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  • 简介:摘要目的本研究通过生物信息学方法确定通过上皮-间充质转化(EMT)调控影响结直肠癌远处转移的关键基因,并探究分子机制和预后。方法通过分析Enrichr数据库中的基因组,获得EMT和转移性结直肠癌之间共同表达的枢纽基因。基因表达谱数据动态分析(GEPIA)被用来分析识别关键基因。利用多个生物信息数据库公布的数据,分析关键基因在结直肠癌中的表达和功能富集。利用癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达谱数据库(GEO)探讨关键基因与结直肠癌病理特征和预后之间的关系,并利用京都基因和基因组百科全书(KEGG)探究可能存在的通路及分子机制。结果两个关键基因P21活化激酶1(PAK1)和转化生长因β3(TGFB3),分析与预后及病理特征关系。结果显示,PAK1低表达组的总体生存率低于高表达组[风险比(HR)=0.641,P<0.05],TGFB3高表达组的总体生存率低于低表达组(HR=1.561 P<0.05)。TGFB3的表达水平与结直肠癌的M分期(t=6.314,P<0.05)、病理分期(t=4.368,P<0.05)和N分期(t=5.843,P<0.05)显著相关;PAK1高表达组与人种(t=2.367,P<0.05)、病理分期(t=1.540,P<0.05)、N分期(t=1.677,P<0.05)和M分期(t=7.561,P<0.05)显著相关。KEGG路径分析确定了PAK1和TGFB3靶基因分别在"细胞因子受体相互作用"和"肌动蛋白细胞骨架调节"中的起着关键作用。结论PAK1和TGFB3可能通过相关的分子机制影响结直肠癌的上皮-间充质转化,并与预后明显相关。

  • 标签: 结直肠癌 生物信息学分析 上皮-间充质转化 转移
  • 简介:摘要目的探讨Ⅲ型纤维连接蛋白结构域蛋白3B(FNDC3B)在胰腺癌中的表达差异与临床病理特征和预后的关系,并探讨其可能发生相互作用的蛋白网络及其在胰腺癌发生发展中调控的可能信号通路。方法采用蛋白质印迹法(Western blot)检测FNDC3B在胰腺癌组织及癌旁组织中的蛋白表达差异,用GEPIA分析FNDC3B在胰腺癌组织及正常胰腺组织中的mRNA表达差异。在癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取胰腺癌病例资料,利用SPSS 25.0分析FNDC3B表达差异与胰腺癌患者临床病理特征和预后的关系。采用Kaplan-Meier法绘制胰腺癌患者生存曲线。STRING数据库分析与FNDC3B相互作用的蛋白网络。基因集富集分析(GSEA)预测FNDC3B在胰腺癌中调控的可能信号通路。计数资料比较采用χ2检验,单因素及多因素分析采用COX回归分析,组间比较采用t检验。结果Western blot检测结果显示FNDC3B在胰腺癌组织中的蛋白表达量高于癌旁组织(1.038±0.103比0.341±0.027,t=22.807,P<0.01)。GEPIA数据库分析结果显示FNDC3B在胰腺癌组织中的mRNA表达量高于正常胰腺组织(P均<0.05)。FNDC3B基因表达水平与胰腺癌患者的年龄(χ2=12.115,P<0.01)、病理分级(χ2=11.490,P<0.01)和N分期(χ2=3.962,P<0.05)密切相关,与性别、病理分期、T分期、M分期无明显相关(P均>0.05)。单因素Cox分析结果显示N分期[风险比(HR)=2.001,95%可信区间(CI)=1.193~3.354,P<0.01]和FNDC3B mRNA表达水平(HR=1.595,95%CI=1.051~2.421,P<0.05)对胰腺癌患者的预后存在显著影响。多因素Cox分析结果显示FNDC3B mRNA表达水平(HR=1.565,95%CI=1.011~2.423,P<0.05)是胰腺癌患者预后的独立危险因素。FNDC3B高表达组胰腺癌患者的生存时间显著低于FNDC3B低表达组患者(χ2=4.898, P<0.05,中位生存时间为592 d比634 d)。STRING数据库分析结果表明,与FNDC3B相互作用蛋白有FAM46A(分值=0.687)、ZNF469(分值=0.672)、B3GNT7(分值=0.647)等。GSEA研究结果显示,FNDC3B mRNA高表达样本富集到TGF-β、WNT、NOTCH、JAK-STAT、mTOR等信号通路相关基因集(P均<0.05)。当FNDC3B基因表达上调时,上述通路被激活。结论FNDC3B在胰腺癌中高表达,且与胰腺癌不良预后密切相关,可能通过调节FAM46A等相互作用蛋白及激活TGF-β等信号通路在胰腺癌发生发展中发挥促癌作用。

  • 标签: Ⅲ型纤维连接蛋白结构域蛋白3B 胰腺癌 表达 临床意义