简介:摘要冠心病是一种由遗传和环境因素共同作用所致的复杂性疾病,是全球范围内致死、致残的首要原因。前期以单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphisms,SNPs)为基础的全基因组相关分析(Genome-wideassociationstudy,GWAS)在冠心病遗传易感性领域取得巨大的突破,但仍不能对冠心病遗传性做出完整的解释,基因拷贝数变异(copynumbervariations,CNVs)逐渐引起学者重视。本文将对近期冠心病CNVs研究所取得的重要进展进行综述,简要分析仍存在的不足及发展趋势,为进一步研究冠心病遗传机制提供线索。
简介:摘要宫颈癌是女性生殖系统最常见恶性肿瘤,是由宿主遗传因素与环境因素相互作用的结果,严重威胁女性生命健康。高危人乳头瘤病毒(HPV)持续感染是宫颈癌的主要致病因素,然而单纯高危HPV感染不足以致癌,宿主遗传特性改变,才能导致宫颈癌的发生。拷贝数变异(CNV)是基因组结构变异,导致基因拷贝数异常的形式之一,包括基因扩增和缺失等。基因CNV可广泛影响致癌基因及抑癌基因表达,从而导致下游信号通路激活与失活,在宫颈癌发生、发展、防治及预后评价中具有至关重要的作用。笔者拟就与宫颈癌密切相关的常见基因CNV的研究现状进行阐述。
简介:摘要胎儿拷贝数变异(CNV)是指长度>1 kb的DNA片段的拷贝数增加或者减少,也包括亚显微水平的染色体片段缺失和重复。CNV所导致的胎儿疾病,被统称为微缺失/微重复综合征(MMS)。通过染色体微阵列分析(CMA)或者CNV测序等技术,可以准确、快速检测出CNV、染色体数目异常,以及嵌合比例≥30%嵌合体,可使MMS检出率相较于染色体核型分析提高1.0%~1.7%。由于在胎儿期多数疾病尚无明显和特征性的影像学异常表现,对胎儿致病性CNV(pCNV)进行判断及其遗传咨询,成为目前产前诊断领域的难点。对于胎儿pCNV判断原则包括:①不能仅凭借CNV片段长度判断pCNV,还需要结合其所处位置、所包含基因突变数量、所包含基因是否具有剂量效应进行评估,一般应进一步检测亲代染色体核型、亲代CNV和结合亲代临床表型等综合评估;②片段长度<1 Mb且亲代中携带相同CNV的胎儿CNV致病作用有限,而对于≥1 Mb的新发突变CNV,则意味着其致病风险更高;③同等大小CNV比较时,缺失型CNV的临床影响比重复型更大。可借助ClinGen网站CNV评分系统,快速判断胎儿pCNV,若CNV评分≥0.99,则判定为pCNV;评分为0.9~0.98,则为疑似pCNV(LpCNV);评分为-0.89~0.89,则为临床意义未明(VUS) CNV;评分为-0.98~-0.9,则为疑似良性(LB) CNV;评分≤-0.99,则为良性CNV。正常人群中广泛存在着良性CNV,部分pCNV的临床表现可能并不严重,仅当确诊胎儿具有可导致死亡或严重出生缺陷的pCNV时,临床应建议孕妇及时终止妊娠,防止重大出生缺陷患儿出生。
简介:摘要目的通过对产前诊断致病性拷贝数变异(copy number variation,CNV)的病例进行遗传背景及妊娠结局分析,探讨致病性CNV的产前处理方案。方法回顾分析2015年1月至2020年12月在广州市妇女儿童医疗中心接受介入性产前诊断并采用染色体微阵列分析(chromosome microarray analysis,CMA)技术进行检测的病例,收集CMA结果提示为致病性CNV并经夫妇验证的病例,对其产前诊断指征、致病性片段的染色体分布、片段大小等进行分析,并对所有产妇进行电话随访及病历追踪。采用t检验对数据进行统计分析。结果研究期间,共有56例产前诊断为致病性CNV且夫妇双方均进行验证的病例,其中13例(23.2%)致病性CNV遗传自夫妇之一,遗传自母亲8例、父亲5例;余43例均为新发突变。13例遗传性的致病性片段分别定位于22号(3/13)、17号(3/11)、16号(2/7)、1号(2/4)及X染色体(3/6),且所有片段大小均<3 Mb。遗传自父母的CNV片段小于新发突变病例[1.69 Mb(1.36~2.22 Mb)与7.54 Mb(2.11~12.30 Mb),t=3.47,P=0.001]。43例新发突变病例中,7例(16.3%)失访,1例孕37周提示16p11.2微重复,大小0.58 Mb,孕39周阴道分娩,新生儿出生体重2 900 g,至今已8月龄,电话随访未诉异常,余35例(97.2%)均放弃妊娠。13例遗传自父母的病例中,2例失访,6例放弃妊娠,5例继续妊娠分娩后,随访中位年龄为13个月(4~15个月),均未见异常。结论在产前诊断中,致病性CNV不能作为放弃妊娠的唯一依据。
简介:摘要先天性心脏病(简称先心病)的病因及发病机制尚未完全明确。随着微阵列比较基因组杂交技术及二代测序技术的开展,在先心病患儿中检出越来越多的拷贝数变异,并在细胞及动物水平得到致病性验证。本文综述先心病拷贝数变异的研究现状、常见拷贝数变异的心脏表型和遗传学特征以及拷贝数变异在先心病发病中的可能机制。
简介:摘要目的分析神经发育障碍患儿致病性拷贝数变异(pCNVs)的微缺失和微重复特征与患儿临床表型特点,明确神经发育障碍患儿遗传学病因。方法收集2017年1月至2019年11月安徽医科大学第一附属医院以全面性发育落后、智力障碍等神经发育障碍疾病就诊的患儿,应用全基因组拷贝数变异(CNVs)检测明确存在的pCNVs,总结分析患儿临床表型与pCNVs特点。结果31例患儿存在36处pCNVs,其中微缺失片段24个(占66.67%),微重复片段12个(占33.33%),片段大小320.00 kb~93.26 Mb,平均11.33Mb。pCNVs易发生在15号染色体,为9例患儿9处(占25.00%),其次是8号染色体,3例患儿5处(占13.89%),X染色体,3例患儿4处(占11.11%)。临床表现有运动发育落后的患儿30例(占96.77%),智力障碍22例(占70.97%),语言发育落后22例(占70.97%),伴畸形患儿11例(占35.48%),特殊面容11例(占35.48%)及癫痫8例(25.81%),且多种落后与多系统的异常同时存在。结论对不明原因的神经发育障碍患儿,可应用全基因组CNV方法进行检测,明确其遗传学病因;对pCNVs及所包含的功能基因的分析,可揭示神经发育障碍的遗传学发病机制。
简介:摘要目的分析22q11.2不同区域拷贝数变异病例的产前超声表型、拷贝数变异的亲代来源及妊娠结局,并分析基因型-表型的对应关系。方法收集染色体微阵列分析提示为单纯22q11.2区域拷贝数变异的25例产前病例(13例为22q11.2拷贝数缺失,12例为22q11.2拷贝数重复),分析其产前表型,运用多重连接探针扩增技术对拷贝数变异进行溯源分析,并随访其妊娠结局以及出生后的生长发育情况。结果在25例22q11.2拷贝数变异的病例中,涉及TBX1基因区域拷贝数变异者的超声表型多为心血管系统异常,涉及CRKL基因区域拷贝数变异的表型多为多囊性肾发育不良,远端区域拷贝数变异(涉及SMARCB1基因)的超声表型均为神经系统异常。在25例中,12例(48%)为新发突变,5例失访,12例终止妊娠,8例已出生,其中7例生长发育正常,1例A-D区域拷贝数缺失产前超声提示心血管系统异常,新生儿心脏超声与产前一致,并出现吞咽困难、吸奶无力、生长发育迟缓等情况。结论22q11.2区域拷贝数变异的产前表型多样,与区域内基因的功能相关。颈后透明层增厚可作为22q11.2近端拷贝数变异的早期超声表型,仍需更多的研究来了解各区域拷贝数变异的性质及基因功能,从而为遗传咨询提供帮助。
简介:摘要目的探讨无创产前检测(NIPT)筛查胎儿染色体拷贝数变异(CNV)(主要为染色体微缺失/微重复)的临床价值。方法选择2019年1月至2021年10月,于山西医科大学第一医院接受NIPT,结果提示胎儿染色体缺失或重复,并接受介入性产前诊断的67例孕妇为研究对象。回顾性分析其临床病例资料。对孕妇羊水细胞进行胎儿染色体核型分析及染色体微阵列分析(CMA),并分析NIPT发现的胎儿染色体CNV与上述介入性产前诊断结果的一致性。本研究遵循的程序符合2013年修订的《世界医学协会赫尔辛基宣言》要求。所有孕妇对其上述检测均知情同意,并签署临床研究知情同意书。结果①于上述选择的时间段内,接受NIPT筛查的29 479例孕妇中,胎儿染色体缺失或重复为87例,筛查结果胎儿染色体CNV发生率为0.30%(87/29 479)。②介入性产前诊断的67例孕妇中,确诊胎儿染色体CNV为35例,NIPT筛查胎儿染色体CNV的阳性预测值为52.2%(35/67);29例胎儿的CMA与NIPT筛查结果显示的胎儿染色体CNV基本一致,二者检测胎儿染色体CNV符合率为43.2%(29/67)。结论NIPT筛查胎儿染色体CNV具有可行性。对于NIPT筛查结果为胎儿染色体CNV者,应采取产前诊断方法进一步确诊。
简介:摘要目的探讨无创产前检测(non-invasive prenatal testing,NIPT)对于胎儿染色体拷贝数变异(copy number variations, CNVs)的检测价值。方法收集18 661例接受NIPT检测的孕妇的临床资料,为提示胎儿携带CNVs的孕妇提供羊水染色体核型或/及染色体微阵列分析,并分析结果的一致性。结果在全部样本中,NIPT共提示21三体58例、18三体18例、13三体19例、18/21三体1例。88例孕妇接受了介入性产前诊断,59例的染色体微阵列分析结果与NIPT一致,符合率为67.05%。NIPT还检出CNVs 37例,其中19例(微缺失15例、微重复4例)接受了介入性产前诊断,14例的验证结果与NIPT一致,符合率为73.68%。结论NIPT检测具有较高的灵敏度和准确性,对检测提示的CNVs应考虑进行介入性产前诊断,追溯其亲代起源,为临床提供指导。
简介:摘要目的评估拷贝数变异(copy number variations,CNVs)分析在智力障碍/发育迟缓(intellectual disability/developmental delay, ID/DD)患者遗传学病因诊断中的价值。方法对2015年1月至2019年12月本院确诊为ID/DD的530例患儿进行核型分析,对不能明确病因的120例核型正常或核型异常患儿应用单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array, SNP-array)技术进行CNVs检测。结果530例ID/DD患儿中检出染色体异常104例,染色体异常检出率19.62%;120例患儿中检出CNVs 44例,检出率36.67%,其中致病性CNVs 20例,检出率16.67%,可能致病性CNVs 6例,临床意义不明CNVs 10例,可能良性CNVs 7例,杂合性丢失(loss of heterozygosity, LOH)1例。结论SNP-array可提高不明原因ID/DD患者的病因诊断率,为其预后咨询、早期干预及再发风险提供依据。
简介:摘要目的探讨1例先天型佩梅病的基因型与表型特征。方法回顾性分析1例先天型佩梅病患儿的临床、影像学及遗传学特点。结果患儿生后四肢肌张力显著减低,眼球水平震颤渐明显,运动发育落后,6月龄头颅MRI提示脑白质未见髓鞘化。临床全外显子检测未发现致病性变异,捕获测序拷贝数变chrX:102 192 246-103 045 526区域检测到大小约853 kb的片段重复,在DECIPHER数据库中被报道与佩梅病相关,经QPCR验证该变异来源于母亲,为致病性变异,确诊先天型佩梅病。结论生后四肢肌张力低、眼球震颤、运动发育落后、头颅MRI提示脑白质未见髓鞘化应考虑到先天型佩梅病可能,进行基因检测时注意单基因点变异及拷贝数变异,以明确诊断有利于遗传咨询。
简介:摘要目的探讨DNA拷贝数变异(CNV)与激素性股骨头坏死(GA-ONFH)遗传易感性的关系,并初步筛选GA-ONFH相关CNV。方法在由123例于2015年7月至2018年8月复旦大学附属中山医院风湿免疫科及肾内科住院患者首次接受糖皮质激素治疗患者构成的前瞻性观察队列中,采用巢式病例-对照研究方法,选择4例激素治疗后发生GA-ONFH的患者为坏死组,与坏死组临床资料相匹配的9例长期激素治疗后未发生骨坏死患者为对照组,在全基因组范围检测CNV。采用独立样本t检验比较两组临床资料和CNV数量。采用Fisher精确检验筛选组间差异CNV,结合CNV临床意义和所含基因进一步选定候选CNV。结果13例患者共检出不重复CNV片段240个,坏死组患者携带CNV总数[(72.2±11.0)个比(47.3±8.0)个,t=-4.222,P<0.01]、微重复[(24.0±7.7)个比(12.1±5.0)个,t=0.076,P<0.05]及杂合性缺失数均多于对照组[LOH,(38.2±6.4)个比(23.4±6.2)个,t=-3.608,P<0.01],差异均有统计学意义。18个CNV组间分布存在明显差异,分析得到5个高度怀疑的候选CNV(1q21.3-q22、5p12-p11、11q11-q12.1LOH,5q35.3、22q11.22微重复)和2个可能与GA-ONFH相关的候选CNV(3p21.1LOH、5p15.33微重复)。另外,本研究还筛选出3个(14q32.33微/高拷贝重复1p33-p32.3、Xq13.2-q13.3LOH)可能与系统性红斑狼疮发生相关的候选CNV。结论本研究揭示了GA-ONFH遗传易感性与CNV存在关联,并得到7个GA-ONFH潜在相关CNV。
简介:摘要目的探讨高通量基因拷贝数变异(CNV)检测在前庭水管扩大(EVA)诊断中的应用价值。方法设计一种基于双重连接和多重荧光PCR的高通量连接探针扩增(HLPA)分析方法,对2014年5月至2016年12月就诊于中南大学湘雅医院的46例非综合征型EVA患者行3个EVA相关基因(SLC26A4、FOXI1和KCNJ10基因)的拷贝数变异检测,用GeneMapper v4.1进行数据分析。对照组为100名听力正常,无其他遗传疾病的健康志愿者。结果共检测46例EVA患者,男32例,女14例,年龄1~26岁。在4例EVA患者中检测到SLC26A4基因1~3号外显子缺失(4/46,8.7%),该CNV在健康人群DGV(人类基因组结构变异数据库)以及文献中未见报道,且在100名正常对照中未检出。未检测到FOXI1和KCNJ10基因的拷贝数变异。结论本研究应用HLPA技术以EVA的已知基因为靶向区域进行CNV检测,是对耳聋基因点突变检测的补充,有助于实现EVA的精准基因诊断。