【背景】西花蓟马是近年来在我国局部地区暴发成灾的重要入侵害虫。【方法】本文通过改进的STE法提取西花蓟马的基因组DNA，对西花蓟马ISSR—PCR反应体系中的DNA、引物、Taq聚合酶、buffer缓冲液、dNTPs、Mg^2＋和去离子甲酰胺等7个影响因素进行了单因素试验，初步筛选出各因素的较优浓度；然后对影响较大的4个因素进行了正交设计试验L15（4^4），建立了适合西花蓟马ISSR分子标记的最佳反应体系。【结果】在20μL的反应体系中包含模板DNA30ng、10×Buffer2．0μL、引物1．05μmol·L^-1、Taq聚合酶2．0U、dNTPs212．5μmol·L^-1及MsS042．25mmol·L^-1。【结论与意义】利用采自云南昆明、玉溪、楚雄、红河、保山、昭通、丽江、大理和普洱9个地方的西花蓟马样本对所建立的反应体系进行检验，结果表明优化后的体系适用于西花蓟马的遗传多样性分析，本研究可为进一步研究西花蓟马的种群结构奠定基础。
