。结论分析预测以上氨基酸残基性质、大小及构型的改变,将可能改变其多肽结合功能,并影响其与TCR及抗体的结合特性。
简介:摘要非编码RNA(ncRNA)过去被认为是一类不具备蛋白编码功能的基因转录产物,但越来越多的研究表明部分ncRNA能够编码产生功能性多肽,且通过测序、质谱等技术可以证实此类ncRNA和多肽往往具有较高的保守性和同源性。本文以“非编码RNA”和“多肽”为关键词在多个数据库进行了相关研究的检索,对编码多肽的ncRNA特征、编码多肽的检测方法、生物学功能及其临床应用价值进行了综述。结果表明这些功能性多肽参与了包括调节肿瘤发生发展、调节肌肉活动以及调节免疫应答等过程,将来可将ncRNA来源的多肽作为一类新型的标志物在疾病早期诊断、疗效判断及预后观察等方面发挥重要作用,同时将ncRNA编码的多肽作为靶点亦可为肿瘤的个体化精准治疗提供新的思路。