简介：摘要目的了解2020年福州市哨点医院5岁以下腹泻住院儿童粪便样本中A组轮状病毒(group A rotavirus, RVA)的基因组特征。方法通过ELISA对腹泻住院儿童粪便样本进行RVA筛查，采用RT-PCR方法扩增RVA阳性样本的11个基因节段并进行Illumina二代测序，使用MEGA等生物学软件对重要基因片段进行序列分析和抗原位点分析。结果成功获得20株RVA全基因组序列，包括4种G/P基因组合G9P[8](55%)、G3P[8](25%)、G8P[8](15%)以及G2P[4](5%)，全基因组中DS-1-like重配株比例占40%(8/20)。相同型别的RVA序列同源性高，且与现今世界流行的毒株亲缘关系近。VP7、VP4和NSP4片段氨基酸位点变异情况复杂，重要抗原位点存在多处氨基酸变异情况发生。结论在福州地区首次检测到G3P[8]型和G8P[8]型DS-1-like重配株，VP7、VP4和NSP4片段抗原位点上存在变异。鉴于不常见DS-1-like重配株的检出和多个重要抗原位点变异现象的出现，有必要对RVA全基因组特征进行持续监测，为疫情防控和疫苗的免疫策略提供科学依据。

简介：摘要目的从福建省2016年输入性黄热病病例标本中分离黄热病毒(YFV)并分析其生物学特征。方法将16份黄热病毒核酸阳性血清、尿液、唾液样品分别接种C6/36细胞，YFV实时荧光RT-PCR法鉴定检测培养物中特异性病毒核酸，通过高通量测序获得病毒全基因序列并绘制系统进化树。结果从1例患者发病后3天的血清样品分离到一株病毒，通过YFV实时荧光RT-PCR鉴定为YFV病毒；BLAST分析显示该毒株全基因序列与2016年我国首例输入性黄热病病例中分离得到的毒株CNYF01R/2016(KX268355)序列完全一致；系统进化树显示该毒株与1971年安哥拉流行株Angola71分属同一进化树分支，与疫苗株17D vaccine strain(X03700)存在明显的差异，表明本研究分离到的YFV毒株是属于安哥拉型YFV野毒株。结论福建省成功从2016年输入性黄热病病例样品分离到一株安哥拉型YFV毒株。

简介：摘要目的应用高通量测序和生物信息学分析技术，从一起经货轮输入的新冠肺炎(COVID-19)聚集性病例标本中直接测定新型冠状病毒(2019 novel coronavirus，2019-nCoV)全基因组序列，并从全基因组水平分析2019-nCoV的基因组变异特征，追溯病毒的潜在来源。方法采用2019-nCoV全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术，对来源于同一艘货轮的8例COVID-19确诊病例咽拭子标本进行病毒全基因组测序。应用在线分析平台，判断病毒型别，分析病毒突变位点。利用进化分析软件，构建系统发育树，结合病例流行病学资料，推测病毒的来源。结果成功测序获得8条长度为29 822~29 865 bp的2019-nCoV全基因组序列，平均测序深度为11 928×~33 588×，基因组覆盖度为99.73%~99.87%；Pangolin分型结果显示8个2019-nCoV基因组均属于VOC/Delta(B.1.617.2)进化分支；全基因组突变分析显示，与武汉参考株(NC_045512.2)相比，8个2019-nCoV基因组序列核苷酸突变的中位数为35个(31个~38个)，氨基酸突变的中位数为26个(24个~28个)，突变位点分布于8个编码区(ORF1a、ORF1b、S、ORF3a、M、ORF7a、ORF8、N)；进一步分析发现8个2019-nCoV基因组中含有23个属于2019-nCoV Delta(B.1.617.2·AY.2)变异株的特征性突变位点；但因8个2019-nCoV基因组间的突变位点并非完全重合，且流调报告显示货轮中途经停多个口岸且有人员更替，故推测该起聚集性COVID-19疫情可能有不同传播来源；进化分析显示，8个2019-nCoV序列共同处于B.1.617.2进化分支的AY.2子分支上，同Pangolin分型及突变分析结果一致。结论本研究从一起经货轮输入的COVID-19聚集性疫情病例标本中测序获得8个Delta变异株全基因组序列，本研究所构建的测序方法和分析结果可在COVID-19防控中为2019-nCoV的变异分析和病例溯源提供参考。

简介：摘要目的探讨福州市5岁以下腹泻住院儿童中A组双埃可病毒(parechovirus A，PeV-A)的流行情况和基因型别分布。方法通过Real-time RT-PCR方法对2018年福州市腹泻监测哨点医院5岁以下腹泻住院儿童粪便标本进行PeV-A筛查；采用巢式RT-PCR方法扩增PeV-A阳性标本的VP3/VP1连接片段并进行测序分型。结果在316例标本中检测出PeV-A阳性标本28例，阳性率为8.86%，其中2例混合杯状病毒感染，与轮状病毒、腺病毒和星状病毒无混合感染。阳性标本中成功分型24例，包括21例PeV-A1、1例PeV-A3和2例PeV-A6，主要流行型别为PeV-A1型，占87.5%(21/24)。PeV-A感染主要发生在1岁以下婴幼儿群体中，感染高峰期在8～10月份。结论PeV-A1是引起福州腹泻住院儿童的主要病原体，主要以1岁以下婴幼儿为感染对象。

简介：摘要目的研究福建省2011—2020年手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)相关的柯萨奇病毒A2型(coxackievirus A2, CV-A2)流行病学及病毒基因组特征。方法利用描述性流行病学方法对2011—2020年福建省疾病预防控制中心实验室收集的HFMD相关CV-A2病例进行流行病学特征分析。采用Mega X和Simplot 3.5.1等软件对一代测序获得的VP1基因和二代测序获得的全基因组进行系统进化分析和重组分析。结果2011—2020年福建省HFMD相关CV-A2病例35例，以1~2岁幼儿(28/35)为主，男女性别比2.5∶1(25/10)。VP1区基因系统进化树显示，福建省内CV-A2流行株存在两种基因亚型，即C1和D1基因亚型，仅1株(2019FJPT064)属于C1基因亚型，其余27株为D1基因亚型。其中，4株2011—2012年分离株为D1基因亚型cluster 1分支，另外2株2011—2012年分离株及2012年后的分离株均属于D1基因亚型cluster 2分支。6株福建CV-A2毒株全基因组长度在7 393~7 402bp之间，VP1区核苷酸序列与CV-A2原型株相似性为80.3%~81.7%，其他各片段与CV-A2原型株相似性72.7%~86.2%。P2区进化树显示6株分离株与柯萨奇病毒A4型(coxackievirus A4, CV-A4)进化距离较近。P3区进化树显示，2011FJFZ027与柯萨奇病毒A6型(coxackievirus A6, CV-A6)分离株、2012FJQZ311与柯萨奇病毒A14型(coxackievirus A14, CV-A14)分离株、2020FJPTN040与柯萨奇病毒A8型(coxackievirus A8, CV-A8)分离株进化距离近。重组分析显示，分离株2011FJFZ027、2012FJQZ311、2020FJPTN040在非结构蛋白区分别可能与CV-A6(GenBank登录号：KR706309)、CV-A14(GenBank登录号：KP036482)、CV-A8(GenBank登录号：KM609475、MT648786)流行株发生重组。结论2011—2020年福建省HFMD相关CV-A2流行强度呈现散发形式，D1基因亚型CV-A2在福建省内持续流行，从2011—2012年以D1基因亚型cluster 1分支为主转变为2012年以后的D1基因亚型cluster 2分支；福建省CV-A2流行株重组频繁，存在多种重组模式。