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In Silico Characterization and Homology Modeling of Thylakoidbound Ascorbate Peroxidase from a Drought Tolerant Wheat Cultivar

作者： A. Katiyar;S.K. Lenka;K. Lakshmi;V. Chinnusamy;K.C. Bansal
学科：生物学 > 分子生物学
创建时间：2009-04-14
出处：《基因组蛋白质组与生物信息学报：英文版》 2009年第4期

简介：Ascorbateperoxidase,ahaemprotein(EC1.11.1.11),efficientlyscavengeshydrogenperoxide(H2O2)incytosolandchloroplastsofplants.Inthisstudy,afulllengthcodingsequenceofthylakoid-boundascorbateperoxidasecDNA(TatAPX)wasclonedfromadroughttolerantwheatcultivarC306.HomologymodelingoftheTatAPXproteinwasperformedbyusingthetemplatecrystalstructureofchloroplasticascorbateperoxidasefromtobaccoplant(PDB:1IYN).ThemodelstructurewasfurtherrefinedbymolecularmechanicsanddynamicmethodsusingvarioustoolssuchasPROCHECK,ProSAandVerify3D.ThepredictedmodelwasthentestedfordockingwithH2O2,thesubstrateforTatAPXenzyme.TheresultsrevealedthatArg233andGlu255inthepredictedactivesiteoftheenzymearetwoimportantaminoacidresiduesresponsibleforstronghydrogenbondingaffinitywithH2O2,whichmightplayanimportantroleinscavengingofH2O2fromtheplantsystem.
标签：抗坏血酸过氧化物酶小麦品种同源性耐旱建模血红素蛋白

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