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  • 简介:摘要目的探讨大电导钙激活钾通道(BKCa)基因敲除后大鼠胰腺转录基因表达及信号转导通路变化,分析BKCa基因在胰腺中的作用。方法3只BKCa基因敲除成年雌性SD大鼠(BKCa敲除组)由首都医科大学基础医学院生理学与病理生理学系王伟教授馈赠,设3只野生型成年雌性SD大鼠为野生组。取完整的胰腺组织,提取总RNA,采用转录组测序技术进行测序、差异分析软件DESeq2筛选BKCa敲除组和野生组胰腺组织间的差异表达基因,利用基因本体(GO)和京都基因基因组百科全书(KEGG)数据库对差异表达基因进行生物功能富集分析。采用RT-PCR法对富集分析出的关键基因进行验证。结果BKCa敲除组和野生组大鼠胰腺样本共检测到18 258个基因,经DESeq2软件筛选出348个表达差异基因,其中200个基因在BKCa敲除组胰腺中高表达,148个基因低表达。GO数据库显示214个差异表达基因富集在56个GO条目,其中24个涉及生物学过程,18个涉及细胞组分,14个涉及分子功能;KEGG数据库显示348个差异表达基因中15个富集于PI3K/Akt信号通路,经RT-PCR验证,其关键基因Hsp90ab1、Hsp90aa1、Foxo3a、Col1a2在BKCa敲除组胰腺组织的表达显著高于野生组(P<0.0001),而Thbs1、Pik3r1和Ppp基因表达差异无统计学意义。结论在转录组水平上筛选出BKCa敲除组与野生组大鼠差异表达基因,其显著富集于PI3K/Akt信号通路,为预测BKCa在胰腺中发挥的功能提供了线索。

  • 标签: 胰腺 大鼠,基因敲除 大电导钙激活钾通道 高通量测序
  • 简介:摘要目的分析一例青少年型异染性脑白质营养不良病(metachromatic leukodystrophy ,MLD)患儿的芳基硫酸酯酶A(arylsulfatase A,ARSA)基因的变异情况。方法收集先证者的临床资料,采集先证者及其他家系成员的外周静脉血样并提取基因组DNA。通过全外显子组测序确定可疑致病变异后,应用Sanger测序在该家系中进行验证。通过氨基酸多序列比对和蛋白三维模型预测对变异的致病性进行分析。结果患者携带ARSA基因c.257G>A(p.R86Q)和c.467del(p.G156Afs*6)复合杂合变异,其中c.467del(p.G156Afs*6)移码变异为尚未报道的致病变异。氨基酸多序列比对表明c.257G>A(p.R86Q)变异位点在各种属间高度保守。经蛋白三维结构建模分析发现变异体c.467del(p.G156Afs*6)蛋白构象发生变化导致原有功能的丧失。结论本研究发现新的基因变异位点,扩宽了MLD的变异谱,有助于进一步了解基因型与表型之间的关系,加深对于该病的认识。

  • 标签: ARSA基因 异染性脑白质营养不良 全外显子组测序 生物信息学分析
  • 简介:摘要目的了解广州市育龄期夫妇α、β地中海贫血基因的携带情况,为遗传咨询和产前基因诊断提供临床参考。方法选取2020年参加广州市免费产前筛查和诊断项目的夫妇39 928对,采用平均红细胞体积、平均血红蛋白浓度指标作为初筛,高效液相色谱法测定血红蛋白电泳进行复筛,Gap-PCR检测与PCR-反向斑点杂交(PCR reverse dot blot,PCR-RDB)用于确诊α、β地中海贫血。结果在筛查的39 928对夫妇中,共检出地中海贫血阳性8459例,发生率为10.59%。其中缺失型α地中海贫血5671例,发生率为7.10%;非缺失型α地中海贫血253例,发生率为0.32%;β地中海贫血2535例,发生率为3.17%。结论广州市育龄期夫妇地中海贫血的发病率较高,其中缺失型α地中海贫血最常见,其次是β地中海贫血和非缺失型α地中海贫血,符合广东地区地中海贫血的基因型分布特点。对于地中海贫血预防和控制,应建立网络和广泛实施婚前和产前筛查,以增加地中海贫血干预的可行性。

  • 标签: 地中海贫血 筛查情况 血红蛋白电泳