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  • 简介:摘要目的利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)及实验验证寻找RA相关的关键基因。方法从GEO数据库下载了RA患者基因芯片数据,构建基因网络,利用WGCNA将基因划分为不同的模块,将与RA临床症状相关的模块中的关键基因进行了基因本体论分析。随后使用GEO不同的数据集用受试者工作特征曲线(ROC)评价关键基因对RA诊断的准确性。此外,还通过实时荧光定量反转录PCR(RT-PCR)及蛋白质印迹法验证关键基因在RA中的表达,分析其与DAS28的关系。采用配对样本t检验和Pearson相关性分析对结果进行分析。结果共筛选出5 413个基因构建了加权基因共表达网络,将基因分为23个模块。其中,黑色模块与RA临床症状密切,包含346个基因。富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析显示其要富集于对IL-6的正调控、IL-1β分泌、破骨细胞分化、NOD样受体信号通路、辅助性T细胞(Th)17细胞分化等多个与RA密切相关的通路。其中运动性精子结构域包含蛋白2(MOSPD2)与临床症状具有明显相关性,在血液单核细胞、骨髓单核细胞中高表达(t=2.238,P=0.032;t=3.153,P=0.006),在RA关节滑膜液中与血液中表达呈正相关(r=0.683,P=0.03)。ROC曲线分析表明,MOSPD2能区分RA和对照组(曲线下面积分别为0.855和0.726)。RT-PCR及蛋白质印迹法结果显示,MOSPD2在RA患者中表达上调(t=-3.96,P=0.02)。MOSPD2在血液中的表达水平与RA患者的DAS28呈正相关(r=0.8846,P=0.0462)。结论MOSDP2与RA患者临床症状密切相关,可能是诊断及治疗RA的靶点之一。

  • 标签: 关节炎,类风湿 单核细胞 生物信息学 加权基因共表达网络分析 运动性精子结构域包含蛋白2