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海洋生态系统生物学简介

作者：蒋兴鹏;胡小华
学科：理学 > 基础数学
创建时间：2013-01-11
出处：《数学建模及其应用》 2013年第1期

简介：微生物以极大的数量统治了全球海洋,但是对其群体动力学、代谢复杂性以及协同作用等仍知之甚少。近年来,大规模测序技术的应用,尤其是宏基因组测序和16SrRNA测序已经逐渐成为研究海洋微生物生态系统的主要工具。这种不培养单个物种,而是直接通过测序提取所有微生物个体的遗传信息去研究微生物生态系统的成分和功能的方法,极大地促进了人们对海洋微生物世界的认识。本文简要介绍海洋生态系统学中的基本问题和最新计算分析方法。
标签：海洋生态系统生物学数据降维宏基因组谱非负矩阵分解复杂网络分析动力学模型

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基于膜计算的生物系统建模方法

作者：孔元;陈智华;徐金榜
学科：理学 > 基础数学
创建时间：2013-05-22
出处：《数学建模及其应用》 2013年第Z2期

简介：膜计算的研究旨在借鉴细胞、组织,以及人类大脑存储与处理信息的方式,构造高性能生物计算模型,统称为膜系统。膜系统具有分布式结构,并行计算的运行方式,以及扩展性强与容错性高的特点,为生物系统建模从生物计算角度提供了全新的工具。主要介绍代谢膜系统、随机膜系统和多重环境的概率膜系统的概念,概述了这3类膜系统在生物系统建模中的应用及其相应的仿真软件。
标签：自然计算膜计算膜系统生物系统建模仿真

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网络聚类算法及其生物信息学应用

作者：侯琳;邓明华
学科：理学 > 基础数学
创建时间：2013-02-12
出处：《数学建模及其应用》 2013年第2期

简介：介绍一些网络聚类算法及其基本原理,简述了其在生物信息学的应用。本文不是网络聚类算法的全面综述,只介绍这些网络聚类算法的基本思路,体会其数学建模的基本思想。
标签：网络聚类马尔可夫聚类(MCL) 蛋白质相互作用蛋白质复合体

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