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  • 简介:摘要目的筛选增生型糖尿病视网膜病变(DR)患者差异表达基因(DEG ),为增生型DR(PDR)治疗提供新的生物学治疗靶点。方法基础研究。2020年10月于天津医科大学眼科医院检查确诊的PDR患者3例(PDR组)及非糖尿病患者3例(对照组)纳入研究。另外分别选取同期PDR、非糖尿病患者各40例并据此分为PDR验证组、对照验证组。PDR验证组、对照验证组行外周血验证试验;PDR组、对照组进行RNA测序。采用转录组学(RNAseq)测序技术筛选PDR组、对照组DEG。对筛选得到的DEG进行基因注释(GO)功能富集分析、京都基因基因组百科全书(KEGG)的信号通路富集分析和蛋白-蛋白互作网络(PPI)分析。应用基因表达总集数据库查找与PDR相关高通量数据行多队列比对分析,通过Targetscan平台对差异表达的miRNA进行靶基因预测,明确筛选所得DEG与PDR的相关性。采用逆转录聚合酶链反应、蛋白免疫印迹法对与PDR相关的DEG mRNA、蛋白表达进行验证。PDR验证组、对照验证组之间PDR相关的DEG mRNA、蛋白相对表达量比较行配对t检验。结果RNAseq测序共筛选出1 337个DEG,上调基因419个,下调基因918个。具有低等电点的直接凋亡抑制蛋白结合蛋白(DIABLO)、锌指和含BTB域10 (ZBTB10 )、polo样激酶3 (PLK3 )、调节亚单位1 (PIK3R1)、B细胞易位基因3 (BTG3)等基因在PDR组患者中差异表达。GO功能富集分析结果显示,DIABLO、ZBTB10、PLK3、PIK3R1、BTG3等基因参与了与PDR相关的病理过程。KEGG富集分析结果显示,细胞外基质受体作用、细胞因子调控通路、p53信号通路、半乳糖代谢等糖代谢途径可能参与了DEG涉及过程。PPI分析结果提示,DEG关联蛋白节点越大,关联的节点数量越多,其中DIABLO、ZBTB10、PLK3、PIK3R1、BTG3等基因对该作用网络形成作用显著。Targetscan平台预测发现,DR患者房水、玻璃体、血浆中显著差异miRNA与本研究所发现的DEG具有调控关系。与对照验证组比较,PDR验证组患者外周血中DIABLO、ZBTB10、PLK3、PIK3R1 mRNA、蛋白相对表达量上调,BTG3 mRNA、蛋白相对表达量下调。结论PDR患者的DEG为DIABLO、ZBTB10、PLK3、PIK3R1、BTG3,其通过调控细胞增生、纤维化及氧化应激等生物学过程参与疾病进程。

  • 标签: 糖尿病视网膜病变 转录组 差异基因
  • 简介:摘要目的分析cblC型甲基丙二酸血症(MMA)并脑积水患儿的临床表现、基因突变类型、治疗效果和预后特点,以提高对该病的认识,为其治疗提供依据。方法选取2015年4月至2019年1月北京大学第一医院小儿外科收治的MMA并脑积水患儿15例,均行基因检测诊断为cblC型MMA。患儿均行侧脑室腹腔分流手术。术后继续药物治疗MMA,以临床表现及头颅影像学检查结果作为调整分流阀依据,适当调整分流阀压力。回顾性分析15例患儿临床资料和基因突变特点,对临床症状、治疗效果、手术并发症及预后进行研究。结果男8例(53.3%),女7例(46.7%);年龄2~33个月;术后随访11~55个月,所有患儿术后随访无死亡,无脑积水术后严重并发症。术前3例(20.0%)头围为正常范围,1例(6.7%)大于正常范围,11例(73.3%)小于正常范围;4例(26.7%)术后转入儿科重症监护室;c.609G>A突变最常见,7例(46.7%)为c.609G>A纯合突变,5例(33.3%)为c.609G>A杂合突变;术后所有患儿颅内高压症状均明显缓解或消失,头围进行性增大停止,前囟张力明显降低,双眼"落日征"消失;视力减退及听力减退较术前均有好转。4例(26.7%)术后智力、运动恢复正常,11例(73.3%)术后遗留轻-重度智力、运动发育障碍;患儿随访期间头颅CT均显示脑室扩张较术前明显缩小,间质性水肿明显改善。结论脑室腹腔分流术治疗cblC型MMA并脑积水效果值得肯定,大部分cblC型MMA并脑积水患儿头围小于正常范围,c.609G>A是cblC型MMA并脑积水患儿的最常见突变,围手术期"代谢危象"可引起严重并发症。

  • 标签: cblC型甲基丙二酸血症 脑积水 基因突变 脑室腹腔分流术 代谢危象
  • 简介:摘要目的分析北京批发市场肉类食品中沙门菌的表型和基因组特征。方法对分离自北京市批发市场的336株肉类食品来源沙门菌,采用微量肉汤稀释法对25种抗菌药物进行耐药性测试,开展全基因组测序并使用SeqSero2、SISTR软件分析血清型和ST型,使用Abricate软件的CARD、VFDB模块预测菌株的耐药基因和毒力因子,使用沙门菌分子血清分型试剂盒和血清凝集法验证部分疑难菌株血清型。结果336株沙门菌菌株对萘啶酸、氨苄西林的耐药率分别为62.5%(210/336)和55.1%(185/336),对替加环素、头孢西丁和碳青霉烯类抗菌药物均敏感;207株(61.6%,207/336)为多重耐药株,最高可同时耐受10类药物,最常见耐药谱为NAL-AMP-SAM。共检出24种血清型,主要型别为肠炎(34.5%,116/336)、德尔卑(17.3%,58/336)和印第安纳(10.4%,35/336);共检出27种ST型,主要型别为ST11,ST型与血清型较为相符。氨基糖苷类、氟喹诺酮类、β-内酰胺类、磺胺类、四环素类耐药基因的携带率均超过48%,耐药基因预测与耐药表型结果一致性较高;共预测出122种毒力基因,其中74种携带率达100%。结论北京市批发市场肉类食品中沙门菌中多重耐药比例较高、耐药谱复杂,血清型和ST型种类多样,耐药基因和毒力基因携带率较高,耐药表型和基因型较为一致。

  • 标签: 沙门菌属 血清分型 毒力因子类 全基因组测序 耐药基因
  • 简介:摘要目的采用MR低频振幅(ALFF)分析方法探讨SCN1A基因rs3812718位点多态性对颞叶癫痫患者脑组织自发神经活动的影响。方法回顾性分析2018年3月至2019年8月在解放军联勤保障部队第九〇〇医院癫痫中心就诊的颞叶癫痫患者37例(颞叶癫痫组),另选择与颞叶癫痫组性别、年龄、受教育年限相匹配的28名健康志愿者作为对照组。再依据基因型分为4个亚组,分别为携带风险A等位基因颞叶癫痫亚组(34例,AA/AG-TLE亚组)、携带非风险G等位基因颞叶癫痫亚组(3例,GG-TLE亚组)、携带风险A等位基因对照亚组(20例AA/AG-HC亚组)及携带非风险G等位基因对照亚组(8例,GG-HC亚组)。对被试者进行头颅MR扫描,采用基于MATLAB 2010平台的DPABI软件计算脑区的ALFF值。2组间ALFF值比较采用独立样本t检验;对颞叶癫痫组及对照组的rs3812718位点不同基因型的ALFF值进行多因素方差分析,找出存在交互相应的脑区,然后进行事后简单效应分析。结果颞叶癫痫组左侧边缘叶、左侧海马旁回、左侧梭状回、左侧海马、右侧岛叶及右侧颞叶下回的ALFF值较对照组增高(Alphasim校正P<0.001),左侧额上回、左侧额中回、左侧额下回、右侧额中回、右侧楔前叶、左侧楔前叶、双侧扣带回、右侧角回的ALFF值较对照组减低(Alphasim校正P<0.05)。携带非风险G等位基因受检者的右侧颞叶下回、右侧梭状回、右侧小脑的ALFF值较携带风险A等位基因的受检者增高(t=3.30,Alphasim校正P=0.002)。颞叶癫痫患者的双侧小脑后叶、左侧小脑前叶、左侧颞下回、左侧梭状回、右侧顶上小叶和右侧楔前叶与SCN1Ars3812718基因型存在显著的交互效应;事后简单效应分析表明,与对照组比较,GG-TLE亚组患者左侧小脑后叶、左侧小脑前叶、左侧颞下回及左侧梭状回ALFF值增高(t=5.97,P<0.001),AA/AG-TLE亚组患者右侧顶上小叶、右侧楔前叶及右侧小脑后叶ALFF值减低;相较于GG-TLE亚组,AA/AG-TLE亚组患者左侧小脑后叶、左侧梭状回及左侧颞叶下回ALFF减低。结论SCN1A基因rs3812718位点多态性影响静息状态下自发神经活动,可能是颞叶癫痫的病理生理机制之一。

  • 标签: 癫痫,颞叶 磁共振检查 基因多态性 低频振幅