Comparative analysis on transcriptome sequencings of six Sargassum species in China

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摘要 马尾藻类海草的种类全球被散布,并且具有在海洋的生态系统和bioresources的大生态、经济的重要性。在这研究,六马尾藻类海草种的transcriptomesequencings用一个Illumina平台第一次被执行。为每件样品,核苷酸的2.12.5Gb的一个总数进69871116790脚手架镇定、装配,与410550bp的平均长度和7561462bp的N50长度。每件样品的2051228684unigenes的一个总数从nr数据库与已知的基因序列被注解并且比较很好。Orthologous组(轮牙)的簇,基因本体论(去)并且分析也是的基因和染色体(KEGG)的京都百科全书为基因功能和规定小径的进一步的理解表现了。基因表示层次基于RPKM价值是计算的并且在这些之中比较了种类,特别为与糖类新陈代谢有关的那些基因。聚类显示的分析在S之间的全球基因表示的差别。fusiforme,它以前作为Hizikiafusiformis被提名,和另外的五种不是重要的。108orthologous基因的进一步种系发生的分析证实了那S。fusiforme与S有更靠近的关系。hemiphyllum而非S。horneri。这些transcriptome数据在未来研究为染色体的更好的理解和马尾藻类海草水藻和受益比较级和Phaeophyceae种类的种系发生的研究的基因特征提供了珍贵信息。
机构地区 不详
出处 《海洋学报:英文版》 2014年2期
出版日期 2014年02月12日(中国期刊网平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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