简介：唯一的肽(杯)的一个概念被建议并且实现了从双人脚踏车团spectrometry(MS/MS)识别整个房间的蛋白质离子系列。唯一的肽被定义为肽，不管它的长度，那仅仅在兴趣的proteome的一蛋白质存在，尽管这肽可以在一样的蛋白质非常出现一次。集成杯，一个二拍子的圆舞整个房间的蛋白质鉴定策略被开发进一步增加识别蛋白质的信心。包括吉祥物和SEQUEST包含Saccharomycescerevisiae和蛋白质鉴定工具的40,243个MS/MS离子系列的数据集被用来说明建议概念和策略。没有实现杯，SEQUEST识别的蛋白质是吉祥物识别的那些的2.26褶层。当杯被使用时，忍受唯一的肽的蛋白质由SEQUEST鉴别那些的3.89褶层被吉祥物识别。由跨comparing识别蛋白质的二个集合，仅仅从杯导出的89普通蛋白质被发现。在识别蛋白质之间的关键差异从每个蛋白质鉴定工具采用的filterng标准被结果。根据杯和蛋白质鉴定工具认出的蛋白质的公共分类的肽的起源，所有识别蛋白质是跨compared，导致拥有分配信心的不同层次的四组蛋白质。

简介：TodeterminecancerpathwayactivitiesinninetypesofprimarytumorsandNCI60celllines,weappliedaninsilicoapproachbyexamininggenesignaturesreflectiveofconsequentpathwayactivationusinggeneexpressiondata.SupervisedlearningapproachespredictedthattheRaspathwayisactivein～70%oflungadenocarci-nomasbutinactiveinmostsquamouscellcarcinomas,pulmonarycarcinoids,andsmallcelllungcarcinomas.Incontrast,theTGF-β,TNF-α,Src,Myc,E2F3,andβ-cateninpathwaysareinactiveinlungadenocarcinomas.WepredictedanactiveRas,Myc,Src,and/orE2F3pathwayinsignificantpercentagesofbreastcancer,colorectalcarcinoma,andgliomas.OurresultsalsosuggestthatRasmaybethemostprevailingoncogenicpathway.Additionally,manyNCI60celllinesexhib-itedagenesignatureindicativeofanactiveRas,Myc,and/orSrc,butnotE2F3,β-catenin,TNF-α,orTGF-βpathway.Toourknowledge,thisisthefirstcom-prehensivesurveyofcancerpathwayactivitiesinninemajortumortypesandthemostwidelyusedNCI60celllines.The“geneexpressionpathwaysignatures”wehavedefinedcouldfacilitatetheunderstandingofmolecularmechanismsincan-cerdevelopmentandprovideguidancetotheselectionofappropriatecelllinesforcancerresearchandpharmaceuticalcompoundscreening.