简介：Expressedsequencetags(ESTs)arewidelyusedingenesurveyresearchtheseyears.TheESTPipelineSystem,softwaredevelopedbyHangzhouGenomicsInstitute(HGI),canautomaticallyanalyzedifferentscalarESTsequencesbysuitablemethods.Alltheanalysisreports,includingthoseofvectormasking,sequenceassembly,geneannotation,GeneOntologyclassification,andsomeotheranalyses,canbebrowsedandsearchedaswellasdownloadedintheExcelformatfromthewebinterface,savingresearcheffortsfromroutinedataprocessingforbiologicalrulesembeddedinthedata.

简介：Computationalanalysisisessentialfortransformingthemassesofmicroarraydataintoamechanisticunderstandingofcancer.Herewepresentamethodforfindinggenefunctionalmodulesofcancerfrommicroarraydataandhaveappliedittocoloncancer.First,acoloncancergenenetworkandanormalcolontissuegenenetworkwereconstructedusingcorrelationsbetweenthegenes.Thenthemodulesthattendedtohaveahomogeneousfunctionalcompositionwereidentifiedbysplit-tingupthenetwork.Analysisofbothnetworksrevealedthattheyarescale-free.Comparisonofthegenefunctionalmodulesforcoloncancerandnormaltissuesshowedthatthemodules’functionschangedwiththeirstructures.

简介：在不同试验性的条件下面显示出类似的侧面的基因的察觉经常是在推断如此的基因的生物意义的起始的步。可视化工具被用来在microarray研究与类似的侧面识别基因。给在microarray实验记录的基因的大数字，基因表示数据通常在一个低维的阴谋上被显示，基于线性方法。然而，microarray数据表演非线性由于在基因之间的相互作用的高顺序的条款，那么其他的途径例如内核方法，可能是更适当的。我们介绍联合核主管部件分析(KPCA)和Biplot设想基因表示侧面的一种技术。我们的途径依靠输入矩阵的单个值分解并且合并包含KPCA的另外的步。我们的方法的主要性质在输出显示器是非线性的特征和输入变量(基因)的保藏的抽取。我们把这个算法用于冒号肿瘤，白血病和淋巴瘤数据集。我们的途径表明基因表示的内在的结构介绍并且提供更多基因和样品协会的直觉的理解。

简介：Mycobacterium肺结核(鱼雷快艇)，肺结核的原因的代理人，是这个世纪的大多数畏惧的疾病之一。它被研究人员长用各种各样的湿实验室、干燥实验室的技术在全世界学习了。在这研究，我们在能在silico被申请的genomic水平在采矿上集中有用模式从鱼雷快艇建筑群的基因的功能的描述。根据在这研究发现的模式开发的模型能正确地从鱼雷快艇紧张H37Rv的染色体识别99.77%输入基因。模型对四另外的鱼雷快艇紧张和相当或相同事物M被测试。bovis将进一步评估它的归纳能力。吝啬的预言精确性是85.76%。GC内容在整个染色体仍然保持相当不变，这也被观察，含有任何致病力岛的缺席从另外的有机体转了。这研究表明dinucleotide作文是为鱼雷快艇建筑群的一个有效的功能的班辨别者。为了便于这个模型，的应用程序，网服务器澡盆基因被开发了，它能自由地在http://www.bifmanit.org/tb2/被存取。