简介：摘要目的分析2021年1月北京市某区一起新冠肺炎聚集性疫情中新型冠状病毒（SARS-CoV-2）基因组特征及变异情况，为疫情防控和风险评估提供参考。方法收集此次疫情相关呼吸道样本和外环境样本26份，使用高通量测序对病毒全基因组进行测定分析，对基因组数据拼接整理后进行一致性分析、变异位点分析及系统发生分析。结果共测定获得SARS-CoV-2病毒全基因组序列26条。26条病毒基因组之间高度一致，与参考株基因组（NC_045512）相比，核苷酸序列一致性中位数为99.896%，氨基酸序列一致性中位数为99.733%。26例病毒属于GR分支，共存在33个核苷酸突变位点，分布在ORF1ab、S、ORF8和N基因上，对应27个氨基酸突变位点，包括S蛋白69-70位缺失、N501Y、D614G等。病毒具有近期英国变异株（VOC 202012/01）的关键特征，属于英国变异株的类似株。结论此次聚集性疫情为同一传播链，疫情病毒为境外输入的英国变异株的类似株。

简介：摘要目的评估三种商用试剂盒对新型冠状病毒英国B.1.1.7变异株的检测效果。方法收集2021年1月北京市某区新冠肺炎聚集性疫情期间的10份鉴定为B.1.1.7变异株的咽拭子、鼻咽拭子样本，同时收集2020年6—12月北京市监测发现的10份鉴定为非变异株的咽拭子、鼻咽拭子样本做为对照。用三种可检测该变异株的商业化试剂盒分别进行检测，分析比较检测结果。结果三种试剂盒中，以B试剂盒的检测效果最差，C试剂盒的综合效果最好，其检测灵敏度可达1 000 copy/mL。结论部分检测试剂盒在灵敏度、稳定性等方面还有待进一步提高。为保证检测结果的质量，需要及时评估检测试剂对变异株的有效性，以使新冠病毒的检测更迅速，检测结果更可靠。

简介：摘要目的分析2013—2020年人感染H7N9禽流感密码子使用偏好及其影响因素。方法通过NCBI数据库获得病毒全基因组序列，使用CodonW、EMBOSS、R、Origin 9.0、SPSS 20.0等软件分析病毒的碱基构成、密码子偏好性参数等。结果H7N9病毒全基因组AU含量高于GC，且AU多出现在密码子末位。2013—2020年AU含量逐渐升高，而GC含量逐渐降低。病毒有效密码子数在48.71~56.17之间，提示病毒密码子使用偏性总体较弱。有效密码子数绘图和密码子适应指数分析显示病毒密码子使用偏好受自然选择和突变压力双重影响，自然选择因素更为明显。结论人感染H7N9禽流感病毒密码子使用偏好仍处在不断适应人类宿主的演化过程中，第五波疫情及后续毒株与既往毒株相比存在更加适应宿主的变化。