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  • 简介:摘要目的分析轮状病毒G2P[4]型2020BJ的近似全基因组进化特征。方法运用逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription-polymerase chain reaction, RT-PCR)进行轮状病毒基因组扩增,将扩增产物测序,对所得序列进行系统进化和同源性分析。结果获得人轮状病毒G2P[4]型2020BJ近似全长的11个节段核酸序列,序列分析表明其为G2-P[4]-I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2基因型(DS-1-Like);进化分析表明与日本、印度、孟加拉及意大利等国家毒亲缘关系较近;亲缘关系较近的毒间抗原表位的氨基酸存在差异。结论与2020BJ亲缘关系较近的5G2P[4]型轮状病毒VP7和VP4的抗原表位的氨基酸存在差异,可能导致流行特征不同,应加强轮状病毒监测。

  • 标签: 轮状病毒 G2P[4]基因型 全基因组 系统进化树
  • 简介:摘要目的明确我国诺如病毒暴发GII.6[P7]基因组进化特征和关键位点变异情况。方法对2018—2021年来自中国诺如病毒暴发监测网络(CaliciNet China)监测获得的46个GII.6[P7]阳性样本进行基因组扩增和测序,同时整合GenBank数据库中的所有ORF1(GII.P7)和ORF2(GII.6)序列,进行贝叶斯进化分析,并利用Simplot软件进行重组分析。结果根据贝叶斯进化分析,GII.P7聚合酶具有时间进化特性,平均碱基替换速率为2.067×10-3核苷酸替换/位点/年,与4种不同的VP1基因型发生重组(GII.6、GII.7、GII.14和GII.20)。GII.6型诺如病毒在衣壳区进一步分为GII.6a、GII.6b和GII.6c亚型。本研究46个毒属于GII.6a亚型,与2015年中国GII.6[P7]参考NHBGR59为一簇。Simplot分析确定本研究GII.6[P7]毒重组位点在ORF1-2连接处。VP1氨基酸位点变异主要发生在P1.1末端以及P2区域,与GII.6a亚型参考相比,受体结合位点均未发生变异。结论我国2018—2021年诺如病毒暴发的GII.6[P7]重组均属于GII.6a[P7]亚型。

  • 标签: 诺如病毒 急性胃肠炎 暴发 基因型 进化